More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1153 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1153  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 371 aa  748    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0173089  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4310  DNA polymerase IV  55.03 
 
 		 357 aa  364  1e-99  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13073  DNA polymerase IV  53.42 
 
 		 346 aa  354  2e-96  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.498558 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1793  DNA polymerase IV  56.39 
 
 		 355 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0624184  normal  0.997558 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1812  DNA polymerase IV  56.39 
 
 		 355 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1859  DNA polymerase IV  56.39 
 
 		 355 aa  349  4e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.274046 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2037  DNA polymerase IV  55.68 
 
 		 354 aa  346  3e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279292 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0489  DNA polymerase IV  51.25 
 
 		 344 aa  322  5e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3703  DNA polymerase IV  46.58 
 
 		 362 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.260929  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3489  DNA-directed DNA polymerase  45.71 
 
 		 394 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5822  DNA polymerase IV  44.38 
 
 		 353 aa  265  1e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.127311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2021  DNA polymerase IV  45.03 
 
 		 357 aa  263  4e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.482303  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3067  DNA polymerase IV  45.83 
 
 		 351 aa  260  2e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1036  DNA polymerase IV  45.15 
 
 		 353 aa  256  3e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.165009 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  34.25 
 
 		 365 aa  167  4e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  31.36 
 
 		 395 aa  158  1e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.56 
 
 		 415 aa  159  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  32.35 
 
 		 367 aa  156  7e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  32.14 
 
 		 385 aa  155  7e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  31.48 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  35.73 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  34.17 
 
 		 365 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  32.01 
 
 		 356 aa  151  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  32.01 
 
 		 356 aa  151  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  35.96 
 
 		 410 aa  151  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  37.4 
 
 		 378 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  37.4 
 
 		 378 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  34.46 
 
 		 424 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  31.86 
 
 		 363 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  31.51 
 
 		 354 aa  146  5e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  32.22 
 
 		 466 aa  146  5e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  29.55 
 
 		 393 aa  146  7.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  34.93 
 
 		 418 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  32.97 
 
 		 399 aa  142  6e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  34.22 
 
 		 418 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  32.98 
 
 		 834 aa  142  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  29.53 
 
 		 345 aa  142  8e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  33.98 
 
 		 430 aa  142  9e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  34.22 
 
 		 418 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  31.77 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  29 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  33.52 
 
 		 374 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  33.24 
 
 		 359 aa  140  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13630  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.33 
 
 		 458 aa  139  4.999999999999999e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.106068  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  30.88 
 
 		 356 aa  138  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  32.03 
 
 		 354 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  33.7 
 
 		 378 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  32.78 
 
 		 385 aa  138  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  33.99 
 
 		 419 aa  137  4e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0642  DNA-directed DNA polymerase  28.61 
 
 		 364 aa  136  5e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  34.34 
 
 		 410 aa  136  5e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  28.53 
 
 		 389 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  33.99 
 
 		 419 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  33.62 
 
 		 406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5871  DNA-directed DNA polymerase  30.32 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.937041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0418  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  31.56 
 
 		 373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0560  DNA polymerase IV  29.51 
 
 		 365 aa  134  3e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  35.91 
 
 		 430 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  33.8 
 
 		 407 aa  133  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  33.88 
 
 		 396 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0949  DNA-directed DNA polymerase  30.67 
 
 		 385 aa  133  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.868276  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  30.03 
 
 		 357 aa  132  7.999999999999999e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 356 aa  132  9e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  32.07 
 
 		 390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  30.77 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  34.62 
 
 		 415 aa  132  1.0000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  28.07 
 
 		 364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  30.57 
 
 		 421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  31.71 
 
 		 391 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  33.15 
 
 		 413 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  31.69 
 
 		 373 aa  131  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  32.26 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2332  DNA-directed DNA polymerase  33.89 
 
 		 353 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353166  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  32.97 
 
 		 356 aa  129  6e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13520  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  31.05 
 
 		 433 aa  129  7.000000000000001e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2368  DNA-directed DNA polymerase  31.44 
 
 		 445 aa  129  7.000000000000001e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  34.9 
 
 		 420 aa  129  8.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  32.14 
 
 		 397 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  31.32 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  33.47 
 
 		 359 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0483  DNA polymerase family protein  24.59 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0359018  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2166  DNA-directed DNA polymerase  28.3 
 
 		 364 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  31.49 
 
 		 425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  36.41 
 
 		 402 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.94 
 
 		 414 aa  127  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  37.22 
 
 		 443 aa  127  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  29.19 
 
 		 417 aa  127  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3568  DNA-directed DNA polymerase  32.12 
 
 		 393 aa  127  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  30.93 
 
 		 436 aa  127  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3642  DNA polymerase IV  32.33 
 
 		 455 aa  126  5e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.370553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3115  DNA polymerase IV  33.52 
 
 		 452 aa  126  7e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.259823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3095  DNA polymerase IV  33.88 
 
 		 454 aa  126  7e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20590  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.97 
 
 		 489 aa  126  7e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3175  DNA-directed DNA polymerase  30.08 
 
 		 392 aa  125  8.000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3155  DNA polymerase IV  33.79 
 
 		 452 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945689  normal  0.349155 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1586  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  29.86 
 
 		 361 aa  125  1e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1323  DNA-directed DNA polymerase  30.41 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  27.17 
 
 		 399 aa  125  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3476  DNA-directed DNA polymerase  30.85 
 
 		 370 aa  125  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0765318  normal  0.0172319 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1964  DNA-directed DNA polymerase  30.36 
 
 		 425 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.560205  normal  0.0220335 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>