More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02016 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  100 
 
 
474 aa  980    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.64 
 
 
477 aa  545  1e-154  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.11 
 
 
473 aa  546  1e-154  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.7 
 
 
476 aa  505  9.999999999999999e-143  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  50.63 
 
 
471 aa  470  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  50.42 
 
 
471 aa  468  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.16 
 
 
483 aa  466  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.79 
 
 
483 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.58 
 
 
475 aa  460  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.05 
 
 
482 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.55 
 
 
486 aa  450  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.32 
 
 
469 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.42 
 
 
499 aa  446  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.24 
 
 
474 aa  442  1e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  45.05 
 
 
476 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.05 
 
 
476 aa  439  9.999999999999999e-123  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.25 
 
 
505 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  45.05 
 
 
476 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  45.13 
 
 
469 aa  437  1e-121  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  44 
 
 
476 aa  432  1e-120  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  45.05 
 
 
476 aa  434  1e-120  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.44 
 
 
501 aa  432  1e-120  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.62 
 
 
483 aa  434  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  44.63 
 
 
476 aa  432  1e-120  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.26 
 
 
471 aa  432  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  44.42 
 
 
476 aa  430  1e-119  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  49.28 
 
 
487 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.12 
 
 
476 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.61 
 
 
490 aa  423  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.64 
 
 
478 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.02 
 
 
483 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.59 
 
 
481 aa  415  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  47.47 
 
 
483 aa  418  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.16 
 
 
471 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.8 
 
 
479 aa  417  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.87 
 
 
500 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.71 
 
 
484 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.25 
 
 
475 aa  414  1e-114  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.69 
 
 
525 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.19 
 
 
518 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  44.65 
 
 
472 aa  402  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.28 
 
 
487 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.61 
 
 
519 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.61 
 
 
519 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.57 
 
 
478 aa  405  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.86 
 
 
477 aa  400  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.61 
 
 
519 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.22 
 
 
483 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.66 
 
 
486 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.85 
 
 
452 aa  382  1e-105  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.25 
 
 
497 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.45 
 
 
486 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.25 
 
 
486 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.25 
 
 
534 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.36 
 
 
486 aa  382  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.45 
 
 
486 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.25 
 
 
486 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.03 
 
 
463 aa  376  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.86 
 
 
500 aa  378  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.13 
 
 
486 aa  365  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.16 
 
 
479 aa  363  3e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.1 
 
 
454 aa  355  6.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  39.54 
 
 
486 aa  343  4e-93  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.47 
 
 
487 aa  335  1e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.88 
 
 
491 aa  324  3e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.08 
 
 
457 aa  318  1e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.32 
 
 
511 aa  311  2e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.37 
 
 
474 aa  310  4e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.75 
 
 
476 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.82 
 
 
471 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.37 
 
 
481 aa  302  8.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.81 
 
 
497 aa  302  9e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.16 
 
 
468 aa  300  3e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.14 
 
 
513 aa  300  5e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.7 
 
 
486 aa  297  2e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.77 
 
 
468 aa  295  8e-79  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  37.71 
 
 
477 aa  295  1e-78  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.22 
 
 
499 aa  293  7e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.59 
 
 
518 aa  292  8e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.27 
 
 
493 aa  292  8e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.37 
 
 
484 aa  291  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.1 
 
 
470 aa  292  1e-77  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.82 
 
 
471 aa  291  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.46 
 
 
488 aa  291  2e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.89 
 
 
478 aa  290  3e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.62 
 
 
431 aa  291  3e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.17 
 
 
518 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  35.4 
 
 
434 aa  289  7e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.55 
 
 
488 aa  289  9e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  36.84 
 
 
478 aa  289  9e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.25 
 
 
480 aa  289  9e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.35 
 
 
493 aa  288  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.21 
 
 
463 aa  288  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.42 
 
 
492 aa  287  2.9999999999999996e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.19 
 
 
470 aa  287  4e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.46 
 
 
450 aa  286  4e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.21 
 
 
467 aa  286  5.999999999999999e-76  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.57 
 
 
479 aa  286  8e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.32 
 
 
525 aa  285  9e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.89 
 
 
470 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>