65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1266 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1266  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 127 aa  250  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.119071 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0386  transcriptional regulator, XRE family  53.03 
 
 		 129 aa  124  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000617682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1279  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 118 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.51475  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0249  XRE family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  31.43 
 
 		 175 aa  48.1  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 84 aa  45.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3701  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0227  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 87 aa  45.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  33.87 
 
 		 91 aa  43.9  0.0007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2432  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 73 aa  43.9  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 252 aa  43.9  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  35.71 
 
 		 516 aa  43.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1824  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 117 aa  43.5  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0316  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0309  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.793931  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  34.48 
 
 		 227 aa  43.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 63 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1256  transcriptional regulator, XRE family  34.44 
 
 		 491 aa  43.5  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3970  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4397  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.78876 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  27.94 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0789  HipB domain-containing protein  30.91 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.107176  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  27.94 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 72 aa  42  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0433  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 215 aa  42  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  29.82 
 
 		 513 aa  41.6  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 219 aa  41.6  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 81 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  32.79 
 
 		 87 aa  41.6  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  32.79 
 
 		 84 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 219 aa  41.6  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 219 aa  41.6  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 85 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1807  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 403 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 230 aa  41.6  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  29.17 
 
 		 233 aa  41.6  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  32.88 
 
 		 201 aa  41.2  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1861  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 403 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 118 aa  41.6  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4813  putative transcriptionl regulator HipB  37.5 
 
 		 101 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  28.75 
 
 		 80 aa  41.2  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  34.43 
 
 		 161 aa  41.2  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 242 aa  41.2  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  32.14 
 
 		 507 aa  41.2  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 180 aa  41.2  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 83 aa  40.8  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  27.03 
 
 		 513 aa  40.8  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0543  helix-turn-helix domain protein  36.54 
 
 		 96 aa  40.8  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1622  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 142 aa  40.4  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00320147  normal  0.504339 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4522  transcriptional regulator  27.85 
 
 		 103 aa  40.8  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 198 aa  40.4  0.008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  25.68 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 81 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 209 aa  40.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 76 aa  40.4  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 528 aa  40.4  0.009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  40  0.01  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08540  predicted transcriptional regulator  30.67 
 
 		 76 aa  40  0.01  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102347 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 147 aa  40  0.01  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5958  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 134 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>