More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3732 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3732  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 419 aa  838    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3980  secretion protein HlyD family protein  63.76 
 
 		 420 aa  473  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4025  secretion protein HlyD family protein  50.36 
 
 		 418 aa  403  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0895  secretion protein HlyD family protein  47.41 
 
 		 405 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60760  hypothetical protein  43.16 
 
 		 425 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5231  HlyD family secretion protein  41.21 
 
 		 426 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2470  secretion protein HlyD family protein  34.72 
 
 		 421 aa  219  7.999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  33.25 
 
 		 607 aa  212  9e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4096  secretion protein HlyD family protein  33.51 
 
 		 431 aa  190  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  31.78 
 
 		 411 aa  170  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_003296  RS03081  ABC transporter ATP-binding protein  26.48 
 
 		 417 aa  113  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.955285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.86 
 
 		 505 aa  100  6e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  29.69 
 
 		 374 aa  98.2  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  25.66 
 
 		 509 aa  97.4  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 421 aa  94.7  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.15 
 
 		 448 aa  94  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.92 
 
 		 432 aa  93.6  5e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.02 
 
 		 500 aa  92  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4021  secretion protein HlyD  25.41 
 
 		 345 aa  90.9  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2009  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.53 
 
 		 391 aa  89.7  8e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  26.63 
 
 		 449 aa  89.4  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0039  macrolide-specific efflux protein  23.53 
 
 		 391 aa  89.4  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.461256  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2851  hypothetical protein  20.25 
 
 		 381 aa  87.4  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  23.8 
 
 		 426 aa  84  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2991  hypothetical protein  21.47 
 
 		 381 aa  84.3  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  27.36 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  25.24 
 
 		 517 aa  82  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1759  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.33 
 
 		 457 aa  80.1  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  24.46 
 
 		 356 aa  79.3  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  27.33 
 
 		 368 aa  79  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1890  secretion protein HlyD family protein  25.6 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  24.32 
 
 		 372 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  27.85 
 
 		 395 aa  78.2  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  27.24 
 
 		 331 aa  78.2  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  27.6 
 
 		 331 aa  77.8  0.0000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  28.86 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  26.1 
 
 		 421 aa  77  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  28.86 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  28.86 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  28.86 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  28.86 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  28.86 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  24.7 
 
 		 421 aa  76.3  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.3 
 
 		 504 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 388 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  28.46 
 
 		 343 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.25 
 
 		 462 aa  75.9  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  28.46 
 
 		 343 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1039  secretion protein HlyD  26.15 
 
 		 427 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24 
 
 		 453 aa  74.7  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.2 
 
 		 413 aa  74.3  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.43 
 
 		 430 aa  73.9  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  26.78 
 
 		 375 aa  73.2  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  24.32 
 
 		 417 aa  73.2  0.000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  23.16 
 
 		 424 aa  73.2  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  23.85 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.36 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  22.56 
 
 		 421 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2468  secretion protein HlyD family protein  25.45 
 
 		 393 aa  72.4  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1751  efflux pump membrane protein  25.53 
 
 		 407 aa  72  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0610226 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.46 
 
 		 445 aa  71.2  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0156  secretion protein HlyD  25.59 
 
 		 390 aa  71.2  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 448 aa  71.6  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  25.48 
 
 		 344 aa  70.1  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 		 421 aa  70.1  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0558  secretion protein HlyD family protein  26.36 
 
 		 375 aa  70.1  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.17 
 
 		 365 aa  69.7  0.00000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 		 421 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3362  secretion protein HlyD family protein  26.32 
 
 		 413 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242557 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  24.9 
 
 		 349 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3091  secretion protein HlyD family protein  22.07 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  25.29 
 
 		 424 aa  68.6  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1515  secretion protein HlyD  24.48 
 
 		 405 aa  68.6  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.498978  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1480  secretion protein HlyD family protein  24.92 
 
 		 404 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.04 
 
 		 399 aa  68.9  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1024  secretion protein HlyD  24.92 
 
 		 404 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1504  secretion protein HlyD family protein  24.92 
 
 		 404 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.226713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4645  HlyD family secretion protein  24.58 
 
 		 404 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.109619  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.54 
 
 		 407 aa  68.2  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4850  RND family efflux transporter MFP subunit  24.45 
 
 		 385 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1426  secretion protein HlyD family protein  26.69 
 
 		 405 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183071 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  24.92 
 
 		 366 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.34 
 
 		 432 aa  67.4  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0659148 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  26.49 
 
 		 366 aa  67  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  22.33 
 
 		 361 aa  67.4  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1386  secretion protein HlyD family protein  26.69 
 
 		 407 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03452  hypothetical protein  25.61 
 
 		 378 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0109  secretion protein HlyD family protein  25.61 
 
 		 378 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3803  membrane fusion protein family protein  25.61 
 
 		 378 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.456542  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3930  auxiliary membrane fusion protein family transporter  25.61 
 
 		 378 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.954749 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03403  hypothetical protein  25.61 
 
 		 378 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4095  membrane fusion protein family protein  25.61 
 
 		 378 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.557527  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4967  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  25.61 
 
 		 378 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.560302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3104  secretion protein HlyD family protein  25.91 
 
 		 407 aa  67  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.599645  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.57 
 
 		 414 aa  67  0.0000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  27.94 
 
 		 493 aa  66.6  0.0000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  25.99 
 
 		 471 aa  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.61 
 
 		 428 aa  66.2  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0115  secretion protein HlyD family protein  25.61 
 
 		 378 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0435233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3899  secretion protein HlyD family protein  24.08 
 
 		 378 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>