82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0543 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0543  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 96 aa  181  2.0000000000000003e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  40.35 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 213 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  41.43 
 
 		 218 aa  52  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 104 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3482  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 104 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411907  normal  0.584278 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0127  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0168  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 227 aa  47  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 198 aa  47  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  36.99 
 
 		 80 aa  47  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.76 
 
 		 80 aa  47  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  33.33 
 
 		 102 aa  46.6  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  41.94 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4276  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 145 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.173641 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5469  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 215 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381278  normal  0.011752 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 85 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2256  Cro/CI family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 85 aa  45.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3808  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.57528 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 135 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 135 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 182 aa  44.7  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2870  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 83 aa  44.7  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3970  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 85 aa  44.3  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  45.45 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 93 aa  43.9  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0062  transcriptional regulator  42.11 
 
 		 211 aa  43.9  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  29.58 
 
 		 179 aa  43.5  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  53.33 
 
 		 513 aa  43.5  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 179 aa  43.5  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4224  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 161 aa  43.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 83 aa  42.7  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1266  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.119071 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  38.33 
 
 		 184 aa  42.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  40 
 
 		 244 aa  42.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  52.78 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 99 aa  41.6  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 187 aa  42  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  37.88 
 
 		 270 aa  42  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 92 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 252 aa  42  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 77 aa  41.6  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 230 aa  41.2  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  31.08 
 
 		 91 aa  41.6  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  52.38 
 
 		 105 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 126 aa  41.6  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1891  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 117 aa  41.6  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00988673  normal  0.0163804 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  39.13 
 
 		 244 aa  41.6  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  33.93 
 
 		 123 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6264  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  41.2  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000184029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 182 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 76 aa  41.2  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 272 aa  41.2  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 156 aa  41.2  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 188 aa  41.2  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4362  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 75 aa  40.8  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06250  predicted transcriptional regulator  33.8 
 
 		 256 aa  40.8  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 177 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 187 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  48.89 
 
 		 516 aa  40.4  0.008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1824  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 117 aa  40  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 251 aa  40  0.01  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>