More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4564 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  100 
 
 		 340 aa  627  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  68.86 
 
 		 336 aa  418  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  74.06 
 
 		 343 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  64.67 
 
 		 346 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  74.13 
 
 		 343 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  64.98 
 
 		 347 aa  359  3e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1332  transport system permease protein  58.98 
 
 		 346 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.200312 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0869  transport system permease protein  58.68 
 
 		 346 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1350  transport system permease protein  58.68 
 
 		 346 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1415  iron compound ABC transporter, permease protein  59.48 
 
 		 366 aa  311  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3190  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  58.92 
 
 		 371 aa  310  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2715  iron chelate ABC transporter permease protein  58.64 
 
 		 371 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0881  iron chelate ABC transporter permease protein  58.64 
 
 		 371 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.626277  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3151  iron chelate ABC transporter permease protein  58.64 
 
 		 371 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3206  FecCD-family membrane transporter protein  58.36 
 
 		 371 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2033  iron compound ABC transporter, permease protein  58.69 
 
 		 352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.409984  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1895  iron chelate ABC transporter permease protein  58.69 
 
 		 352 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.273368  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  55.83 
 
 		 348 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4492  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  57.49 
 
 		 346 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  50.79 
 
 		 352 aa  298  8e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  52.87 
 
 		 341 aa  282  6.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  48.19 
 
 		 334 aa  265  5.999999999999999e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  44.04 
 
 		 375 aa  263  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  50 
 
 		 367 aa  260  2e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  49.39 
 
 		 327 aa  255  7e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  42.34 
 
 		 364 aa  255  7e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  42.34 
 
 		 364 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  45.37 
 
 		 351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  41.78 
 
 		 385 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  44.38 
 
 		 376 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  46.58 
 
 		 345 aa  252  6e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  44.6 
 
 		 381 aa  248  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  49.53 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  42.54 
 
 		 380 aa  247  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  44.2 
 
 		 382 aa  247  2e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  43.65 
 
 		 382 aa  247  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  42.31 
 
 		 368 aa  246  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  45.43 
 
 		 347 aa  246  6e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  48.37 
 
 		 351 aa  246  6e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  49.7 
 
 		 353 aa  245  9e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  48.1 
 
 		 358 aa  243  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  47.02 
 
 		 347 aa  242  7e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  51.08 
 
 		 360 aa  241  1e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  40.29 
 
 		 328 aa  240  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2770  transport system permease protein  51.06 
 
 		 328 aa  239  6.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169159  normal  0.12894 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  47.15 
 
 		 354 aa  237  2e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0185  transport system permease protein  47.96 
 
 		 337 aa  237  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0173  transport system permease protein  46.45 
 
 		 336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  48.92 
 
 		 349 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  48.03 
 
 		 346 aa  233  3e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5059  transport system permease protein  50.8 
 
 		 358 aa  232  9e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.213403  normal  0.344774 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  51.63 
 
 		 361 aa  231  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  41.3 
 
 		 336 aa  230  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  50 
 
 		 350 aa  225  1e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0546  transport system permease protein  46.85 
 
 		 334 aa  222  7e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  45.55 
 
 		 350 aa  222  8e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  42.77 
 
 		 381 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  42.2 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  38.58 
 
 		 330 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  42.57 
 
 		 348 aa  216  2.9999999999999998e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  42.91 
 
 		 370 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  44.18 
 
 		 340 aa  216  5e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  43.93 
 
 		 353 aa  216  5e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  41.76 
 
 		 340 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04380  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  46.55 
 
 		 389 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  38.27 
 
 		 330 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  48.75 
 
 		 340 aa  213  4.9999999999999996e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  45.7 
 
 		 338 aa  212  5.999999999999999e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  44.51 
 
 		 354 aa  210  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  45.81 
 
 		 356 aa  206  4e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  42.27 
 
 		 338 aa  204  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0167  transport system permease protein  43.26 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  37.13 
 
 		 367 aa  203  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  33.04 
 
 		 356 aa  202  5e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  42.17 
 
 		 356 aa  202  5e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4276  transport system permease protein  44.85 
 
 		 368 aa  202  7e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  36.74 
 
 		 350 aa  202  9e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  42.94 
 
 		 352 aa  201  9.999999999999999e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  41.39 
 
 		 336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  40.7 
 
 		 370 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  38.86 
 
 		 363 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  40.5 
 
 		 353 aa  199  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  38.39 
 
 		 369 aa  199  5e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  40.06 
 
 		 347 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  35.31 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  36.54 
 
 		 360 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  38.32 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  40.25 
 
 		 332 aa  197  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  40.12 
 
 		 340 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  34.91 
 
 		 337 aa  195  9e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  44.44 
 
 		 340 aa  195  9e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  42.21 
 
 		 365 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  37.13 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  42.55 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  40.78 
 
 		 346 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3911  transport system permease protein  51.05 
 
 		 289 aa  194  3e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000192945  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  42.55 
 
 		 315 aa  194  3e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  40.94 
 
 		 371 aa  193  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  37.09 
 
 		 355 aa  194  3e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3206  transport system permease protein  39.88 
 
 		 345 aa  193  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>