More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1555 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1555  phage integrase, putative  100 
 
 		 423 aa  862    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.206278  decreased coverage  0.0000047649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4126  phage integrase family protein  52.11 
 
 		 432 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.727989  normal  0.817809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3889  phage integrase, putative  53.44 
 
 		 432 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000353876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4354  integrase family protein  47.06 
 
 		 445 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0248698 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2978  prophage LambdaSo, site-specific recombinase phage integrase family protein  35.98 
 
 		 399 aa  258  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2610  integrase family protein  35.66 
 
 		 411 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155503 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0405  phage integrase family protein  34.63 
 
 		 402 aa  224  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.629501  normal  0.976028 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1655  phage integrase family protein  34.18 
 
 		 420 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0191595  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3391  integrase family protein  32.23 
 
 		 422 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443618 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2555  phage integrase family protein  32.23 
 
 		 422 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2028  integrase family protein  31.98 
 
 		 422 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0404622  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1973  phage integrase family protein  32.41 
 
 		 422 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0686713  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3261  phage integrase  33.16 
 
 		 417 aa  176  7e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0304734  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3363  phage integrase family protein  31.73 
 
 		 422 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.267116  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1978  integrase family protein  31.98 
 
 		 422 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000635719  normal  0.0552843 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1861  phage integrase family protein  32.23 
 
 		 422 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00488759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0745  phage integrase family protein  32.21 
 
 		 418 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0686713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3487  integrase family protein  31.73 
 
 		 422 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0968357  unclonable  0.00000880604 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3610  phage integrase family protein  33.08 
 
 		 418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000842919  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0775  integrase family protein  32.91 
 
 		 418 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3254  phage integrase family protein  31.73 
 
 		 422 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0772  integrase family protein  32.21 
 
 		 418 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.045428  normal  0.308658 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0234  phage integrase family protein  29.72 
 
 		 416 aa  124  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  28.71 
 
 		 412 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.866183 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  31.29 
 
 		 414 aa  103  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  25.48 
 
 		 415 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  28.8 
 
 		 422 aa  99.4  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  27.25 
 
 		 408 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  26.72 
 
 		 409 aa  97.1  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0699075 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  28.25 
 
 		 413 aa  95.1  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  26.74 
 
 		 411 aa  94.4  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  28.22 
 
 		 406 aa  92.8  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  26.42 
 
 		 413 aa  92.8  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  25.45 
 
 		 411 aa  92  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  27.12 
 
 		 398 aa  92  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2463  phage integrase family protein  27.09 
 
 		 414 aa  92  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.384114  normal  0.0605266 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  27.78 
 
 		 397 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1471  phage integrase family site specific recombinase  29.39 
 
 		 415 aa  91.3  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1601  phage integrase family protein  25.85 
 
 		 416 aa  90.5  4e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.634793  normal  0.83663 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  28.14 
 
 		 400 aa  90.1  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  27.85 
 
 		 413 aa  90.1  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01627  integrase  28.04 
 
 		 290 aa  89  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  25.28 
 
 		 402 aa  88.2  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  24.21 
 
 		 410 aa  87.4  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  25.08 
 
 		 414 aa  87  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  27.67 
 
 		 403 aa  87  6e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  27.27 
 
 		 418 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  25.08 
 
 		 414 aa  86.7  8e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  27.18 
 
 		 403 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  27.37 
 
 		 402 aa  84.7  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1188  phage integrase family protein  29.37 
 
 		 419 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4740  integrase family protein  28.78 
 
 		 418 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  26.19 
 
 		 395 aa  84  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  27.03 
 
 		 418 aa  84  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  26.92 
 
 		 417 aa  82  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2924  integrase family protein  28.86 
 
 		 390 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  23.13 
 
 		 404 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  26.28 
 
 		 420 aa  80.9  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2917  phage integrase family site specific recombinase  26.4 
 
 		 415 aa  80.9  0.00000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0388  phage integrase family site specific recombinase  26.58 
 
 		 429 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  26.76 
 
 		 416 aa  80.5  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  27.87 
 
 		 416 aa  80.5  0.00000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  28.73 
 
 		 410 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3493  integrase family protein  27.93 
 
 		 409 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.247982  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1761  phage integrase family protein  23.84 
 
 		 411 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0148676  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1337  integrase  28.18 
 
 		 418 aa  79.7  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2496  phage integrase family protein  26.87 
 
 		 408 aa  79.7  0.00000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0214559 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  26.87 
 
 		 418 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2845  phage integrase family protein  25.88 
 
 		 409 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  0.121401 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  26.49 
 
 		 410 aa  78.2  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1791  phage integrase family protein  23.56 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.275952  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  27.08 
 
 		 432 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  25.22 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  28.47 
 
 		 409 aa  77.4  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  27.34 
 
 		 413 aa  77.4  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  27.87 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1277  putative phage integrase  30.11 
 
 		 454 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.207014 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5029  phage integrase family protein  30.22 
 
 		 450 aa  76.6  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440555  normal  0.789511 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  24.34 
 
 		 423 aa  76.6  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2743  phage integrase  26.42 
 
 		 417 aa  76.3  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0469991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  23.62 
 
 		 419 aa  76.3  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3223  integrase  27.17 
 
 		 413 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1686  phage integrase family protein  23.46 
 
 		 411 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.034435  normal  0.0441759 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  25 
 
 		 409 aa  75.5  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  27.17 
 
 		 413 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  24.81 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2942  phage integrase family protein  25.15 
 
 		 392 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000983731 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  25.35 
 
 		 405 aa  74.3  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  25.42 
 
 		 404 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4935  putative phage-like integrase  28.44 
 
 		 434 aa  73.9  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  23.08 
 
 		 402 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  26.02 
 
 		 409 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  26.02 
 
 		 409 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1348  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 391 aa  72.4  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.53 
 
 		 402 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  25.27 
 
 		 400 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.726133 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0217  phage-related integrase  28.06 
 
 		 413 aa  71.2  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  26.02 
 
 		 436 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  25.27 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  26.3 
 
 		 404 aa  70.9  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>