More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4623 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  56.96 
 
 		 847 aa  952    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  50.65 
 
 		 871 aa  706    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  70.95 
 
 		 810 aa  1199    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  53.16 
 
 		 808 aa  834    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  56.85 
 
 		 814 aa  892    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 810 aa  1662    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  50 
 
 		 827 aa  791    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  57.97 
 
 		 814 aa  908    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  56.46 
 
 		 809 aa  920    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  52.57 
 
 		 799 aa  796    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  48.35 
 
 		 799 aa  700    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  45.96 
 
 		 495 aa  409  1.0000000000000001e-112  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  45.36 
 
 		 501 aa  390  1e-107  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  43.37 
 
 		 494 aa  379  1e-103  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  32.68 
 
 		 856 aa  367  1e-100  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  37.89 
 
 		 574 aa  364  3e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  41.75 
 
 		 587 aa  363  7.0000000000000005e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  41.84 
 
 		 574 aa  362  2e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  38.02 
 
 		 574 aa  361  2e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  31.58 
 
 		 853 aa  359  9.999999999999999e-98  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  34.38 
 
 		 814 aa  357  3.9999999999999996e-97  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  30.02 
 
 		 815 aa  352  1e-95  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  30.57 
 
 		 855 aa  352  1e-95  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  34.62 
 
 		 824 aa  349  1e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  31.56 
 
 		 862 aa  348  2e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  40.34 
 
 		 633 aa  347  6e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  29.63 
 
 		 910 aa  345  2.9999999999999997e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  39.12 
 
 		 505 aa  342  2e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  29.98 
 
 		 863 aa  341  2.9999999999999998e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  34.27 
 
 		 908 aa  340  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  41.13 
 
 		 499 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  40.34 
 
 		 526 aa  335  2e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  38.05 
 
 		 505 aa  334  4e-90  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  39.46 
 
 		 506 aa  333  7.000000000000001e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  33.6 
 
 		 873 aa  332  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  29.39 
 
 		 874 aa  332  1e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  38.93 
 
 		 523 aa  330  6e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  38.93 
 
 		 508 aa  329  1.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  39.75 
 
 		 585 aa  329  1.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  29.53 
 
 		 863 aa  327  6e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  29.9 
 
 		 863 aa  323  6e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  38.54 
 
 		 495 aa  323  8e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  33.54 
 
 		 808 aa  320  7.999999999999999e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  33.59 
 
 		 891 aa  320  9e-86  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  36.44 
 
 		 527 aa  316  9.999999999999999e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  35.34 
 
 		 526 aa  310  6.999999999999999e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  35.44 
 
 		 527 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  32.44 
 
 		 822 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  37.08 
 
 		 568 aa  293  9e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  37.66 
 
 		 499 aa  292  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  37.02 
 
 		 499 aa  291  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  32.15 
 
 		 816 aa  289  1e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  37.37 
 
 		 518 aa  288  2.9999999999999996e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  37.37 
 
 		 518 aa  288  2.9999999999999996e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  37.17 
 
 		 518 aa  286  8e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  37.17 
 
 		 518 aa  286  8e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  39.73 
 
 		 534 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  43.8 
 
 		 528 aa  284  5.000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  35.79 
 
 		 525 aa  277  4e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  37.09 
 
 		 518 aa  276  7e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  43.75 
 
 		 554 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  37.58 
 
 		 535 aa  275  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  36.29 
 
 		 504 aa  275  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  37.7 
 
 		 537 aa  275  4.0000000000000004e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  37.7 
 
 		 537 aa  275  4.0000000000000004e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  37.52 
 
 		 540 aa  273  7e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  35.17 
 
 		 498 aa  273  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  35.36 
 
 		 505 aa  273  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  35.95 
 
 		 525 aa  272  2e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  36.65 
 
 		 537 aa  271  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  35.09 
 
 		 534 aa  270  5.9999999999999995e-71  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  34.53 
 
 		 498 aa  270  7e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  37.25 
 
 		 544 aa  270  8.999999999999999e-71  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  36.89 
 
 		 535 aa  266  8e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  34.11 
 
 		 500 aa  265  3e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  35.48 
 
 		 496 aa  265  3e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  32.21 
 
 		 860 aa  263  8e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  35.63 
 
 		 537 aa  258  4e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  38.56 
 
 		 462 aa  257  6e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  34.08 
 
 		 523 aa  257  8e-67  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  33.47 
 
 		 493 aa  255  2.0000000000000002e-66  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  37.07 
 
 		 547 aa  255  3e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  36.96 
 
 		 547 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  31.6 
 
 		 508 aa  252  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  32.57 
 
 		 505 aa  248  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.17 
 
 		 508 aa  247  8e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  33.6 
 
 		 520 aa  246  9.999999999999999e-64  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  33.04 
 
 		 496 aa  243  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  34.52 
 
 		 522 aa  241  5e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  30.74 
 
 		 503 aa  239  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  33.2 
 
 		 524 aa  239  2e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  31.51 
 
 		 492 aa  237  7e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  33.88 
 
 		 516 aa  233  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  40.43 
 
 		 584 aa  231  3e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  34.43 
 
 		 522 aa  232  3e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  32.14 
 
 		 526 aa  230  7e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  34.23 
 
 		 520 aa  229  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  34.23 
 
 		 520 aa  229  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  32.13 
 
 		 521 aa  229  2e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  32.87 
 
 		 527 aa  228  5.0000000000000005e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>