81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4389 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_4389  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 858 aa  1781    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0850  type III restriction protein res subunit  47.31 
 
 		 877 aa  755    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0304  type III restriction protein res subunit  34.81 
 
 		 890 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0868  type III restriction enzyme, res subunit  35.91 
 
 		 864 aa  455  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0675  Type III restriction enzyme, res subunit  34.44 
 
 		 898 aa  403  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.564365 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4095  type III restriction enzyme, res subunit  31.63 
 
 		 899 aa  385  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.18343  normal  0.460419 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0973  type III restriction enzyme, res subunit family  34.95 
 
 		 892 aa  263  1e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0241934  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2275  hypothetical protein  33.99 
 
 		 902 aa  239  2e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2778  type III restriction enzyme, res subunit  35.53 
 
 		 885 aa  229  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.223386 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3087  type III restriction protein res subunit  35.34 
 
 		 835 aa  218  5e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2739  hypothetical protein  32.86 
 
 		 881 aa  205  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0746674  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1086  type III restriction enzyme, res subunit  26.13 
 
 		 840 aa  75.9  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.865892  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4239  type III restriction enzyme, res subunit  25.38 
 
 		 907 aa  72.4  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3802  type III restriction protein res subunit  23.22 
 
 		 894 aa  72  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4078  type III restriction enzyme, res subunit  24.59 
 
 		 913 aa  66.2  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.778545  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3325  type III restriction enzyme, res subunit  22.45 
 
 		 930 aa  66.6  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.16803  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4002  hypothetical protein  27.89 
 
 		 767 aa  65.9  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1979  type III restriction protein res subunit  24.1 
 
 		 896 aa  65.1  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.284653  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0344  type III restriction protein res subunit  23.23 
 
 		 893 aa  62  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5300  type III restriction enzyme, res subunit family  22.98 
 
 		 729 aa  60.8  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000832274  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4167  type III restriction protein res subunit  23.44 
 
 		 912 aa  60.1  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4044  type III restriction protein res subunit  24.89 
 
 		 867 aa  58.5  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.856779 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1418  type III restriction protein res subunit  23.15 
 
 		 751 aa  56.6  0.000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0026  type III restriction-modification system, R subunit, putative  22.19 
 
 		 882 aa  57  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.352538  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0937  hypothetical protein  23.1 
 
 		 911 aa  55.5  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000206148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52330  Type III restriction enzyme, res subunit  22.17 
 
 		 923 aa  54.3  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.232434  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0505  hypothetical protein  42.42 
 
 		 80 aa  54.3  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.946361  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0362  type III restriction-modification system, res subunit  48.84 
 
 		 1054 aa  53.9  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.262363  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3046  Type III site-specific deoxyribonuclease  32.73 
 
 		 994 aa  52  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1522  type III restriction protein res subunit  35.71 
 
 		 1008 aa  52  0.00005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000221168  hitchhiker  0.00161886 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3655  Type III restriction-modification enzyme helicase subunit  22.81 
 
 		 911 aa  52  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00000324142  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0849  Type III site-specific deoxyribonuclease  43.64 
 
 		 998 aa  52  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05380  restriction endonuclease  41.82 
 
 		 1001 aa  51.2  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.224122  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1462  superfamily II DNA/RNA helicase  21.32 
 
 		 736 aa  51.2  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1200  hypothetical protein  35.53 
 
 		 1076 aa  49.7  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.563874  normal  0.0639023 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1948  type III restriction protein res subunit  41.82 
 
 		 982 aa  50.1  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1261  type III restriction enzyme, res subunit  39.02 
 
 		 861 aa  49.3  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.392356  normal  0.0808521 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0518  type III restriction enzyme, res subunit  41.18 
 
 		 991 aa  48.9  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  37.84 
 
 		 586 aa  48.9  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1827  type III restriction enzyme, res subunit  33.33 
 
 		 1032 aa  48.9  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  37.84 
 
 		 586 aa  48.9  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  37.84 
 
 		 586 aa  48.5  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  37.84 
 
 		 586 aa  48.9  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2729  restriction endonuclease  31.33 
 
 		 909 aa  48.5  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0790  type III restriction enzyme, res subunit  24.35 
 
 		 992 aa  48.1  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186387 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2927  Type III restriction enzyme, res subunit  39.22 
 
 		 1010 aa  48.1  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00341327  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2101  hypothetical protein  36.59 
 
 		 864 aa  48.1  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.460219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2486  type III restriction enzyme, res subunit  35.09 
 
 		 1010 aa  47.8  0.0009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.252383  decreased coverage  0.0052761 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0515  type III restriction enzyme, res subunit  45.45 
 
 		 877 aa  47.4  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0544  type III restriction enzyme, res subunit  29.1 
 
 		 1012 aa  47.8  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2180  Type III site-specific deoxyribonuclease  25.88 
 
 		 984 aa  47  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0579  Type III site-specific deoxyribonuclease  43.75 
 
 		 891 aa  47.4  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.193547  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0566  Type III site-specific deoxyribonuclease  43.75 
 
 		 891 aa  47  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0796023 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  36.49 
 
 		 586 aa  47  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  36.49 
 
 		 586 aa  47  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  36.49 
 
 		 586 aa  47  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  23.61 
 
 		 949 aa  47  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3485  type III restriction enzyme, res subunit  38 
 
 		 1019 aa  47  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340393  normal  0.439729 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2322  putative helicase  36.49 
 
 		 586 aa  47  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0410169  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0821  type III restriction protein res subunit  28.1 
 
 		 1042 aa  46.2  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0473136 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2537  type III restriction protein res subunit  23.53 
 
 		 586 aa  45.8  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  36.49 
 
 		 586 aa  45.8  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0929  type III restriction protein res subunit  39.22 
 
 		 1060 aa  45.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0533  type III restriction enzyme, res subunit family  25.13 
 
 		 825 aa  45.4  0.005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.100371  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1742  type III restriction system endonuclease  37.25 
 
 		 990 aa  45.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109484  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  23.66 
 
 		 967 aa  45.1  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0884  hypothetical protein  23.42 
 
 		 840 aa  45.1  0.007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0453  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  42.55 
 
 		 989 aa  44.7  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.985709  hitchhiker  1.2237e-22 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0393  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  42.55 
 
 		 989 aa  44.7  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00360009  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0398  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  42.55 
 
 		 989 aa  44.7  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.982266  hitchhiker  7.86285e-19 
 
 
-
 
NC_002936  DET1114  type III restriction-modification system, restriction endonuclease subunit  44.19 
 
 		 1019 aa  45.1  0.007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.189519  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0411  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  42.55 
 
 		 989 aa  44.7  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.63396  hitchhiker  0.00000141502 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0390  type III restriction-modification system StyLTI enzyme res  42.55 
 
 		 989 aa  44.7  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264054  hitchhiker  1.42432e-23 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1149  type III restriction protein res subunit  39.53 
 
 		 1024 aa  44.3  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.511254  normal  0.0779427 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0909  type III restriction protein res subunit  27.65 
 
 		 1042 aa  44.3  0.009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.252212  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  29.18 
 
 		 1041 aa  44.3  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  35.14 
 
 		 586 aa  44.3  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1019  type III restriction-modification system enzyme, R subunit  42.55 
 
 		 987 aa  44.3  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03954  hypothetical protein  23.74 
 
 		 833 aa  44.3  0.01  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  35.14 
 
 		 586 aa  44.3  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  35.14 
 
 		 586 aa  44.3  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>