More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3588 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3588  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 234 aa  469  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0224  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  59.31 
 
 		 243 aa  274  1.0000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3376  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.44 
 
 		 242 aa  263  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3280  two component transcriptional regulator  60.52 
 
 		 246 aa  258  7e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2270  two component transcriptional regulator  55.46 
 
 		 244 aa  250  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4261  DNA-binding response regulator  46.09 
 
 		 233 aa  212  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2281  two-component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 235 aa  191  6e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.616769  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2215  two component transcriptional regulator  43.53 
 
 		 235 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0956  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 235 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.357771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0046  two component transcriptional regulator  43.46 
 
 		 233 aa  188  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.214766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 242 aa  185  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4014  two component transcriptional regulator  40.6 
 
 		 234 aa  180  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 240 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 250 aa  176  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 243 aa  176  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0111  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 240 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 246 aa  175  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  40.25 
 
 		 245 aa  174  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.36 
 
 		 259 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 		 240 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  40.25 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  43.36 
 
 		 230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 236 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 240 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 242 aa  171  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  42.55 
 
 		 243 aa  171  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 241 aa  170  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.56 
 
 		 246 aa  168  8e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.69 
 
 		 242 aa  167  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 241 aa  166  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 238 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1255  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.26 
 
 		 246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3566  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 255 aa  166  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.291783  normal  0.121657 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3731  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4376  winged helix family two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 247 aa  164  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  40.43 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.67 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.93 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  40.93 
 
 		 241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4667  two component transcriptional regulator  38.4 
 
 		 247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  36.6 
 
 		 252 aa  162  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  40 
 
 		 240 aa  162  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 241 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.08 
 
 		 240 aa  161  7e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3683  two component transcriptional regulator  37.13 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.801848  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  39.57 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  39.57 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5210  two component response regulator  38.26 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  38.2 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  39.57 
 
 		 241 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 242 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  39.48 
 
 		 244 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  38.98 
 
 		 251 aa  159  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 240 aa  159  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  37.83 
 
 		 240 aa  159  4e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  38.63 
 
 		 239 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0094  two component transcriptional regulator  37.29 
 
 		 246 aa  158  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3580  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.63 
 
 		 242 aa  158  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0214492  hitchhiker  0.00000165063 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 249 aa  158  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0378  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 245 aa  158  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  39.13 
 
 		 241 aa  158  8e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  38.43 
 
 		 238 aa  158  8e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  38.89 
 
 		 235 aa  158  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 249 aa  158  8e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  39.57 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 275 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.82 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 240 aa  157  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 237 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  36.67 
 
 		 238 aa  156  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  38.7 
 
 		 241 aa  156  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  38.7 
 
 		 241 aa  156  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 247 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  36.67 
 
 		 238 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3382  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98781 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  38.89 
 
 		 261 aa  155  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  38.7 
 
 		 241 aa  155  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0710  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 248 aa  155  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 240 aa  155  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  37.83 
 
 		 240 aa  155  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 239 aa  155  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  37.08 
 
 		 238 aa  154  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  37.83 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0713  two-component response regulator  36.64 
 
 		 238 aa  154  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  35.5 
 
 		 238 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.29 
 
 		 242 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  38.1 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  35.22 
 
 		 239 aa  153  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  38.7 
 
 		 241 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0373  two component transcriptional regulator  37.66 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3585  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0667387  hitchhiker  0.00000255607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.41 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 253 aa  153  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  37.83 
 
 		 241 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>