63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2072 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2072  cellulose synthase domain-containing protein  100 
 
 		 1244 aa  2406    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00026145 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3525  TPR repeat-containing cellulose synthase operon C  30.94 
 
 		 1265 aa  312  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2252  cellulose synthase operon C-like protein  36.09 
 
 		 1267 aa  262  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0439618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0151  cellulose synthase subunit BcsC  25.73 
 
 		 1157 aa  231  7e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0183  cellulose synthase operon C domain protein  25.66 
 
 		 1157 aa  214  9e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03331  hypothetical protein  25.66 
 
 		 1157 aa  214  9e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03378  cellulose synthase subunit  25.66 
 
 		 1157 aa  214  9e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0187  cellulose synthase subunit BcsC  25.66 
 
 		 1157 aa  213  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.865635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4018  cellulose synthase subunit BcsC  25.56 
 
 		 1140 aa  213  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4895  cellulose synthase subunit BcsC  25.56 
 
 		 1157 aa  210  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3839  cellulose synthase subunit BcsC  25.36 
 
 		 1157 aa  210  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.503197 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1170  cellulose synthase domain-containing protein  26.69 
 
 		 1271 aa  196  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.456707  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3927  cellulose synthase subunit BcsC  25.16 
 
 		 1160 aa  196  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4527  cellulose synthase operon C-like protein  29.41 
 
 		 1259 aa  191  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0279468  normal  0.779984 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3811  cellulose synthase subunit BcsC  25.62 
 
 		 1172 aa  186  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.805678 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2638  cellulose synthase subunit BcsC  26.65 
 
 		 1172 aa  184  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3888  cellulose synthase subunit BcsC  25.64 
 
 		 1180 aa  184  9.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3992  cellulose synthase subunit BcsC  25.18 
 
 		 1180 aa  184  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.416047 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3932  cellulose synthase subunit BcsC  25.52 
 
 		 1150 aa  182  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.903843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3824  cellulose synthase subunit BcsC  25.1 
 
 		 1150 aa  182  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2139  cellulose synthase subunit BcsC  26.54 
 
 		 1172 aa  181  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0070  cellulose synthase subunit BcsC  30.6 
 
 		 1159 aa  174  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.494386  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0073  cellulose synthase subunit BcsC  31.36 
 
 		 1164 aa  173  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3194  cellulose synthase subunit BcsC  26.77 
 
 		 1186 aa  173  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1293  cellulose synthase domain-containing protein  33.95 
 
 		 1315 aa  169  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140403  normal  0.0429961 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1381  cellulose synthase domain-containing protein  33.07 
 
 		 1297 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.586419  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0899  cellulose synthase operon C-like  33.07 
 
 		 1297 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140357  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1260  cellulose synthase domain-containing protein  33.74 
 
 		 1315 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00414022  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1924  cellulose synthase domain-containing protein  34.05 
 
 		 1313 aa  163  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.107111 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2144  putative cellulose synthase operon protein C  35.07 
 
 		 1574 aa  163  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0687  cellulose synthase operon protein C  35.07 
 
 		 1580 aa  162  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.963088  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1359  cellulose synthase domain-containing protein  32.23 
 
 		 1297 aa  162  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.195561 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2009  cellulose synthase operon protein C  35.07 
 
 		 1574 aa  162  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.175736  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2043  putative cellulose synthase operon protein C  32.2 
 
 		 1588 aa  162  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.360789 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1588  cellulose synthase operon protein C  35.07 
 
 		 1266 aa  160  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.502666  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0793  cellulose synthase operon protein C  35.82 
 
 		 1471 aa  160  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.567802  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3253  cellulose synthase domain-containing protein  30.27 
 
 		 1542 aa  159  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.706167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0631  cellulose synthase operon protein C  34.9 
 
 		 1548 aa  156  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24614  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5839  cellulose synthase operon C domain protein  33.33 
 
 		 1569 aa  155  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0252988  normal  0.398453 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2230  TPR repeat-containing protein  34.9 
 
 		 1544 aa  154  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.56695  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1030  cellulose synthase operon protein C  29.44 
 
 		 1230 aa  140  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3734  cellulose synthase operon protein C, truncation  34.38 
 
 		 289 aa  139  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05080  cellulose synthase subunit C  28.1 
 
 		 1367 aa  115  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3938  cellulose synthase domain-containing protein  27.97 
 
 		 1324 aa  102  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0915294 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3893  cellulose synthase operon C domain protein  28.82 
 
 		 1331 aa  100  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.19269  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4081  cellulose synthase operon C domain protein  28.93 
 
 		 1309 aa  79.7  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00790  cellulose synthase operon protein C  26.24 
 
 		 815 aa  70.5  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  25.38 
 
 		 465 aa  54.3  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  37.9 
 
 		 615 aa  53.1  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1483  TPR repeat-containing protein  28.17 
 
 		 221 aa  51.2  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  29.08 
 
 		 808 aa  50.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1957  hypothetical protein  28.65 
 
 		 475 aa  49.7  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00211883  hitchhiker  0.00150316 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  25.36 
 
 		 1979 aa  48.9  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3141  tetratricopeptide TPR_2  21.74 
 
 		 317 aa  47  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00286611  normal  0.0160397 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2321  TPR repeat-containing protein  19.72 
 
 		 750 aa  46.6  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1106  TPR repeat-containing protein  30.05 
 
 		 371 aa  47  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.178209 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  23.37 
 
 		 3145 aa  46.2  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  27.03 
 
 		 827 aa  45.8  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  26.96 
 
 		 767 aa  45.8  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6872  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.72 
 
 		 1459 aa  45.8  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.795402 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  26.42 
 
 		 4079 aa  45.4  0.007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  25.52 
 
 		 543 aa  45.1  0.008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  23.33 
 
 		 366 aa  44.7  0.01  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>