More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0194 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0194  Ribonuclease III  100 
 
 		 273 aa  558  1e-158  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2495  ribonuclease III  63.53 
 
 		 273 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0164  Ribonuclease III  60.38 
 
 		 273 aa  316  3e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.233205  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1659  ribonuclease III  67.39 
 
 		 248 aa  305  4.0000000000000004e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0128  ribonuclease III  56.87 
 
 		 276 aa  291  5e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.230547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0177  Ribonuclease III  52.83 
 
 		 271 aa  271  7e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0218765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0172  Ribonuclease III  50.19 
 
 		 277 aa  256  2e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.885332 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2661  ribonuclease III  44.44 
 
 		 260 aa  190  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1574  ribonuclease III  42.6 
 
 		 246 aa  169  5e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0764716 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10320  Ribonuclease III  43.19 
 
 		 236 aa  165  6.9999999999999995e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000486688  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2069  ribonuclease III  40.97 
 
 		 246 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379668  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0773  ribonuclease III  41.78 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000168987  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0961  ribonuclease III  41.05 
 
 		 235 aa  157  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1183  ribonuclease III  40.18 
 
 		 259 aa  155  8e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192839  normal  0.0311814 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  40.09 
 
 		 236 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0645  ribonuclease III  39.73 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0482466  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5150  ribonuclease III  38.24 
 
 		 253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0990083  normal  0.260918 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3303  Ribonuclease III  35.75 
 
 		 225 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2813  ribonuclease III  35.75 
 
 		 225 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.527235  normal  0.303497 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0876  ribonuclease III  39.39 
 
 		 242 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0723  ribonuclease III  42.73 
 
 		 236 aa  147  3e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1083  ribonuclease III  37.78 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.599235  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0778  ribonuclease III  37.09 
 
 		 233 aa  145  5e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0651  ribonuclease III  37.34 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2208  Ribonuclease III  37.67 
 
 		 383 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.904351  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2065  ribonuclease III  36 
 
 		 223 aa  145  9e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1206  hypothetical protein  37.96 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000396494 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0726  ribonuclease III  37.61 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.902468  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1403  RNase III  36.64 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000749592  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2296  Ribonuclease III  37.67 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.302366  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1974  ribonuclease III  37.67 
 
 		 246 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3916  ribonuclease III  36.48 
 
 		 248 aa  143  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1639  ribonuclease III  37.5 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11290  RNAse III  40.8 
 
 		 234 aa  142  4e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1272  ribonuclease III  37.78 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.812547  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1502  ribonuclease III  40.65 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00547993  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1650  ribonuclease III  37.22 
 
 		 385 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1317  ribonuclease III  36.24 
 
 		 243 aa  142  8e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1292  ribonuclease III  36.24 
 
 		 243 aa  142  8e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0931  ribonuclease III  37.38 
 
 		 236 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194117  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2317  ribonuclease III:double-stranded RNA binding  34.33 
 
 		 246 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.458623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1609  ribonuclease III  40.3 
 
 		 252 aa  141  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.425776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4194  ribonuclease III  38.14 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.197328  normal  0.7656 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0212  ribonuclease III  40.49 
 
 		 248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  38.89 
 
 		 225 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2293  ribonuclease III  40.3 
 
 		 240 aa  139  6e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.051216  hitchhiker  0.000715248 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2159  ribonuclease III  34.43 
 
 		 377 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.201039 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2807  ribonuclease III  35.24 
 
 		 246 aa  138  8.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000160446  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0661  ribonuclease III  38.29 
 
 		 221 aa  138  1e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0685749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1363  Ribonuclease III  35.96 
 
 		 230 aa  138  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000482904  normal  0.16151 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3152  ribonuclease III  35.34 
 
 		 240 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000533907  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3813  Ribonuclease III  38.16 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000119761  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  41.05 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0862  ribonuclease III  37.68 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1613  ribonuclease III  35.38 
 
 		 223 aa  137  2e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0774  ribonuclease III  38.03 
 
 		 229 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.811993  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1025  ribonuclease III  36.49 
 
 		 237 aa  136  5e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00427221  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2651  ribonuclease III  36.89 
 
 		 271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224672  normal  0.0332159 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1396  ribonuclease III  35.22 
 
 		 247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.382691 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1347  ribonuclease III  36.06 
 
 		 241 aa  135  8e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.461222  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0799  ribonuclease III  35.98 
 
 		 245 aa  135  9e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.807465  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2273  ribonuclease III  40.3 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3433  ribonuclease III  38.99 
 
 		 268 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.699086  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0907  ribonuclease III  38.57 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1742  ribonuclease III  35.27 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1714  Ribonuclease III  39.44 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.61541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2444  ribonuclease III  38.53 
 
 		 235 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.517921  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1883  ribonuclease III  40.51 
 
 		 249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0277805  normal  0.0189831 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2072  ribonuclease III  39.39 
 
 		 262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.497475  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1588  ribonuclease III  36.54 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1778  ribonuclease III  38.5 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.574202  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1494  ribonuclease III  34.22 
 
 		 222 aa  132  3.9999999999999996e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8017  ribonuclease III  37.77 
 
 		 276 aa  132  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1626  ribonuclease III  39.13 
 
 		 225 aa  132  5e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.140221  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1972  ribonuclease III  34.21 
 
 		 241 aa  132  5e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00427234  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4192  ribonuclease III  39.82 
 
 		 234 aa  132  6e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1708  ribonuclease III  39.11 
 
 		 229 aa  132  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0152797  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2612  ribonuclease III  36.65 
 
 		 271 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  37.67 
 
 		 233 aa  132  6e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0380  ribonuclease III  35.05 
 
 		 234 aa  132  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.492905  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1807  ribonuclease III  39.13 
 
 		 224 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1690  ribonuclease III  34.21 
 
 		 241 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00872848  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0920  ribonuclease III  36.91 
 
 		 234 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  36.4 
 
 		 230 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  38.68 
 
 		 225 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0361  ribonuclease III  35.56 
 
 		 253 aa  131  9e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.782335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_897  ribonuclease III  35.14 
 
 		 248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000334707  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1995  ribonuclease III  38.65 
 
 		 225 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0946  Ribonuclease III  37.62 
 
 		 238 aa  130  3e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.652577  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2460  ribonuclease III  32.57 
 
 		 231 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.214805  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3959  Ribonuclease III  36.16 
 
 		 228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  38.22 
 
 		 229 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3948  ribonuclease III  35.65 
 
 		 245 aa  129  6e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.399561  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2972  Ribonuclease III  36.65 
 
 		 272 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1295  ribonuclease III  35.65 
 
 		 245 aa  129  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0290325  hitchhiker  3.99354e-16 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2122  ribonuclease III  39.42 
 
 		 243 aa  129  6e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0434013 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  36.77 
 
 		 233 aa  129  6e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0852  ribonuclease III  35.24 
 
 		 243 aa  129  6e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2501  ribonuclease III  36.57 
 
 		 245 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00121317  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3672  ribonuclease III  35.19 
 
 		 245 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.405617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>