More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_1885 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_1885  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 166 aa  338  2e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0275  DNA repair protein RadC  63.86 
 
 		 163 aa  214  5.9999999999999996e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00125645  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0216  DNA repair protein RadC  63.86 
 
 		 163 aa  209  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2168  DNA repair protein RadC  63.25 
 
 		 163 aa  207  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00702134  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3737  DNA repair protein RadC  62.91 
 
 		 168 aa  208  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1463  DNA repair protein RadC  57.83 
 
 		 167 aa  191  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.794646 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2277  DNA repair protein RadC  56.89 
 
 		 166 aa  186  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0786  DNA repair protein RadC  53.89 
 
 		 166 aa  173  9e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0803  DNA repair protein, RadC-like  58.55 
 
 		 166 aa  168  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  67.48 
 
 		 229 aa  159  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  63.71 
 
 		 228 aa  155  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  63.71 
 
 		 230 aa  150  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  59.23 
 
 		 229 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 231 aa  137  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 231 aa  136  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  50.81 
 
 		 236 aa  130  6.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  57.28 
 
 		 229 aa  128  3e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 229 aa  127  7.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  57.28 
 
 		 227 aa  127  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  53.91 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  53.64 
 
 		 225 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  53.66 
 
 		 227 aa  125  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 235 aa  125  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  57.28 
 
 		 229 aa  124  6e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  52.73 
 
 		 225 aa  123  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  55.34 
 
 		 230 aa  122  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 225 aa  121  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 225 aa  121  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 225 aa  121  5e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 225 aa  121  5e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 225 aa  121  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 225 aa  121  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 225 aa  121  5e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  42.18 
 
 		 241 aa  120  7e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  53.4 
 
 		 227 aa  120  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  53.4 
 
 		 233 aa  120  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  56.31 
 
 		 233 aa  120  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 226 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 226 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2262  DNA repair proteins  54.37 
 
 		 206 aa  118  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.195306  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  49.17 
 
 		 228 aa  118  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0983  DNA repair protein RadC  52.43 
 
 		 231 aa  117  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 228 aa  118  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  42.96 
 
 		 232 aa  117  7.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  47.5 
 
 		 222 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3111  DNA repair protein RadC  40.43 
 
 		 169 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000111017  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  54.9 
 
 		 232 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1818  DNA repair protein RadC  53.33 
 
 		 222 aa  114  6e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.852458  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  50.49 
 
 		 228 aa  113  1.0000000000000001e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0037  DNA repair protein RadC  52.94 
 
 		 233 aa  113  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2374  DNA repair protein RadC  41.96 
 
 		 165 aa  112  2.0000000000000002e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  48.33 
 
 		 228 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1513  DNA repair protein RadC  46.67 
 
 		 222 aa  111  4.0000000000000004e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  47.32 
 
 		 229 aa  111  4.0000000000000004e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  48.8 
 
 		 222 aa  110  7.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0598  DNA repair protein RadC  46.4 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 229 aa  108  3e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  46.77 
 
 		 223 aa  108  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  43.09 
 
 		 227 aa  108  5e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2739  DNA repair protein RadC  40.88 
 
 		 225 aa  107  6e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0831  DNA repair protein RadC  38.37 
 
 		 223 aa  107  7.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.950681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  42.28 
 
 		 227 aa  106  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3004  DNA repair protein RadC  50.96 
 
 		 147 aa  105  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00190795  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 224 aa  106  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  42.03 
 
 		 224 aa  105  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  51.96 
 
 		 224 aa  105  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0767  DNA repair protein RadC  48.04 
 
 		 233 aa  105  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  43.65 
 
 		 222 aa  104  5e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  42.62 
 
 		 231 aa  104  6e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  45.9 
 
 		 224 aa  104  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0735  DNA repair protein RadC  44 
 
 		 223 aa  102  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  46.43 
 
 		 224 aa  102  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  40.74 
 
 		 234 aa  102  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  41.13 
 
 		 225 aa  101  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1465  DNA repair protein RadC  38.98 
 
 		 222 aa  101  6e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0302  DNA repair protein RadC  39.53 
 
 		 225 aa  100  7e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  48.21 
 
 		 245 aa  100  8e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  43.81 
 
 		 234 aa  100  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0244  DNA repair protein  39.6 
 
 		 151 aa  100  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  44.19 
 
 		 223 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0932  DNA repair protein RadC  46.6 
 
 		 157 aa  100  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  45.37 
 
 		 255 aa  100  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  46.67 
 
 		 224 aa  99  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  43.44 
 
 		 227 aa  99.8  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0061  DNA repair protein RadC  40.62 
 
 		 223 aa  99  2e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0917  DNA repair protein RadC  41.38 
 
 		 225 aa  98.6  3e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.372898  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  41.8 
 
 		 225 aa  98.2  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3935  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 222 aa  98.2  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.102944 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  45.63 
 
 		 160 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0973  DNA repair protein RadC  42.19 
 
 		 225 aa  97.8  5e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0497584  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0081  DNA repair protein RadC  38.4 
 
 		 220 aa  98.2  5e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3048  DNA repair protein RadC  37.41 
 
 		 221 aa  97.8  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000891178  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1122  DNA repair protein RadC  39.67 
 
 		 223 aa  97.8  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  42.62 
 
 		 158 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  43.36 
 
 		 224 aa  97.4  7e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 225 aa  97.4  7e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  39.72 
 
 		 224 aa  97.4  8e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2092  DNA repair protein RadC  38.26 
 
 		 223 aa  97.4  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  44.66 
 
 		 159 aa  97.4  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  41.73 
 
 		 222 aa  97.4  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>