More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0396 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 383 aa  761    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  90.6 
 
 		 383 aa  672    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  78.04 
 
 		 382 aa  598  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  77.89 
 
 		 382 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  75.07 
 
 		 381 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  77.69 
 
 		 382 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  76.38 
 
 		 382 aa  567  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.5 
 
 		 594 aa  430  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  60.76 
 
 		 375 aa  423  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  60.96 
 
 		 370 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  58.54 
 
 		 376 aa  412  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  59.67 
 
 		 376 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  58.42 
 
 		 378 aa  409  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  58.04 
 
 		 380 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  58.42 
 
 		 378 aa  409  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  60.43 
 
 		 371 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  58.05 
 
 		 378 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  59.02 
 
 		 367 aa  403  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  58.93 
 
 		 372 aa  401  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  59.4 
 
 		 615 aa  393  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  56.3 
 
 		 381 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.02 
 
 		 604 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.02 
 
 		 579 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  56.64 
 
 		 370 aa  382  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  60.27 
 
 		 579 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.95 
 
 		 593 aa  381  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  56.37 
 
 		 373 aa  373  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  55.46 
 
 		 383 aa  373  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  60.1 
 
 		 379 aa  374  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  55.11 
 
 		 370 aa  364  1e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  54.84 
 
 		 370 aa  362  8e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  51.47 
 
 		 377 aa  356  2.9999999999999997e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  53.49 
 
 		 370 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  54.6 
 
 		 385 aa  350  3e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  53.87 
 
 		 368 aa  346  3e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  51.49 
 
 		 369 aa  343  2e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  53.13 
 
 		 369 aa  340  2e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  52.46 
 
 		 369 aa  336  3.9999999999999995e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  50.95 
 
 		 591 aa  325  8.000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  51.9 
 
 		 552 aa  315  7e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  47.8 
 
 		 366 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  48.22 
 
 		 361 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  48.88 
 
 		 361 aa  308  9e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  47.79 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  50.85 
 
 		 364 aa  306  3e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  51.53 
 
 		 367 aa  305  6e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  44.63 
 
 		 362 aa  303  3.0000000000000004e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  48.75 
 
 		 364 aa  302  6.000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  48.75 
 
 		 364 aa  302  6.000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  46.87 
 
 		 370 aa  300  3e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  47.87 
 
 		 367 aa  298  7e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  48.48 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  49.86 
 
 		 359 aa  296  3e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  43.56 
 
 		 358 aa  296  4e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  47.31 
 
 		 367 aa  296  4e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2257  3-dehydroquinate synthase  50.41 
 
 		 354 aa  295  8e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  46.33 
 
 		 358 aa  295  1e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  48.22 
 
 		 365 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  48.22 
 
 		 376 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  45.33 
 
 		 355 aa  293  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  48.22 
 
 		 365 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  49.73 
 
 		 364 aa  292  6e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  46.88 
 
 		 365 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  45.95 
 
 		 365 aa  292  7e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  43.96 
 
 		 358 aa  290  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  49.43 
 
 		 359 aa  291  2e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1146  3-dehydroquinate synthase  46.68 
 
 		 370 aa  289  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  47.34 
 
 		 368 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  45.05 
 
 		 359 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  45.74 
 
 		 368 aa  288  9e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  47.74 
 
 		 368 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  48.48 
 
 		 359 aa  288  1e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0840  3-dehydroquinate synthase  49.58 
 
 		 360 aa  287  2e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  43.55 
 
 		 364 aa  286  2.9999999999999996e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  47.11 
 
 		 367 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  47.46 
 
 		 368 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  43.94 
 
 		 361 aa  286  5e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 368 aa  285  7e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  44.9 
 
 		 373 aa  285  9e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  43.82 
 
 		 359 aa  285  9e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  42.22 
 
 		 369 aa  285  1.0000000000000001e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  45.74 
 
 		 368 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  47.51 
 
 		 366 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  44.54 
 
 		 366 aa  283  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  45.87 
 
 		 373 aa  283  4.0000000000000003e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  43.25 
 
 		 354 aa  282  6.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  46.76 
 
 		 369 aa  282  6.000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  46.33 
 
 		 367 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  48.99 
 
 		 362 aa  282  8.000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  43.91 
 
 		 361 aa  282  8.000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  45.61 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  45.61 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  45.61 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  45.61 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  43.93 
 
 		 388 aa  281  2e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  45.61 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  45.61 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5008  3-dehydroquinate synthase  43.48 
 
 		 363 aa  280  2e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  46.76 
 
 		 359 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  45.61 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>