More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3652 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  100 
 
 		 293 aa  569  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  90.44 
 
 		 315 aa  523  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  91.13 
 
 		 293 aa  522  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  76.11 
 
 		 288 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  76.45 
 
 		 288 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  71.63 
 
 		 290 aa  401  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  70.93 
 
 		 290 aa  397  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  64.6 
 
 		 287 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  64.6 
 
 		 287 aa  379  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  63.92 
 
 		 287 aa  378  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  64.6 
 
 		 287 aa  377  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  66.55 
 
 		 288 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  65.53 
 
 		 288 aa  355  5.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  61.51 
 
 		 313 aa  349  3e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  64.85 
 
 		 288 aa  349  3e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  57.44 
 
 		 290 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  56.4 
 
 		 290 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  56.34 
 
 		 286 aa  295  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  52.78 
 
 		 286 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  46.25 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  44.01 
 
 		 306 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  45.39 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  47.97 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  46.45 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  47.52 
 
 		 305 aa  228  8e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  44.19 
 
 		 305 aa  222  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  46.25 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  44.3 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  42.58 
 
 		 306 aa  215  8e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  47.84 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  48.05 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  43.37 
 
 		 306 aa  208  8e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  43.39 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  44.44 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  46.03 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  40.43 
 
 		 286 aa  200  3e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2236  inner-membrane translocator  45.31 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  45.6 
 
 		 329 aa  193  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  41.03 
 
 		 286 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.17 
 
 		 305 aa  185  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.21 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  39.51 
 
 		 289 aa  182  4.0000000000000006e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0365  inner-membrane translocator  43.56 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4044  inner-membrane translocator  44.88 
 
 		 304 aa  178  8e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0861  inner-membrane translocator  45.51 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220727  normal  0.159133 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  38.25 
 
 		 285 aa  175  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0852  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 288 aa  175  7e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.147102  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 652 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.2 
 
 		 285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  40 
 
 		 296 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3519  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.186489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.59 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0635  inner-membrane translocator  39.2 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 296 aa  169  7e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  38.62 
 
 		 628 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3046  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 628 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  41.55 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0020  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.37 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.9 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  37.32 
 
 		 289 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  40.64 
 
 		 291 aa  166  5e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2937  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.46 
 
 		 287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  36.61 
 
 		 336 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3374  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  41.03 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0197  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.294895  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4063  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3328  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3989  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1606  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2996  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 286 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 286 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  37.98 
 
 		 286 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  36.98 
 
 		 295 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  40.28 
 
 		 291 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  38.98 
 
 		 315 aa  159  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 286 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 286 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  38.82 
 
 		 330 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  38.82 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0194  inner-membrane translocator  39.31 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1861  inner-membrane translocator  37.18 
 
 		 323 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.221374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.220728 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>