More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3944 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3944  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  415  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1871  GntR family transcriptional regulator  79.31 
 
 		 211 aa  294  5e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.909537  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0521  GntR family transcriptional regulator  79.31 
 
 		 211 aa  294  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.803557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0658  GntR family transcriptional regulator  78.82 
 
 		 211 aa  293  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.117657 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2296  GntR family transcriptional regulator  74.75 
 
 		 216 aa  284  5.999999999999999e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1244  GntR family transcriptional regulator  75.86 
 
 		 211 aa  280  1e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.487831 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2389  putative transcriptional regulator  74.75 
 
 		 213 aa  244  6e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  52.02 
 
 		 229 aa  177  7e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  47.98 
 
 		 217 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  51.76 
 
 		 217 aa  156  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 230 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  48.99 
 
 		 215 aa  152  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 218 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 214 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  38.38 
 
 		 216 aa  125  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4210  GntR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 229 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.804169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  38.27 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 223 aa  118  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  36.7 
 
 		 212 aa  117  9.999999999999999e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 227 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 230 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  40.98 
 
 		 223 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  40.98 
 
 		 223 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  34.02 
 
 		 223 aa  109  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 240 aa  108  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 234 aa  108  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  38.1 
 
 		 239 aa  106  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 226 aa  106  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  41.71 
 
 		 221 aa  105  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  35.47 
 
 		 232 aa  105  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  37.19 
 
 		 214 aa  105  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 225 aa  104  9e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 226 aa  104  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  38.34 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 251 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 235 aa  103  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  38.54 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 226 aa  102  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 219 aa  102  4e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 218 aa  102  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0287  GntR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 242 aa  101  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 217 aa  100  1e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  38.1 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  36.07 
 
 		 237 aa  99.4  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  33.98 
 
 		 237 aa  99.4  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 222 aa  98.2  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 220 aa  98.6  7e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  37.1 
 
 		 223 aa  98.2  9e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 225 aa  97.4  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  36.87 
 
 		 227 aa  97.8  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 229 aa  97.8  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 221 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 229 aa  96.7  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2570  transcriptional regulator  36.87 
 
 		 213 aa  97.1  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.565298  hitchhiker  0.000000111966 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 262 aa  96.7  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 231 aa  96.3  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  36.22 
 
 		 230 aa  96.3  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 234 aa  95.9  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 240 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 254 aa  95.1  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 241 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0110  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 229 aa  94.7  9e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  35.15 
 
 		 218 aa  94.7  9e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 232 aa  94  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 255 aa  94.4  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 255 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  37.65 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  36.55 
 
 		 239 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  37.04 
 
 		 258 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  42.08 
 
 		 218 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 233 aa  93.6  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 256 aa  93.6  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 220 aa  93.2  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  34.52 
 
 		 233 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 222 aa  92.8  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 243 aa  92.4  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 262 aa  92.4  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 262 aa  92.4  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  36.65 
 
 		 240 aa  92.4  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 243 aa  92  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  34.59 
 
 		 248 aa  92.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 238 aa  92  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 244 aa  92.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 220 aa  92  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 220 aa  92  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 223 aa  91.7  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  41.8 
 
 		 237 aa  91.7  8e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 231 aa  91.7  8e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 238 aa  91.3  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 248 aa  91.3  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 253 aa  91.3  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>