284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4102 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4102  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  100 
 
 		 761 aa  1575    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0349  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  31.14 
 
 		 599 aa  130  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0356  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.48 
 
 		 603 aa  129  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28810  putative DNA helicase  24.59 
 
 		 1707 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0849671  decreased coverage  0.0000000181114 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  46.48 
 
 		 1377 aa  64.3  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  33.7 
 
 		 698 aa  62.8  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  41.67 
 
 		 1392 aa  60.1  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  30.99 
 
 		 1177 aa  59.7  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  25.45 
 
 		 735 aa  58.9  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  30.5 
 
 		 1180 aa  58.2  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1050  UvrD/REP helicase  45.21 
 
 		 597 aa  58.2  0.0000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 1144 aa  58.2  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  47.54 
 
 		 1251 aa  57.8  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  33.6 
 
 		 700 aa  57.4  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0474  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.38 
 
 		 1469 aa  57.4  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.872336  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  46.27 
 
 		 1271 aa  57  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  46.27 
 
 		 1270 aa  57  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  37.5 
 
 		 1089 aa  56.2  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  41.43 
 
 		 1230 aa  56.2  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3744  UvrD/REP helicase  41.1 
 
 		 1124 aa  56.6  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.183659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0621  DNA helicase  29.59 
 
 		 1715 aa  55.8  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  28.31 
 
 		 1075 aa  55.8  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  36.94 
 
 		 1032 aa  55.5  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0954  superfamily I DNA and RNA helicase  28.78 
 
 		 1343 aa  55.5  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  21.47 
 
 		 1050 aa  55.1  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  40 
 
 		 1074 aa  55.5  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1807  UvrD/REP helicase  34.11 
 
 		 710 aa  55.1  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.388525  normal  0.14229 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  47.37 
 
 		 1233 aa  54.7  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3206  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 1290 aa  54.7  0.000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0935  UvrD/REP helicase  38.61 
 
 		 759 aa  54.3  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00354406  normal  0.765931 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6248  putative DNA helicase  25.6 
 
 		 486 aa  54.3  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.64 
 
 		 659 aa  54.3  0.000009  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  36.9 
 
 		 754 aa  54.3  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  40.74 
 
 		 1044 aa  53.9  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1460  UvrD/REP helicase  38.46 
 
 		 804 aa  53.5  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.373759  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5049  UvrD/REP helicase  27.19 
 
 		 1062 aa  53.5  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0107382 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  41.18 
 
 		 1236 aa  53.5  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  36.84 
 
 		 1062 aa  53.5  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  40.74 
 
 		 1060 aa  53.1  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7799  UvrD/REP helicase  31.91 
 
 		 787 aa  53.1  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2914  ATP-dependent DNA helicase RecQ  24.88 
 
 		 1473 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0422166 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  33.94 
 
 		 1232 aa  52.8  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1033  DNA helicase IV  24.9 
 
 		 684 aa  53.5  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0811314  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15090  DNA/RNA helicase, superfamily I  35.51 
 
 		 1176 aa  52.8  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4281  UvrD/REP helicase  37.65 
 
 		 606 aa  53.1  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1116  DNA helicase IV  24.9 
 
 		 684 aa  53.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000516888 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  36.36 
 
 		 1143 aa  53.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  42.42 
 
 		 1244 aa  53.1  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  47.06 
 
 		 1244 aa  52.8  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1184  DNA helicase IV  24.17 
 
 		 684 aa  52.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.660138 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  34.56 
 
 		 1230 aa  52.4  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  34.21 
 
 		 732 aa  52.4  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  31.54 
 
 		 1118 aa  52  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5233  putative helicase superfamily I  23.9 
 
 		 486 aa  52  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161896  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  31.88 
 
 		 807 aa  52  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1569  putative DNA helicase  23.9 
 
 		 486 aa  52  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  35.29 
 
 		 1244 aa  51.6  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1409  UvrD/REP helicase  28.48 
 
 		 714 aa  51.6  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2901  UvrD/REP helicase  32.68 
 
 		 1136 aa  51.6  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0570587  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  32.08 
 
 		 706 aa  51.6  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.74 
 
 		 741 aa  51.6  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  32.43 
 
 		 739 aa  51.6  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  35.79 
 
 		 671 aa  51.6  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  35.78 
 
 		 1108 aa  51.6  0.00006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  40.54 
 
 		 731 aa  51.2  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  35.79 
 
 		 671 aa  51.6  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  35.79 
 
 		 671 aa  51.2  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  32.63 
 
 		 726 aa  51.2  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1841  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 946 aa  51.2  0.00006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.716843  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1150  DNA helicase IV  24.48 
 
 		 684 aa  51.6  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0061  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 		 946 aa  51.2  0.00006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.147591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  33.02 
 
 		 682 aa  51.2  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1138  DNA helicase IV  24.48 
 
 		 684 aa  51.2  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.33905 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  42.37 
 
 		 1241 aa  51.2  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4660  UvrD/REP helicase  34.11 
 
 		 707 aa  51.2  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  37.93 
 
 		 657 aa  51.2  0.00008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  35.19 
 
 		 1101 aa  50.8  0.00009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.37 
 
 		 1241 aa  50.1  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  42.37 
 
 		 1241 aa  50.1  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.37 
 
 		 1241 aa  50.1  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.37 
 
 		 1241 aa  50.1  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.37 
 
 		 1241 aa  50.4  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  42.37 
 
 		 1241 aa  50.1  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0110  superfamily I DNA and RNA helicase  24.5 
 
 		 401 aa  50.1  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.285644  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.37 
 
 		 1241 aa  50.1  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  42.59 
 
 		 1134 aa  50.4  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  32.45 
 
 		 1103 aa  50.4  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0006  UvrD/REP helicase  27.84 
 
 		 945 aa  50.4  0.0001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.416534  hitchhiker  0.0000067994 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  42.37 
 
 		 1242 aa  50.4  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  32.46 
 
 		 1073 aa  50.4  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1427  UvrD/REP helicase  27.85 
 
 		 707 aa  50.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  40.74 
 
 		 1059 aa  50.4  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.37 
 
 		 1241 aa  50.4  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0968  UvrD/REP helicase  27.41 
 
 		 706 aa  50.4  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1463  UvrD/REP helicase  27.85 
 
 		 707 aa  50.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  42.37 
 
 		 1240 aa  50.1  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  27.05 
 
 		 1207 aa  49.7  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  42.37 
 
 		 1242 aa  50.1  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1416  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.72 
 
 		 664 aa  50.1  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1226  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  34.72 
 
 		 664 aa  50.1  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>