237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3072 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3072  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  593  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0364  GntR domain-containing protein  58.74 
 
 		 272 aa  319  3.9999999999999996e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.225657  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05438  transcription regulator protein  38.16 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.185679  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1000  transcriptional regulator, GntR family  39.18 
 
 		 313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.801369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1381  transcriptional regulator, GntR family  36.39 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4554  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.189938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2840  transcriptional regulator, GntR family  35.44 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00705  putative transcription regulator protein  38.27 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0312291  normal  0.40859 
 
 
-
 
NC_003296  RS04697  putative transcription regulator protein  39.15 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.650808  normal  0.192207 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3872  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 311 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.600353  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1206  transcriptional regulator, GntR family  34.56 
 
 		 309 aa  162  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6189  transcriptional regulator, GntR family  39.29 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.35302  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6879  GntR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0423677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4258  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 292 aa  135  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  26.84 
 
 		 225 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 341 aa  61.6  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 222 aa  61.6  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  25.79 
 
 		 230 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  25.26 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  28.49 
 
 		 274 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  27.78 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  28.49 
 
 		 263 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3471  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  28.65 
 
 		 240 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 232 aa  58.5  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  28.49 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  23.96 
 
 		 231 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  23.96 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  29.79 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0992  GntR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 336 aa  55.8  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  29.19 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  27.13 
 
 		 232 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  27.51 
 
 		 226 aa  55.1  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 228 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3666  transcriptional regulator, GntR family  29.27 
 
 		 260 aa  55.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216999  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3272  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 236 aa  55.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  27.66 
 
 		 239 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1419  GntR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 231 aa  53.9  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.17694 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 240 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 238 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 238 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 238 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5254  transcriptional regulator, GntR family  25.84 
 
 		 250 aa  53.5  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.506774 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 234 aa  53.1  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1364  GntR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 244 aa  53.1  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0686539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  29.19 
 
 		 240 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5995  GntR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 226 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  24.06 
 
 		 215 aa  52.8  0.000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  26.7 
 
 		 223 aa  52.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3145  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 220 aa  52.4  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 239 aa  52.4  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2014  GntR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 228 aa  52.4  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  36 
 
 		 227 aa  52  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  33.04 
 
 		 249 aa  52  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 234 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 230 aa  52  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  25.86 
 
 		 223 aa  51.2  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4670  GntR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 239 aa  50.8  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 228 aa  50.4  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0185  transcriptional regulator, GntR family  30.16 
 
 		 222 aa  50.1  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.27943  normal  0.15963 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 241 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 216 aa  49.7  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 247 aa  49.7  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 252 aa  49.7  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 239 aa  49.7  0.00006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  24.71 
 
 		 227 aa  49.7  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3939  regulatory protein, GntR  27.1 
 
 		 359 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2765  transcriptional regulator, GntR family  25.13 
 
 		 238 aa  49.3  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0487708  normal  0.0102219 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 255 aa  49.3  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0549  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 255 aa  48.9  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 224 aa  48.9  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4063  GntR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 243 aa  48.9  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.299746  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 233 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 244 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 215 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 239 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  24.02 
 
 		 221 aa  48.1  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 221 aa  47.8  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 242 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  24.07 
 
 		 225 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7701  transcriptional regulator, GntR family  26.29 
 
 		 212 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.788387  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  26.09 
 
 		 236 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 229 aa  48.1  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  25.41 
 
 		 237 aa  48.1  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 255 aa  47.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  26.32 
 
 		 223 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2435  GntR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 252 aa  47.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.410895  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  26.97 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5699  transcriptional regulator, GntR family  24.54 
 
 		 231 aa  47  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.417067  normal  0.240474 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 226 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 239 aa  46.6  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0930  transcriptional regulator, GntR family  23.83 
 
 		 213 aa  47  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.491637 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 256 aa  47  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>