More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3536 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_3536  NusB antitermination factor  100 
 
 		 183 aa  362  1e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2117  NusB antitermination factor  57.52 
 
 		 165 aa  165  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2249  N utilization substance protein B-like protein  44.52 
 
 		 159 aa  127  8.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.561904 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2127  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 160 aa  124  8.000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0422  NusB antitermination factor  44.44 
 
 		 157 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0610672 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0755  NusB antitermination factor  42.86 
 
 		 155 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2412  NusB antitermination factor  43.62 
 
 		 157 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325282 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4281  NusB antitermination factor  40.52 
 
 		 163 aa  114  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.996449  normal  0.0149277 
 
 
-
 
NC_004310  BR0770  transcription antitermination protein NusB  41.32 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0763  transcription antitermination protein NusB  41.32 
 
 		 171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3412  NusB antitermination factor  42.67 
 
 		 165 aa  112  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.45885  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1722  transcription antitermination protein NusB  41.29 
 
 		 161 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.23645  normal  0.0484184 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1819  transcription antitermination protein NusB  39.74 
 
 		 160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2914  NusB antitermination factor  38.55 
 
 		 171 aa  108  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00764902  hitchhiker  0.00305914 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3009  transcription antitermination protein NusB  38.22 
 
 		 174 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.802222  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2639  transcription antitermination protein NusB  37.27 
 
 		 169 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.093311  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2664  transcription antitermination protein NusB  37.58 
 
 		 169 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0957434  normal  0.774595 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2676  transcription antitermination protein NusB  37.91 
 
 		 174 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0143299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2525  transcription antitermination protein NusB  39.52 
 
 		 168 aa  106  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2025  NusB antitermination factor  35.71 
 
 		 149 aa  105  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0100858 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3357  NusB antitermination factor  40.13 
 
 		 172 aa  105  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0207  NusB antitermination factor  38.61 
 
 		 155 aa  104  7e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0827539 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1620  transcription antitermination protein NusB  40.27 
 
 		 160 aa  104  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4644  transcription antitermination protein NusB  39.87 
 
 		 169 aa  104  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187095  normal  0.435075 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6801  NusB antitermination factor  40.52 
 
 		 156 aa  104  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7540  NusB antitermination factor  40.52 
 
 		 156 aa  104  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3044  transcription antitermination protein NusB  40.27 
 
 		 153 aa  103  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.102552  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1280  transcription antitermination protein NusB  35.8 
 
 		 160 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1553  NusB antitermination factor  43.97 
 
 		 166 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0479521 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3161  transcription antitermination factor NusB  38.61 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.143808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3485  NusB antitermination factor  38.61 
 
 		 171 aa  102  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.982514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1191  transcription antitermination protein NusB  35.8 
 
 		 160 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0634  transcription antitermination protein NusB  40 
 
 		 154 aa  101  6e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0820707  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0659  NusB antitermination factor  39.61 
 
 		 154 aa  98.6  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0213495 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0822  transcription antitermination protein NusB  34.76 
 
 		 160 aa  97.4  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.932634  normal  0.317786 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1531  transcription antitermination protein NusB  37.32 
 
 		 160 aa  94.7  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0468647  normal  0.834868 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3979  NusB antitermination factor  34.29 
 
 		 197 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000171022 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1821  NusB antitermination factor  37.71 
 
 		 185 aa  90.9  9e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1139  transcription antitermination protein NusB  38.67 
 
 		 167 aa  89  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2921  NusB antitermination factor  37.9 
 
 		 148 aa  86.7  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2775  NusB antitermination factor  35.29 
 
 		 151 aa  81.3  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  34.3 
 
 		 149 aa  77.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  30.67 
 
 		 174 aa  72.8  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  35.22 
 
 		 166 aa  72  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3504  NusB antitermination factor  30.86 
 
 		 148 aa  69.7  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202631  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0751  NusB antitermination factor  31.85 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000652564  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  28.4 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1521  NusB antitermination factor  30.99 
 
 		 145 aa  68.2  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000719098  normal  0.286205 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  36.88 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  36.88 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.61519 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0290  NusB antitermination factor  38.89 
 
 		 169 aa  67  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  36.88 
 
 		 145 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  31.68 
 
 		 187 aa  67  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  32.26 
 
 		 159 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  31.33 
 
 		 159 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  36.88 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  29.11 
 
 		 150 aa  65.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1215  NusB antitermination factor  35.95 
 
 		 146 aa  65.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.291418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  36.88 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0955  transcription antitermination protein NusB  36.88 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 159 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  32.53 
 
 		 166 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  35.62 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  35.62 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  35.62 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  35.62 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  35.62 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  35.62 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  35.62 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  34.03 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 134 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000478736  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  29.81 
 
 		 155 aa  63.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  31.65 
 
 		 165 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 135 aa  64.3  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000379162  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  31.65 
 
 		 165 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 134 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000167856  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0496  NusB antitermination factor  29.25 
 
 		 168 aa  64.3  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1865  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 134 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000241409  decreased coverage  0.0000953408 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 134 aa  63.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000145309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 134 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000155816  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  32.34 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  35 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  32.34 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  32.34 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  30.67 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000166968  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0459  NusB antitermination factor  33.33 
 
 		 168 aa  62  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.730016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  31.95 
 
 		 166 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  29.33 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000596608  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  29.33 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  29.33 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000020777  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  31.58 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  32.26 
 
 		 158 aa  61.2  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  30 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000224744  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  29.93 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  30.32 
 
 		 155 aa  60.5  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0264  NusB antitermination factor  31.18 
 
 		 174 aa  60.8  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  27.04 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  29.33 
 
 		 134 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000199863  unclonable  0.0000000000534165 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>