47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3970 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_3970  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 85 aa  169  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 85 aa  122  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 85 aa  80.5  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  51.28 
 
 		 81 aa  79.7  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  53.42 
 
 		 78 aa  79.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  48.1 
 
 		 80 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 97 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  45.21 
 
 		 80 aa  68.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 92 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  47.95 
 
 		 82 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44 
 
 		 80 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 80 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2106  hypothetical protein  49.12 
 
 		 84 aa  59.3  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1324  helix-turn-helix domain-containing protein  38.82 
 
 		 85 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 77 aa  54.3  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4916  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 81 aa  53.9  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.366268  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3955  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 84 aa  53.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1469  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 84 aa  52.8  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7321  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 77 aa  52  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000062062  decreased coverage  0.00000000166173 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3825  hypothetical protein  63.16 
 
 		 101 aa  51.6  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0684946 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 85 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3194  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1707  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0719  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196932  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0743  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0970  hypothetical protein  48.65 
 
 		 79 aa  44.7  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  34.48 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0543  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 96 aa  42  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3948  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 73 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697178 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2163  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 710 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  41.18 
 
 		 102 aa  42  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 85 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1926  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 82 aa  41.6  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.616703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  40.38 
 
 		 90 aa  41.6  0.004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 513 aa  41.2  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 490 aa  41.2  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03892  DNA-binding protein  50 
 
 		 82 aa  40.8  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 		 93 aa  40.8  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 101 aa  40.4  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 497 aa  40.4  0.007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  38.18 
 
 		 272 aa  40.8  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 163 aa  40.4  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  40.74 
 
 		 90 aa  40  0.01  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>