More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1228 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1228  DNA-binding transcriptional regulator TorR  100 
 
 		 236 aa  474  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1112  DNA-binding transcriptional regulator TorR  95.76 
 
 		 236 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1051  DNA-binding transcriptional regulator TorR  95.76 
 
 		 236 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.44318 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1047  DNA-binding transcriptional regulator TorR  95.34 
 
 		 236 aa  455  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.499715  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  93.22 
 
 		 236 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1150  DNA-binding transcriptional regulator TorR  92.8 
 
 		 236 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.202106 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3356  DNA-binding transcriptional regulator TorR  93.22 
 
 		 236 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3217  DNA-binding transcriptional regulator TorR  92.8 
 
 		 236 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3367  DNA-binding transcriptional regulator TorR  86.32 
 
 		 236 aa  411  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2803  DNA-binding transcriptional regulator TorR  84.98 
 
 		 241 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3534  DNA-binding transcriptional regulator TorR  81.07 
 
 		 243 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.176306 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1990  DNA-binding transcriptional regulator TorR  81.36 
 
 		 241 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.697946  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3347  DNA-binding transcriptional regulator TorR  80.93 
 
 		 236 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000384276  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0983  DNA-binding transcriptional regulator TorR  77.97 
 
 		 236 aa  374  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.291581 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01583  DNA-binding transcriptional regulator TorR  57.38 
 
 		 237 aa  268  5.9999999999999995e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003939  TorCAD operon transcriptional regulatory protein TorR  58.23 
 
 		 236 aa  265  2.9999999999999995e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0753413  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1828  DNA-binding transcriptional regulator TorR  56.17 
 
 		 240 aa  263  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1985  DNA-binding transcriptional regulator TorR  56.96 
 
 		 232 aa  257  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.156357  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1322  DNA-binding transcriptional regulator TorR  56.54 
 
 		 234 aa  257  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000612091  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1230  DNA-binding transcriptional regulator TorR  55.32 
 
 		 230 aa  242  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00998  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with TorS  55.32 
 
 		 230 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2647  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.32 
 
 		 230 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149157  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01005  hypothetical protein  55.32 
 
 		 230 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1106  DNA-binding transcriptional regulator TorR  55.32 
 
 		 230 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2600  DNA-binding transcriptional regulator TorR  55.32 
 
 		 230 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2130  DNA-binding transcriptional regulator TorR  55.32 
 
 		 230 aa  241  6e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1111  DNA-binding transcriptional regulator TorR  55.32 
 
 		 230 aa  241  6e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.108936  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2320  DNA-binding transcriptional regulator TorR  55.32 
 
 		 230 aa  241  6e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.369642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4156  DNA-binding transcriptional regulator TorR  53.19 
 
 		 242 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4035  DNA-binding transcriptional regulator TorR  53.19 
 
 		 242 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4214  DNA-binding transcriptional regulator TorR  53.19 
 
 		 242 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4107  DNA-binding transcriptional regulator TorR  53.19 
 
 		 242 aa  238  8e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4052  DNA-binding transcriptional regulator TorR  53.19 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2052  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.79 
 
 		 242 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.293024  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2983  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.52 
 
 		 242 aa  210  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000906081  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3772  two component transcriptional regulator  48.1 
 
 		 232 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3045  two component transcriptional regulator  48.1 
 
 		 232 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1282  two component transcriptional regulator  46.61 
 
 		 249 aa  207  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00276  two-component response regulator  45.45 
 
 		 235 aa  204  7e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0082  two-component response regulator  43.85 
 
 		 235 aa  201  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  47.54 
 
 		 238 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  46.31 
 
 		 238 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3762  two-component response regulator  43.33 
 
 		 239 aa  195  6e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0487627  decreased coverage  0.0000265862 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0733  two-component response regulator  43.33 
 
 		 238 aa  194  9e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.318798  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2984  two-component response regulator  43.04 
 
 		 238 aa  194  9e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0815  two-component response regulator  43.33 
 
 		 239 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000717024  decreased coverage  0.00000744043 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4496  two-component response regulator  43.57 
 
 		 233 aa  193  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0713  two-component response regulator  43.1 
 
 		 238 aa  193  2e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0777  two-component response regulator  42.92 
 
 		 239 aa  193  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000399592  decreased coverage  0.000157294 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3988  two-component response regulator  43.1 
 
 		 238 aa  191  9e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0786  two-component response regulator  43.28 
 
 		 238 aa  191  9e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0678  two-component response regulator  43.1 
 
 		 238 aa  191  9e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000157437  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00933  two-component response regulator  42.44 
 
 		 238 aa  191  9e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0651  two-component response regulator  43.1 
 
 		 238 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000404261  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3371  two-component response regulator  43.1 
 
 		 238 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000464227  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0650  two-component response regulator  43.1 
 
 		 238 aa  191  9e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000223196  hitchhiker  0.00939579 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0601  two-component response regulator  42.86 
 
 		 238 aa  191  9e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000457476  normal  0.0622951 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3719  two-component response regulator  43.28 
 
 		 238 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000224737  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3842  two-component response regulator  43.28 
 
 		 238 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000808868  hitchhiker  0.0000962447 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3660  two-component response regulator  43.28 
 
 		 238 aa  190  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0335884  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2558  two-component response regulator  41.6 
 
 		 239 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0533  two-component response regulator  42.86 
 
 		 238 aa  189  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004461  aerobic respiration control protein ArcA  42.02 
 
 		 238 aa  190  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000105121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0570  two-component response regulator  41.67 
 
 		 238 aa  189  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.275144  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  45.76 
 
 		 235 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1195  two-component response regulator  40.76 
 
 		 238 aa  188  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0562  two-component response regulator  42.31 
 
 		 238 aa  188  5.999999999999999e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4949  two-component response regulator  41.6 
 
 		 238 aa  187  8e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04277  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ArcB or CpxA  41.84 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.896117  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3596  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.84 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.895542  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5000  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3865  two-component response regulator  41.67 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000288449  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5916  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.284367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4637  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0297029  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04242  hypothetical protein  41.84 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.889846  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4952  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.198521  normal  0.89803 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3655  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  9e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3478  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5012  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0537303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4956  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.211871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4922  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000490343  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5008  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.80206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4849  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0271183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1947  two-component response regulator  41.18 
 
 		 238 aa  186  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000743409  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3241  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.38 
 
 		 237 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3606  two-component response regulator  41.42 
 
 		 238 aa  186  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0811  two-component response regulator  41.42 
 
 		 238 aa  186  3e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  44.76 
 
 		 245 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  44.76 
 
 		 244 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3671  two-component response regulator  41.25 
 
 		 238 aa  186  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0531  two-component response regulator  41.84 
 
 		 238 aa  185  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0545  two component transcriptional regulator  46.28 
 
 		 250 aa  186  4e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.77 
 
 		 236 aa  184  9e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0681  two-component response regulator  41.25 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000276194  normal  0.238426 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2279  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.957974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  40.76 
 
 		 236 aa  182  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2473  DNA-binding response regulator  42.92 
 
 		 242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.22 
 
 		 248 aa  182  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 242 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>