More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0815 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  100 
 
 		 239 aa  488  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3762  two-component response regulator  99.58 
 
 		 239 aa  487  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0487627  decreased coverage  0.0000265862 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0777  two-component response regulator  98.33 
 
 		 239 aa  483  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000399592  decreased coverage  0.000157294 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0733  two-component response regulator  97.06 
 
 		 238 aa  477  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.318798  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0678  two-component response regulator  97.06 
 
 		 238 aa  474  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000157437  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3988  two-component response regulator  97.06 
 
 		 238 aa  474  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3719  two-component response regulator  97.89 
 
 		 238 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000224737  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3660  two-component response regulator  97.89 
 
 		 238 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0335884  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0651  two-component response regulator  97.06 
 
 		 238 aa  474  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000404261  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3371  two-component response regulator  97.06 
 
 		 238 aa  474  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000464227  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3842  two-component response regulator  97.89 
 
 		 238 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000808868  hitchhiker  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0650  two-component response regulator  97.06 
 
 		 238 aa  474  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223196  hitchhiker  0.00939579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  97.47 
 
 		 238 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0533  two-component response regulator  94.94 
 
 		 238 aa  467  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0601  two-component response regulator  95.8 
 
 		 238 aa  467  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000457476  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2984  two-component response regulator  93.67 
 
 		 238 aa  455  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0681  two-component response regulator  82.77 
 
 		 238 aa  409  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000276194  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0562  two-component response regulator  82.77 
 
 		 238 aa  410  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0811  two-component response regulator  82.77 
 
 		 238 aa  407  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3606  two-component response regulator  82.77 
 
 		 238 aa  407  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04277  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ArcB or CpxA  81.93 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.896117  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3596  two component transcriptional regulator, winged helix family  81.93 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.895542  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4949  two-component response regulator  81.93 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5012  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0537303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0531  two-component response regulator  82.35 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00933  two-component response regulator  82.35 
 
 		 238 aa  406  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4956  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.211871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5000  two-component response regulator  81.93 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4952  two-component response regulator  81.93 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.198521  normal  0.89803 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3655  two-component response regulator  81.93 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3478  two-component response regulator  82.35 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5008  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.80206 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3865  two-component response regulator  82.28 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000288449  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4637  two-component response regulator  81.93 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0297029  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04242  hypothetical protein  81.93 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.889846  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3671  two-component response regulator  82.7 
 
 		 238 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5916  two-component response regulator  81.93 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.284367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4922  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000490343  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4849  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0271183  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0570  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  403  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.275144  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004461  aerobic respiration control protein ArcA  81.09 
 
 		 238 aa  402  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000105121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2558  two-component response regulator  80.67 
 
 		 239 aa  398  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1947  two-component response regulator  79.41 
 
 		 238 aa  393  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000743409  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1195  two-component response regulator  78.15 
 
 		 238 aa  378  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0713  two-component response regulator  74.37 
 
 		 238 aa  360  1e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  67.09 
 
 		 235 aa  333  1e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0082  two-component response regulator  67.51 
 
 		 235 aa  328  4e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4496  two-component response regulator  62.45 
 
 		 233 aa  302  3.0000000000000004e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.3 
 
 		 242 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  46.15 
 
 		 236 aa  223  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  48.05 
 
 		 232 aa  221  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.34 
 
 		 237 aa  218  8.999999999999998e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.69 
 
 		 234 aa  216  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 249 aa  215  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1828  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.5 
 
 		 240 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.86 
 
 		 241 aa  203  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.8 
 
 		 242 aa  203  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3347  DNA-binding transcriptional regulator TorR  45.38 
 
 		 236 aa  202  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000384276  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  43.59 
 
 		 235 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1047  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.75 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.499715  normal  0.229032 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00998  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with TorS  43.35 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2647  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.35 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149157  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2600  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.35 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1106  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.35 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01005  hypothetical protein  43.35 
 
 		 230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1112  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.75 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1051  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.75 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.44318 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2130  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.35 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.93 
 
 		 236 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2320  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.35 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.369642  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.93 
 
 		 236 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3356  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.93 
 
 		 236 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1150  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.93 
 
 		 236 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.202106 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1111  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.35 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.108936  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1230  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.35 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1990  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.92 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.697946  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4156  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.61 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4107  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.61 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4214  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.61 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4035  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.61 
 
 		 242 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4052  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.61 
 
 		 242 aa  195  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3241  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 237 aa  195  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1228  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.33 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3367  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.1 
 
 		 236 aa  192  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.1 
 
 		 236 aa  191  7e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0983  DNA-binding transcriptional regulator TorR  41 
 
 		 236 aa  190  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.291581 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.89 
 
 		 248 aa  189  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  39.15 
 
 		 238 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3534  DNA-binding transcriptional regulator TorR  40.49 
 
 		 243 aa  187  9e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.176306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  39.15 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  38.72 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  39.06 
 
 		 241 aa  186  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.06 
 
 		 241 aa  186  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 252 aa  186  3e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.5 
 
 		 245 aa  186  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.83 
 
 		 240 aa  185  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>