297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_3003 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_3003  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 816 aa  1629    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2424  outer membrane efflux protein  30.74 
 
 		 814 aa  270  1e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.700417  decreased coverage  0.000000025063 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  25.93 
 
 		 470 aa  85.5  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  26.34 
 
 		 469 aa  83.2  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02907  outer membrane channel precursor protein  25.12 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.12 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  25.12 
 
 		 495 aa  81.3  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0662  outer membrane channel protein  25.12 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.120975  normal  0.0171626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02857  hypothetical protein  25.12 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3330  outer membrane channel protein  24.82 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4349  outer membrane channel protein  24.83 
 
 		 493 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3499  outer membrane channel protein  25.12 
 
 		 495 aa  81.3  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0404091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3213  outer membrane channel protein  25.12 
 
 		 495 aa  81.3  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00955114  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  25.11 
 
 		 463 aa  80.9  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  25.12 
 
 		 489 aa  79.3  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  25.12 
 
 		 489 aa  79.3  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  25.12 
 
 		 489 aa  79.3  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  25.12 
 
 		 489 aa  79  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  25.06 
 
 		 497 aa  79  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  25.12 
 
 		 489 aa  79  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.34 
 
 		 456 aa  78.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  24.26 
 
 		 463 aa  77.8  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000673159  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3331  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  27.93 
 
 		 386 aa  77.4  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000133768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  23.66 
 
 		 444 aa  74.7  0.000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  25.43 
 
 		 481 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  24.94 
 
 		 494 aa  73.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2283  outer membrane efflux protein  24.26 
 
 		 501 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0628456 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  25.11 
 
 		 482 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4799  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.6 
 
 		 477 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4976  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.67 
 
 		 478 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0903  outer membrane efflux protein  27 
 
 		 436 aa  71.2  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.331424  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4715  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.55 
 
 		 477 aa  70.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.133912 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4923  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.16 
 
 		 477 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0573  outer membrane channel protein  25.9 
 
 		 464 aa  69.7  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0654  outer membrane channel protein  25.9 
 
 		 464 aa  69.7  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.945309  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2675  outer membrane channel protein  23.75 
 
 		 441 aa  68.9  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  22.86 
 
 		 462 aa  67.8  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  26.9 
 
 		 419 aa  66.6  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  24.4 
 
 		 489 aa  65.9  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.96 
 
 		 489 aa  65.9  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3378  outer membrane efflux protein  22.39 
 
 		 498 aa  65.5  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.106709 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0610  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.34 
 
 		 480 aa  65.1  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  24.84 
 
 		 479 aa  64.7  0.000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  23.63 
 
 		 467 aa  64.3  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0284  outer membrane channel protein  25.11 
 
 		 465 aa  64.3  0.000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1967  outer membrane efflux protein  30 
 
 		 443 aa  62.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000399706  normal  0.35271 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2194  RND efflux system outer membrane lipoprotein  24.26 
 
 		 518 aa  63.5  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0247365  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3710  outer membrane efflux protein  28.06 
 
 		 419 aa  63.5  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  23.65 
 
 		 438 aa  63.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000158125  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3330  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  23.59 
 
 		 385 aa  63.5  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.430649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  22.95 
 
 		 472 aa  62.4  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.57 
 
 		 479 aa  62  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  21.39 
 
 		 435 aa  61.6  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000456355  hitchhiker  0.0000511139 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0207  outer membrane efflux protein  22.77 
 
 		 523 aa  61.2  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3945  putative outer membrane protein tolC precursor  24.38 
 
 		 461 aa  61.2  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.8738  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4162  outer membrane efflux protein  20.58 
 
 		 443 aa  61.2  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000533026  normal  0.288124 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  21.39 
 
 		 435 aa  61.2  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245313  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2963  hypothetical protein  25.46 
 
 		 412 aa  60.8  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  25.43 
 
 		 489 aa  60.8  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  24.76 
 
 		 419 aa  60.8  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2407  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  24.48 
 
 		 391 aa  60.8  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  21.39 
 
 		 435 aa  60.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000555232  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16260  Type I secretion outer membrane protein  24.71 
 
 		 472 aa  59.7  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  21.24 
 
 		 435 aa  59.7  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  24.02 
 
 		 479 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0042  outer membrane efflux protein  24.87 
 
 		 454 aa  59.3  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.293166 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  25.34 
 
 		 471 aa  59.3  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  22.14 
 
 		 448 aa  58.9  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000576987  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1304  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.29 
 
 		 446 aa  58.9  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000151154  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  26 
 
 		 423 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1266  outer membrane efflux protein  27.68 
 
 		 444 aa  58.5  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  26 
 
 		 423 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1990  outer membrane efflux protein  21.13 
 
 		 471 aa  58.5  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.154832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0162  outer membrane efflux protein  25.23 
 
 		 433 aa  58.5  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  26 
 
 		 423 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.62 
 
 		 449 aa  58.2  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0733  outer membrane efflux protein, putative  27.03 
 
 		 463 aa  58.2  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 492 aa  57.8  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1650  Outer membrane efflux protein  22.19 
 
 		 499 aa  58.2  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0374464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3126  outer membrane efflux protein  21.56 
 
 		 444 aa  57.8  0.0000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3409  outer membrane efflux protein  30.71 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000155286  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0736  hypothetical protein  21.19 
 
 		 455 aa  57.8  0.0000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3343  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.35 
 
 		 452 aa  57.8  0.0000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  20.91 
 
 		 435 aa  57.4  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000621601  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  21.39 
 
 		 435 aa  57.4  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000113836  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  20.91 
 
 		 435 aa  57.4  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000184345  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  20.91 
 
 		 435 aa  57.4  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000408694  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  24.69 
 
 		 1496 aa  57  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.28 
 
 		 455 aa  56.6  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.64 
 
 		 461 aa  56.2  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  25.77 
 
 		 394 aa  57  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  21.67 
 
 		 435 aa  55.8  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0754  hypothetical protein  21.19 
 
 		 455 aa  55.8  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0186  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.73 
 
 		 485 aa  55.8  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  25.23 
 
 		 437 aa  55.5  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.52 
 
 		 455 aa  55.5  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  26.29 
 
 		 470 aa  55.5  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  21.93 
 
 		 453 aa  55.5  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4833  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  24.1 
 
 		 474 aa  55.1  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.820871  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5432  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.02 
 
 		 553 aa  55.1  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.199925  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>