More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_01890 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  100 
 
 		 275 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  95.64 
 
 		 305 aa  497  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  74.45 
 
 		 310 aa  398  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  69.85 
 
 		 309 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 310 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 310 aa  363  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  68.86 
 
 		 310 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  69.26 
 
 		 306 aa  361  8e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  68.86 
 
 		 310 aa  360  9e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  48.35 
 
 		 310 aa  237  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 321 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 314 aa  184  9e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 327 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  39.26 
 
 		 307 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  39.26 
 
 		 307 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  39.26 
 
 		 307 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  39.26 
 
 		 307 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  39.26 
 
 		 307 aa  178  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 303 aa  178  8e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  36.26 
 
 		 284 aa  176  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 325 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 369 aa  175  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 316 aa  175  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  35.53 
 
 		 305 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  35.29 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 328 aa  168  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  35.29 
 
 		 302 aa  167  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  43.31 
 
 		 319 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 339 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.67 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  36.67 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 322 aa  161  9e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 328 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 328 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 328 aa  155  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  38.81 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  38.81 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  38.81 
 
 		 334 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  38.81 
 
 		 334 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  38.81 
 
 		 334 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 328 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 328 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 333 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 328 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 325 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  40.32 
 
 		 454 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 330 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 317 aa  145  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 297 aa  142  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.29 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4463  transcriptional regulator, LysR family  36.22 
 
 		 317 aa  128  8.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 351 aa  118  9e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 323 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 404 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.15 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.15 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.15 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  29.15 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.15 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.15 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.15 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  29.95 
 
 		 302 aa  105  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 323 aa  105  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 323 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.7 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.65 
 
 		 298 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 311 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2459  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000478231 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 341 aa  98.6  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 406 aa  98.6  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.79 
 
 		 298 aa  97.8  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 326 aa  96.3  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 320 aa  96.7  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 321 aa  95.9  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 314 aa  93.6  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 325 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1018  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 317 aa  93.2  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.379655  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  33.5 
 
 		 314 aa  92.8  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 328 aa  92.8  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>