More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0601 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0601  two-component response regulator  100 
 
 		 238 aa  485  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000457476  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3762  two-component response regulator  95.8 
 
 		 239 aa  467  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0487627  decreased coverage  0.0000265862 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3988  two-component response regulator  95.38 
 
 		 238 aa  467  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3719  two-component response regulator  96.2 
 
 		 238 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000224737  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3660  two-component response regulator  96.2 
 
 		 238 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0335884  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0678  two-component response regulator  95.38 
 
 		 238 aa  467  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000157437  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0651  two-component response regulator  95.38 
 
 		 238 aa  467  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000404261  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3371  two-component response regulator  95.38 
 
 		 238 aa  467  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000464227  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3842  two-component response regulator  96.2 
 
 		 238 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000808868  hitchhiker  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0650  two-component response regulator  95.38 
 
 		 238 aa  467  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223196  hitchhiker  0.00939579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  95.78 
 
 		 238 aa  467  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  95.8 
 
 		 239 aa  467  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0777  two-component response regulator  94.96 
 
 		 239 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000399592  decreased coverage  0.000157294 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0733  two-component response regulator  93.28 
 
 		 238 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.318798  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2984  two-component response regulator  93.25 
 
 		 238 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0533  two-component response regulator  92.41 
 
 		 238 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0562  two-component response regulator  82.77 
 
 		 238 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3671  two-component response regulator  82.7 
 
 		 238 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3606  two-component response regulator  83.19 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0811  two-component response regulator  83.19 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3865  two-component response regulator  83.12 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000288449  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0681  two-component response regulator  82.77 
 
 		 238 aa  405  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000276194  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3478  two-component response regulator  82.77 
 
 		 238 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04277  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ArcB or CpxA  81.51 
 
 		 238 aa  400  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.896117  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3596  two component transcriptional regulator, winged helix family  81.51 
 
 		 238 aa  400  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.895542  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0531  two-component response regulator  82.35 
 
 		 238 aa  402  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5916  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.284367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3655  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4637  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0297029  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0570  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.275144  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4952  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.198521  normal  0.89803 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04242  hypothetical protein  81.51 
 
 		 238 aa  400  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.889846  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4949  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5000  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4849  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0271183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4956  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.211871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5008  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.80206 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5012  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0537303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4922  two-component response regulator  81.51 
 
 		 238 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000490343  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00933  two-component response regulator  81.09 
 
 		 238 aa  397  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004461  aerobic respiration control protein ArcA  80.25 
 
 		 238 aa  395  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000105121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2558  two-component response regulator  80.25 
 
 		 239 aa  394  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1947  two-component response regulator  78.99 
 
 		 238 aa  387  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000743409  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1195  two-component response regulator  77.31 
 
 		 238 aa  371  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0713  two-component response regulator  72.31 
 
 		 238 aa  354  5.999999999999999e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  66.67 
 
 		 235 aa  330  1e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0082  two-component response regulator  66.95 
 
 		 235 aa  327  7e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4496  two-component response regulator  62.87 
 
 		 233 aa  305  5.0000000000000004e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.23 
 
 		 242 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  46.15 
 
 		 236 aa  227  1e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  48.48 
 
 		 232 aa  225  5.0000000000000005e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.19 
 
 		 237 aa  223  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  46.12 
 
 		 234 aa  222  4e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 		 249 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3347  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.92 
 
 		 236 aa  205  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000384276  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.86 
 
 		 241 aa  202  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1828  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.08 
 
 		 240 aa  202  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.39 
 
 		 242 aa  198  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1990  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.49 
 
 		 241 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.697946  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  43.59 
 
 		 235 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1047  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.93 
 
 		 236 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.499715  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1112  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.7 
 
 		 236 aa  195  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1051  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.7 
 
 		 236 aa  195  6e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.44318 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1150  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.35 
 
 		 236 aa  194  9e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.202106 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3356  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.35 
 
 		 236 aa  194  9e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.35 
 
 		 236 aa  194  9e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  44.35 
 
 		 236 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 232 aa  193  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.53 
 
 		 236 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 238 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4107  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.61 
 
 		 242 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4214  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.61 
 
 		 242 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4035  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.61 
 
 		 242 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4156  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.61 
 
 		 242 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 238 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4052  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.61 
 
 		 242 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3367  DNA-binding transcriptional regulator TorR  43.51 
 
 		 236 aa  192  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00998  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with TorS  42.92 
 
 		 230 aa  191  7e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2647  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 230 aa  191  7e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149157  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2600  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.92 
 
 		 230 aa  191  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1106  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.92 
 
 		 230 aa  191  7e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01005  hypothetical protein  42.92 
 
 		 230 aa  191  7e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 238 aa  191  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1111  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.92 
 
 		 230 aa  191  9e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.108936  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1228  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.86 
 
 		 236 aa  191  9e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2320  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.92 
 
 		 230 aa  191  9e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.369642  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2130  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.92 
 
 		 230 aa  191  9e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1230  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.92 
 
 		 230 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0983  DNA-binding transcriptional regulator TorR  42.19 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.291581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  41.45 
 
 		 244 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  41.45 
 
 		 245 aa  187  9e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3241  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.06 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 242 aa  185  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.03 
 
 		 248 aa  185  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  40.51 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3534  DNA-binding transcriptional regulator TorR  40.89 
 
 		 243 aa  182  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.176306 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2279  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.957974 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.08 
 
 		 245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  40.59 
 
 		 250 aa  182  5.0000000000000004e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>