More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1780 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1780  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 451 aa  875    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  44.29 
 
 		 405 aa  291  2e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.26 
 
 		 393 aa  289  6e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  49.54 
 
 		 394 aa  286  7e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  45.95 
 
 		 428 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  44.48 
 
 		 386 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  43.48 
 
 		 397 aa  285  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  50.14 
 
 		 387 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  47.06 
 
 		 394 aa  283  5.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  45.97 
 
 		 384 aa  282  8.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3321  cation/multidrug efflux pump, membrane-fusion protein  50.14 
 
 		 387 aa  282  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  44.27 
 
 		 442 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  46.36 
 
 		 382 aa  280  5e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  43.7 
 
 		 392 aa  280  5e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  42.93 
 
 		 383 aa  279  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  46.57 
 
 		 384 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.41 
 
 		 379 aa  277  3e-73  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  46.31 
 
 		 384 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.08 
 
 		 422 aa  276  6e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.27 
 
 		 384 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1836  multidrug efflux transport protein EefA  44.24 
 
 		 373 aa  273  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000609578 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  46.27 
 
 		 384 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2894  RND family efflux transporter MFP subunit  43.48 
 
 		 397 aa  271  1e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.781676  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2325  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.78 
 
 		 446 aa  272  1e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.116121  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2836  RND family efflux transporter MFP subunit  46.78 
 
 		 446 aa  271  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113713  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  44 
 
 		 431 aa  270  4e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.6 
 
 		 381 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  44.6 
 
 		 381 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  44.57 
 
 		 382 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  45.24 
 
 		 382 aa  268  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  44.38 
 
 		 382 aa  268  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.51 
 
 		 386 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  41.99 
 
 		 386 aa  268  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  40.48 
 
 		 379 aa  268  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  44.32 
 
 		 381 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  45.24 
 
 		 382 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  44.29 
 
 		 382 aa  266  4e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  40.76 
 
 		 386 aa  267  4e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  41.99 
 
 		 386 aa  266  4e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  43.6 
 
 		 381 aa  266  5e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.02 
 
 		 433 aa  266  7e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  45.97 
 
 		 378 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  46.57 
 
 		 383 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  41.89 
 
 		 406 aa  265  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1927  multidrug efflux transport protein EefA  43.97 
 
 		 373 aa  263  4e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000645896 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3367  RND family efflux transporter MFP subunit  44.35 
 
 		 480 aa  263  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.4 
 
 		 395 aa  263  4.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  41.1 
 
 		 395 aa  263  6e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  44.39 
 
 		 381 aa  263  6e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  41.1 
 
 		 388 aa  263  6e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01755  hypothetical protein  44.31 
 
 		 378 aa  263  6e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  41.1 
 
 		 395 aa  263  6e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  42.08 
 
 		 426 aa  262  8.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3719  RND family efflux transporter MFP subunit  42.66 
 
 		 353 aa  262  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  42.9 
 
 		 400 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  46.61 
 
 		 423 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  41.18 
 
 		 395 aa  260  3e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  44.32 
 
 		 387 aa  260  4e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  46.57 
 
 		 400 aa  258  1e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  41.34 
 
 		 397 aa  258  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3800  RND family efflux transporter MFP subunit  41.76 
 
 		 404 aa  258  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  46.71 
 
 		 386 aa  257  2e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  42.19 
 
 		 385 aa  257  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.59 
 
 		 399 aa  256  6e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4090  secretion protein HlyD  44.85 
 
 		 386 aa  256  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  41.98 
 
 		 405 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  42.97 
 
 		 400 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  41.69 
 
 		 386 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  40.76 
 
 		 390 aa  253  4.0000000000000004e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.43 
 
 		 390 aa  253  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122287 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0504  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.71 
 
 		 399 aa  253  7e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.196433  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  40.83 
 
 		 409 aa  252  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  42.65 
 
 		 383 aa  251  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.18 
 
 		 403 aa  251  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  40.57 
 
 		 409 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  40.83 
 
 		 409 aa  251  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  40.57 
 
 		 397 aa  251  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.57 
 
 		 397 aa  251  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  40.57 
 
 		 397 aa  251  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  40.57 
 
 		 397 aa  251  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  40.57 
 
 		 397 aa  251  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1280  secretion protein HlyD  44.25 
 
 		 385 aa  250  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0347794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0581  RND family efflux transporter MFP subunit  42.27 
 
 		 417 aa  250  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1990  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.94 
 
 		 392 aa  250  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.759025  normal  0.937313 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  40.57 
 
 		 397 aa  251  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  42.81 
 
 		 428 aa  247  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  41.02 
 
 		 385 aa  246  8e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.02 
 
 		 385 aa  246  8e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  41.02 
 
 		 385 aa  246  8e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0103  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.09 
 
 		 382 aa  246  8e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  41.02 
 
 		 385 aa  246  8e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  41.02 
 
 		 385 aa  246  8e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  41.02 
 
 		 385 aa  246  8e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  41.02 
 
 		 385 aa  246  8e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.48 
 
 		 396 aa  246  9e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  45.59 
 
 		 412 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.16 
 
 		 410 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0131  RND family efflux transporter MFP subunit  42.44 
 
 		 383 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000302028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  41.02 
 
 		 385 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  41.69 
 
 		 367 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>