More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3089 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3089  LytTR family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  531  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  58.24 
 
 		 256 aa  273  3e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 246 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1712  LytR/AlgR family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 246 aa  234  9e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42147  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3096  response regulator receiver protein  51.7 
 
 		 247 aa  230  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5318  LytTR family two component transcriptional regulator  50.56 
 
 		 253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.541549 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2880  response regulator receiver protein  48.89 
 
 		 253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.313062  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3314  LytR/AlgR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 250 aa  203  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1363  two component transcriptional regulator, LytTR family  52.63 
 
 		 248 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124915  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2666  two component transcriptional regulator, LytTR family  48.51 
 
 		 250 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1947  LytR/AlgR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 248 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.298927  decreased coverage  0.00301393 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 254 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 248 aa  156  4e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1435  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.35 
 
 		 264 aa  149  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.314663  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1226  LytTR family two component transcriptional regulator  42.4 
 
 		 252 aa  141  9e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  38.06 
 
 		 248 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1259  response regulator receiver protein  41.94 
 
 		 252 aa  140  3e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  38.06 
 
 		 248 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  44.24 
 
 		 243 aa  139  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  39.19 
 
 		 248 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  38.11 
 
 		 248 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  38.66 
 
 		 248 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  33.46 
 
 		 243 aa  136  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  43.06 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 268 aa  133  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.34 
 
 		 237 aa  132  6.999999999999999e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  40.09 
 
 		 238 aa  130  3e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  36.74 
 
 		 252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  32.71 
 
 		 243 aa  129  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  38.56 
 
 		 249 aa  129  6e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  35.93 
 
 		 248 aa  125  7e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  33.58 
 
 		 237 aa  124  2e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.87 
 
 		 268 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.29 
 
 		 260 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47610  encystment and alginate biosynthesis response regulator; AlgR  34.7 
 
 		 251 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.04 
 
 		 251 aa  119  7e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.41 
 
 		 237 aa  117  1.9999999999999998e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  33.78 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  44.69 
 
 		 255 aa  117  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0210  LytTR family two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 247 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.37 
 
 		 257 aa  116  5e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  42.72 
 
 		 244 aa  115  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0207  LytTR family two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 247 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0185  LytTR family two component transcriptional regulator  34.44 
 
 		 247 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  40 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 240 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  33.89 
 
 		 268 aa  113  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.81 
 
 		 271 aa  113  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0255  LytTR family two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 247 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3531  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.01 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.67 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  31.05 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  33.19 
 
 		 263 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  39.81 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 252 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  30.16 
 
 		 265 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  33.2 
 
 		 276 aa  109  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.09 
 
 		 244 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  35.55 
 
 		 245 aa  109  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30 
 
 		 265 aa  108  7.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.99 
 
 		 231 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.88 
 
 		 265 aa  108  8.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.64 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  41.35 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  31.8 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  31.8 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  39.63 
 
 		 269 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  28.44 
 
 		 244 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.44 
 
 		 244 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  28.44 
 
 		 244 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  28.44 
 
 		 244 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  28.44 
 
 		 244 aa  107  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4560  response regulator receiver protein  39.73 
 
 		 269 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850639 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  28.44 
 
 		 244 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  28.44 
 
 		 244 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  30.04 
 
 		 275 aa  106  4e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  38.29 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  36.86 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  38.29 
 
 		 269 aa  106  4e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0013  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.61 
 
 		 241 aa  106  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.349161 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  41.95 
 
 		 250 aa  106  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.41 
 
 		 245 aa  105  7e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  27.98 
 
 		 244 aa  105  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  31.8 
 
 		 243 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.34 
 
 		 243 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  31.05 
 
 		 266 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  35.56 
 
 		 249 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  28.52 
 
 		 243 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.28 
 
 		 235 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.47 
 
 		 256 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.268274 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  29.46 
 
 		 272 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  33.74 
 
 		 254 aa  104  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.47 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 268 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>