More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1738 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  66.34 
 
 
515 aa  731    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  100 
 
 
521 aa  1079    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  64.66 
 
 
517 aa  731    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  63.37 
 
 
513 aa  693    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  62.45 
 
 
513 aa  692    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  58.88 
 
 
523 aa  638    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  63.94 
 
 
513 aa  701    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  56.8 
 
 
502 aa  610  1e-173  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  56.56 
 
 
487 aa  592  1e-168  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  32.29 
 
 
452 aa  211  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  29.98 
 
 
469 aa  202  8e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  30.57 
 
 
456 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  30.02 
 
 
475 aa  194  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  31.99 
 
 
487 aa  190  7e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 
533 aa  157  5.0000000000000005e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.4 
 
 
451 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  29.66 
 
 
441 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  29.17 
 
 
441 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.44 
 
 
567 aa  137  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.35 
 
 
508 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  23.19 
 
 
470 aa  131  3e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.47 
 
 
565 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 
558 aa  130  8.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.43 
 
 
600 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.34 
 
 
516 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.59 
 
 
612 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.59 
 
 
612 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.06 
 
 
547 aa  127  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.95 
 
 
546 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  24.78 
 
 
503 aa  127  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.65 
 
 
546 aa  127  6e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.79 
 
 
546 aa  126  8.000000000000001e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  25.55 
 
 
506 aa  126  9e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.79 
 
 
546 aa  126  1e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.45 
 
 
535 aa  126  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.47 
 
 
580 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.86 
 
 
546 aa  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.47 
 
 
567 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  24.82 
 
 
501 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.95 
 
 
546 aa  124  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  24.57 
 
 
501 aa  124  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.53 
 
 
527 aa  124  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  25.86 
 
 
534 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.32 
 
 
528 aa  121  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.3 
 
 
506 aa  120  6e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.01 
 
 
520 aa  120  7.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.34 
 
 
569 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.99 
 
 
488 aa  119  9e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  23.95 
 
 
468 aa  119  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.48 
 
 
548 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.3 
 
 
506 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.11 
 
 
508 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  24.79 
 
 
547 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  26.37 
 
 
474 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  28.64 
 
 
488 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  25.62 
 
 
675 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  24.16 
 
 
489 aa  107  4e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.94 
 
 
473 aa  107  6e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.49 
 
 
461 aa  106  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.03 
 
 
554 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.03 
 
 
459 aa  105  2e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  28.32 
 
 
487 aa  103  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  28.47 
 
 
433 aa  103  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  26.11 
 
 
429 aa  101  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  28.17 
 
 
475 aa  99.8  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  28.07 
 
 
472 aa  98.6  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  25.23 
 
 
471 aa  98.2  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  26.5 
 
 
484 aa  97.8  4e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 
472 aa  97.4  5e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.63 
 
 
529 aa  97.4  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  25.27 
 
 
518 aa  97.1  7e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  27.3 
 
 
553 aa  96.7  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  24.7 
 
 
459 aa  95.9  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  29.13 
 
 
475 aa  94.7  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  28.48 
 
 
577 aa  94.7  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  26.32 
 
 
490 aa  94.4  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 
446 aa  93.6  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  26.35 
 
 
430 aa  93.2  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.89 
 
 
473 aa  92.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.03 
 
 
473 aa  91.7  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  27.18 
 
 
471 aa  90.1  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  24.8 
 
 
461 aa  90.1  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 
520 aa  89.7  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 
428 aa  89.7  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.62 
 
 
478 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.78 
 
 
472 aa  88.6  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  24.06 
 
 
520 aa  89.4  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  25.91 
 
 
545 aa  89  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  27.16 
 
 
573 aa  88.2  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.56 
 
 
472 aa  88.2  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 
444 aa  87.8  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.73 
 
 
609 aa  87.8  4e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.05 
 
 
564 aa  87.8  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  26.46 
 
 
476 aa  87.8  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  24.76 
 
 
495 aa  87.4  5e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2990  Radical SAM domain protein  23.95 
 
 
423 aa  87  8e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00051449  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  28.53 
 
 
476 aa  86.7  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  27.92 
 
 
428 aa  86.7  9e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  25.56 
 
 
557 aa  86.3  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.06 
 
 
485 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>