111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3959 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3959  hypothetical protein  100 
 
 		 137 aa  274  3e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0461  hypothetical protein  56.52 
 
 		 117 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1814  hypothetical protein  56.52 
 
 		 117 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.842664  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0472  hypothetical protein  53.91 
 
 		 117 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0276117 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0900  hypothetical protein  50.52 
 
 		 100 aa  98.6  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.813892 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2830  hypothetical protein  46.46 
 
 		 134 aa  87  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.31307  normal  0.486249 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0449  hypothetical protein  46.88 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.283123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0189  protein of unknown function UPF0102  36.44 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.452343  normal  0.48907 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0325  hypothetical protein  42.27 
 
 		 130 aa  67  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.493012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0181  hypothetical protein  38.52 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.973166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0116  hypothetical protein  39.18 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0146  hypothetical protein  38.14 
 
 		 135 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3586  hypothetical protein  37.84 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1475  endonuclease  32.14 
 
 		 115 aa  52.8  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.733308  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0293  protein of unknown function UPF0102  35.42 
 
 		 124 aa  52.4  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.210059 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1695  hypothetical protein  29.91 
 
 		 120 aa  51.6  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0320  hypothetical protein  38.14 
 
 		 135 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0163  hypothetical protein  25 
 
 		 112 aa  50.8  0.000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0420  hypothetical protein  37.11 
 
 		 128 aa  50.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0144  hypothetical protein  26 
 
 		 112 aa  50.4  0.000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0184  hypothetical protein  26 
 
 		 112 aa  50.4  0.000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.805797  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57490  hypothetical protein  33.63 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0315  protein of unknown function UPF0102  34.82 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225244 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3870  protein of unknown function UPF0102  32.67 
 
 		 144 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0142  conserved hypothetical protein TIGR00252  34.82 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3919  protein of unknown function UPF0102  32.67 
 
 		 144 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000143067  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0400  hypothetical protein  34.78 
 
 		 131 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2007  hypothetical protein  38.14 
 
 		 124 aa  48.9  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.63182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1324  protein of unknown function UPF0102  31.37 
 
 		 148 aa  48.9  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0630  hypothetical protein  40.71 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0676  hypothetical protein  34.19 
 
 		 167 aa  48.1  0.00004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0552943  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1272  protein of unknown function UPF0102  44.23 
 
 		 125 aa  48.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2395  hypothetical protein  31.31 
 
 		 127 aa  47.8  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.615386  normal  0.0739869 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0546  hypothetical protein  34.62 
 
 		 115 aa  47.4  0.00006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.672576  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0202  hypothetical protein  36.04 
 
 		 142 aa  47.4  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4996  hypothetical protein  31.93 
 
 		 125 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.608406  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4524  hypothetical protein  31.58 
 
 		 123 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0503  hypothetical protein  40.18 
 
 		 120 aa  47  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.451178 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1677  hypothetical protein  30.3 
 
 		 122 aa  47  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.238653  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1959  hypothetical protein  30.3 
 
 		 122 aa  46.6  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.142549  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0294  hypothetical protein  26.79 
 
 		 112 aa  46.2  0.0001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0216  hypothetical protein  36.04 
 
 		 142 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0192793 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3675  protein of unknown function UPF0102  29.82 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.344366 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3298  hypothetical protein  30.97 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.861672  normal  0.570212 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0216  hypothetical protein  28.57 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2298  hypothetical protein  35.09 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2398  hypothetical protein  32.73 
 
 		 118 aa  45.8  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.430013  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0910  hypothetical protein  30 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.21322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0339  hypothetical protein  35.51 
 
 		 127 aa  45.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0692015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4685  hypothetical protein  27.87 
 
 		 120 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0484178 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0145  hypothetical protein  33.64 
 
 		 124 aa  44.7  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0280805  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0197  hypothetical protein  37.5 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.404878  unclonable  0.00000000000559374 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0312  hypothetical protein  36.84 
 
 		 142 aa  44.7  0.0005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1156  hypothetical protein  33 
 
 		 118 aa  44.7  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0160558  normal  0.0576877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3463  hypothetical protein  33.61 
 
 		 125 aa  44.3  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0932  hypothetical protein  30.25 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0720  hypothetical protein  28.93 
 
 		 126 aa  43.9  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0341617  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0170  protein of unknown function UPF0102  28.85 
 
 		 108 aa  43.9  0.0007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.633607  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3135  hypothetical protein  33.61 
 
 		 125 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0259  hypothetical protein  25.86 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1934  hypothetical protein  25.86 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.547856  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1324  hypothetical protein  30.7 
 
 		 124 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4400  hypothetical protein  30.7 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.147019 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23670  predicted endonuclease related to Holliday junction resolvase  32.91 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.183487  normal  0.0867152 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0700  protein of unknown function UPF0102  27.93 
 
 		 172 aa  43.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000202877  hitchhiker  0.000000354886 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0439  hypothetical protein  39.36 
 
 		 128 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111388  normal  0.465101 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0756  hypothetical protein  33.64 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.477778  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3265  hypothetical protein  30.36 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3391  hypothetical protein  36.45 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1406  protein of unknown function UPF0102  41.94 
 
 		 173 aa  42.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000418677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1901  formate dehydrogenase H large subunit  25.81 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3692  hypothetical protein  32.71 
 
 		 125 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.598845  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4010  hypothetical protein  35.05 
 
 		 124 aa  42.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.571569  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1509  hypothetical protein  29.33 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0271  hypothetical protein  36.45 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0679864 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1478  protein of unknown function UPF0102  36.62 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.10043  normal  0.036198 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0629  hypothetical protein  28.83 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3265  hypothetical protein  36.94 
 
 		 130 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3430  hypothetical protein  36.7 
 
 		 134 aa  41.6  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.157474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3014  hypothetical protein  36.84 
 
 		 127 aa  41.6  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1723  hypothetical protein  36.45 
 
 		 123 aa  42  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471951 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0702  hypothetical protein  26.53 
 
 		 112 aa  41.6  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.254087  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1376  protein of unknown function UPF0102  46 
 
 		 119 aa  42  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000032081  normal  0.333882 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0930  hypothetical protein  30.93 
 
 		 123 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.930588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5877  protein of unknown function UPF0102  30.09 
 
 		 117 aa  42  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.662779 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3783  hypothetical protein  36.79 
 
 		 118 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00882109  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3148  hypothetical protein  37.14 
 
 		 160 aa  41.6  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0388  hypothetical protein  35.11 
 
 		 108 aa  41.6  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.597532  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1350  protein of unknown function UPF0102  33.33 
 
 		 118 aa  41.2  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0406  hypothetical protein  39.13 
 
 		 128 aa  41.2  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.442549 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1703  hypothetical protein  31.25 
 
 		 123 aa  41.6  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3709  protein of unknown function UPF0102  39.22 
 
 		 119 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4114  hypothetical protein  27.62 
 
 		 123 aa  41.2  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0290  hypothetical protein  35.51 
 
 		 158 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5237  protein of unknown function UPF0102  27.84 
 
 		 164 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3146  sigma-54 factor  31.36 
 
 		 118 aa  40.8  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2816  hypothetical protein  35.51 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0178  hypothetical protein  33.67 
 
 		 126 aa  40.4  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.647134  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0187  hypothetical protein  32.98 
 
 		 125 aa  40.4  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2938  hypothetical protein  31.25 
 
 		 129 aa  40.8  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.703285  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>