More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4447 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  674    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 337 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 353 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  39.88 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  40.36 
 
 		 337 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 337 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  37.84 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 353 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 345 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  35.01 
 
 		 344 aa  163  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  32.85 
 
 		 335 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  33.83 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 344 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 340 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 345 aa  156  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  35.74 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  36.05 
 
 		 366 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.53 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  31.91 
 
 		 346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  36.83 
 
 		 337 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  33.94 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  32.92 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 344 aa  142  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 332 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  32.38 
 
 		 348 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 348 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  29.34 
 
 		 338 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  30.7 
 
 		 343 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 349 aa  132  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 347 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2261  helix-turn-helix domain-containing protein  25.71 
 
 		 353 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.987084  normal  0.387079 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 358 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 336 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3972  transcriptional regulator, AraC family  28.53 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.184414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 345 aa  129  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4085  transcriptional regulator, AraC family  28.53 
 
 		 338 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.595412  normal  0.45247 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 346 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 330 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.63 
 
 		 345 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 		 362 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  31.83 
 
 		 343 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5651  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  32.02 
 
 		 330 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 376 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 342 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 330 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0902  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 358 aa  126  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 367 aa  126  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  34.6 
 
 		 333 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 356 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  32.82 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  48.8 
 
 		 198 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  31.55 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  26.5 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 338 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 		 341 aa  124  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  29.04 
 
 		 348 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  32.21 
 
 		 330 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 332 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  29.26 
 
 		 365 aa  122  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  26.89 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1083  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0148989 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  34.23 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_003296  RS05569  transcription regulator protein  30.68 
 
 		 387 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 359 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.7 
 
 		 343 aa  119  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 346 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5125  AraC family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 353 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.506358  normal  0.385561 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  30.24 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 364 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 		 344 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 375 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 350 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  31.36 
 
 		 352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  28.79 
 
 		 365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 331 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 340 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  32.39 
 
 		 330 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 346 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 330 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0399  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 350 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 		 339 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>