More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5829 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_5829  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  604  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.438872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2479  transcriptional regulator  42.42 
 
 		 322 aa  207  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.65062 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.32 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 335 aa  168  9e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.27 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  34.27 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  34.27 
 
 		 304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 296 aa  165  9e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2711  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.1 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  33.92 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  33.92 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  33.92 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0530  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.546421  normal  0.717973 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  32.64 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  33.92 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 315 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 305 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 312 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 293 aa  162  9e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.75 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1457  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4078  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 312 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 312 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.8 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  37.42 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0306  LysR family regulatory protein  36.08 
 
 		 320 aa  159  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.489462  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 312 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 303 aa  159  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 316 aa  159  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.21 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 298 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 320 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 320 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>