More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2157 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
243 aa  497  1e-140  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.300132  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3589  hypothetical protein  68.46 
 
 
242 aa  344  8.999999999999999e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00166037  normal  0.283325 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1991  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.07 
 
 
242 aa  322  3e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0233  ribitol 2-dehydrogenase  63.07 
 
 
242 aa  321  8e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.14 
 
 
241 aa  311  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.9 
 
 
241 aa  311  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.324633  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.17 
 
 
242 aa  303  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000519334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0884  ribitol 2-dehydrogenase (RDH)  57.26 
 
 
242 aa  291  7e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.332992  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
242 aa  283  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.77 
 
 
242 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.53 
 
 
242 aa  268  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.14693  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0243  ribitol dehydrogenase  51.45 
 
 
242 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0268  ribitol dehydrogenase  50.62 
 
 
242 aa  260  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.245269  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.96 
 
 
242 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3704  ribitol 2-dehydrogenase  50.62 
 
 
242 aa  255  4e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0194179  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
242 aa  255  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.432228  normal  0.172145 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7375  ribitol 2-dehydrogenase  50.21 
 
 
242 aa  248  8e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.96 
 
 
242 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.88898  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0554  ribitol 2-dehydrogenase  46.41 
 
 
241 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.98 
 
 
242 aa  226  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.236721  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
255 aa  122  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
252 aa  121  9e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.87 
 
 
246 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0875  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  34.58 
 
 
264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123287 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.13 
 
 
230 aa  119  6e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 
248 aa  119  6e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
248 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.35 
 
 
246 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31 
 
 
244 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.59 
 
 
245 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3057  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.51 
 
 
246 aa  111  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.030998  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30 
 
 
238 aa  111  9e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.79 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.69 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.11 
 
 
231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.11 
 
 
231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
248 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  30.04 
 
 
252 aa  109  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
234 aa  108  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.22 
 
 
253 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.86 
 
 
246 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
280 aa  107  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000963224  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
248 aa  107  1e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
255 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
280 aa  107  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.434492  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.29 
 
 
251 aa  107  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 
259 aa  106  3e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.26 
 
 
275 aa  106  4e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
249 aa  105  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.743298  normal  0.331611 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
249 aa  105  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2437  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.77 
 
 
251 aa  105  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.090617  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.87 
 
 
254 aa  105  7e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
241 aa  105  7e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
278 aa  105  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  30.59 
 
 
247 aa  104  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 
244 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742877  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 
246 aa  103  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
247 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
246 aa  103  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
251 aa  103  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 
252 aa  103  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
249 aa  103  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.63 
 
 
286 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.068211 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.18 
 
 
249 aa  102  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
247 aa  102  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.21 
 
 
226 aa  102  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.24 
 
 
246 aa  102  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
261 aa  102  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.498935  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.27 
 
 
264 aa  102  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
260 aa  102  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.42 
 
 
232 aa  101  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2858  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.35 
 
 
246 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.3 
 
 
250 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.93 
 
 
252 aa  101  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  30.38 
 
 
246 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  27.71 
 
 
255 aa  101  1e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 
287 aa  101  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.38962  normal  0.0399907 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8214  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
248 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.02 
 
 
273 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.96 
 
 
246 aa  100  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.17 
 
 
246 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
270 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.36 
 
 
275 aa  100  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
245 aa  99.8  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1287  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.51 
 
 
252 aa  99.8  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.91 
 
 
233 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.4 
 
 
246 aa  99.4  4e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.52 
 
 
255 aa  99.8  4e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
256 aa  99.4  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.99 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
280 aa  99.4  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.91 
 
 
246 aa  99  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
262 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.25 
 
 
243 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.138701 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00179  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G11240)  28.02 
 
 
313 aa  98.6  7e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.983253  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  31.61 
 
 
274 aa  98.6  8e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
247 aa  98.6  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>