More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0884 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0884  ribitol 2-dehydrogenase (RDH)  100 
 
 
242 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.332992  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.34 
 
 
242 aa  401  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000519334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0233  ribitol 2-dehydrogenase  74.38 
 
 
242 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.6 
 
 
242 aa  360  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0263  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 
241 aa  344  8e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1991  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.29 
 
 
242 aa  343  1e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.95 
 
 
241 aa  341  5.999999999999999e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.324633  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3589  hypothetical protein  61.16 
 
 
242 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00166037  normal  0.283325 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
243 aa  291  7e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.300132  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.85 
 
 
242 aa  289  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0243  ribitol dehydrogenase  57.85 
 
 
242 aa  286  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0268  ribitol dehydrogenase  57.44 
 
 
242 aa  283  1.0000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.245269  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.2 
 
 
242 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.14693  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.2 
 
 
242 aa  281  7.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.37 
 
 
242 aa  278  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.88898  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7375  ribitol 2-dehydrogenase  54.13 
 
 
242 aa  271  6e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0554  ribitol 2-dehydrogenase  53.14 
 
 
241 aa  270  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3704  ribitol 2-dehydrogenase  53.31 
 
 
242 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0194179  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
242 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.432228  normal  0.172145 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 
242 aa  244  6e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.236721  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
252 aa  125  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 
254 aa  115  5e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
254 aa  115  5e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
252 aa  115  6e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.09 
 
 
231 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.09 
 
 
231 aa  114  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.76 
 
 
264 aa  112  5e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  31.76 
 
 
264 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
275 aa  111  9e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.33 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.33 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.33 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0217  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
286 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.743608  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000963224  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  31.8 
 
 
1270 aa  109  3e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.33 
 
 
264 aa  109  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.25 
 
 
244 aa  109  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 
244 aa  109  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  32.93 
 
 
247 aa  110  3e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 
246 aa  109  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.12 
 
 
230 aa  109  5e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 
295 aa  108  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.33 
 
 
264 aa  108  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
254 aa  108  7.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 
293 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.9 
 
 
264 aa  107  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
241 aa  107  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  33.7 
 
 
274 aa  107  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
255 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 
248 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 
246 aa  107  2e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  30.9 
 
 
264 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
254 aa  107  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.44826  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 
248 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
264 aa  106  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.59 
 
 
246 aa  106  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 
295 aa  106  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
263 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0528  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
287 aa  105  4e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0540  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
287 aa  105  4e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0506548  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0518  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
287 aa  105  4e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.693984  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4098  short chain dehydrogenase  32.02 
 
 
249 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277567  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4268  short chain dehydrogenase  32.02 
 
 
249 aa  105  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  0.279758 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0911  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 
242 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
250 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.04 
 
 
246 aa  105  8e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0938  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 
242 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.7 
 
 
246 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
297 aa  104  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.48 
 
 
298 aa  104  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
249 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 
249 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
295 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
252 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.12 
 
 
244 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
261 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2683  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
250 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.138806  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 
244 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
258 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
250 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
268 aa  103  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
262 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
250 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.604698  normal  0.0177772 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.11 
 
 
247 aa  103  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
247 aa  102  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1738  short chain dehydrogenase  32.17 
 
 
278 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0147369  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
254 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  31.9 
 
 
259 aa  102  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
253 aa  102  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.36 
 
 
246 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.19 
 
 
264 aa  102  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 
241 aa  102  5e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.116852  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  29.46 
 
 
247 aa  102  5e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
280 aa  102  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.434492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>