More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1148 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 283 aa  565  1e-160  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  77.49 
 
 		 285 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  76.36 
 
 		 285 aa  403  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  75.82 
 
 		 286 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0824  extracellular solute-binding protein  54.3 
 
 		 256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.471601 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3512  extracellular solute-binding protein family 3  51.25 
 
 		 256 aa  231  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.249774  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3355  extracellular solute-binding protein family 3  50.41 
 
 		 261 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  49.78 
 
 		 255 aa  225  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  49.56 
 
 		 252 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  47.75 
 
 		 255 aa  219  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  46.88 
 
 		 273 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  38.6 
 
 		 263 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  42.45 
 
 		 257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  44.09 
 
 		 260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  40.5 
 
 		 251 aa  165  6.9999999999999995e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  42.29 
 
 		 246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  37.64 
 
 		 268 aa  162  5.0000000000000005e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.36 
 
 		 260 aa  162  6e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1236  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  40.71 
 
 		 278 aa  162  6e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  41.44 
 
 		 250 aa  162  8.000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  43.64 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1930  extracellular solute-binding protein family 3  40.36 
 
 		 248 aa  159  5e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000351018  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 		 260 aa  158  1e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2287  extracellular solute-binding protein family 3  40.81 
 
 		 248 aa  155  6e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000177355 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6986  extracellular solute-binding protein family 3  39.04 
 
 		 271 aa  155  7e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.821047  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  35.74 
 
 		 271 aa  155  9e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2118  extracellular solute-binding protein family 3  35.18 
 
 		 265 aa  154  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.137137  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.28 
 
 		 513 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4752  extracellular solute-binding protein family 3  35.06 
 
 		 269 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000170582  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  36.26 
 
 		 260 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  41.05 
 
 		 284 aa  152  8e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  35.88 
 
 		 260 aa  151  1e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  36.26 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  40.97 
 
 		 264 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0743  extracellular solute-binding protein  38.6 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0655438  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1869  extracellular solute-binding protein family 3  34.44 
 
 		 272 aa  149  4e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000802311  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1824  extracellular solute-binding protein  38.05 
 
 		 246 aa  148  8e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0824863  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0032  extracellular solute-binding protein  33.69 
 
 		 276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.427857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  36.96 
 
 		 247 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  39.04 
 
 		 501 aa  147  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0860  extracellular solute-binding protein family 3  37.61 
 
 		 246 aa  145  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3014  extracellular solute-binding protein  35.38 
 
 		 265 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569959  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0711  extracellular solute-binding protein family 3  39.39 
 
 		 266 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1345  extracellular solute-binding protein family 3  39.11 
 
 		 244 aa  145  9e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.706269 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  40.09 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38840  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  34.29 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.621896 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  36.28 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.71 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2306  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000079937  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  38.96 
 
 		 281 aa  143  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  39.64 
 
 		 246 aa  142  5e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  35.84 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  36.05 
 
 		 736 aa  142  5e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  35.84 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  35.56 
 
 		 243 aa  142  6e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  36.65 
 
 		 264 aa  142  8e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  38.05 
 
 		 266 aa  142  9e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  37.44 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2962  extracellular solute-binding protein  36.81 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.209955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  35.71 
 
 		 247 aa  140  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  35.75 
 
 		 264 aa  140  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 		 247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  36.24 
 
 		 270 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.19 
 
 		 493 aa  137  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  35.68 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1868  extracellular solute-binding protein family 3  35.06 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.265180000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0329  extracellular solute-binding protein family 3  35.79 
 
 		 282 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  32.57 
 
 		 255 aa  136  4e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3387  extracellular solute-binding protein family 3  47.95 
 
 		 195 aa  135  5e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 245 aa  135  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0316  extracellular solute-binding protein  36.89 
 
 		 255 aa  135  5e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000382447  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  34.87 
 
 		 242 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1010  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 		 267 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  31.34 
 
 		 727 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2603  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 		 262 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426319  hitchhiker  0.00328337 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  35.22 
 
 		 252 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2969  extracellular solute-binding protein  35.66 
 
 		 262 aa  135  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.87246  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  35.43 
 
 		 277 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.49 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.49 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.49 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.49 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.59 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.49 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.49 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.49 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24310  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  34.88 
 
 		 264 aa  133  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2829  extracellular solute-binding protein family 3  34.24 
 
 		 266 aa  133  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.479003 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3696  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 		 268 aa  132  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589095  normal  0.448557 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 264 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.16 
 
 		 258 aa  132  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 264 aa  132  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  34.96 
 
 		 257 aa  132  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  35.42 
 
 		 250 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  37.5 
 
 		 241 aa  132  9e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  35.14 
 
 		 264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  33.48 
 
 		 266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.14 
 
 		 264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  34.84 
 
 		 261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  34.68 
 
 		 264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>