45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3550 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3550  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 92 aa  185  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0545283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1813  helix-turn-helix domain-containing protein  56 
 
 		 80 aa  95.1  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.464134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  55.56 
 
 		 81 aa  81.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4916  XRE family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 81 aa  81.3  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.366268  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0800  XRE family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 97 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0622  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.74 
 
 		 80 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831827  normal  0.651829 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0717  DNA-binding protein  41.77 
 
 		 80 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3970  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 80 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2106  hypothetical protein  52.56 
 
 		 84 aa  67.8  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0810  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 85 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.697679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3635  XRE family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 85 aa  67  0.00000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.314503 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5654  transcriptional regulator, XRE family  42.67 
 
 		 78 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.279432  normal  0.298954 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0902  transcriptional regulator, XRE family  52.54 
 
 		 82 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0903  transcriptional regulator, XRE family  55.36 
 
 		 77 aa  63.9  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1469  Cro/CI family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 84 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3194  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 86 aa  62  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7321  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 77 aa  60.8  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000062062  decreased coverage  0.00000000166173 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2731  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 85 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000989155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3691  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 85 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0719  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 80 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196932  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2410  XRE family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000194776  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1707  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 80 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0743  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 80 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6264  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 188 aa  51.6  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000184029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3948  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697178 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2018  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 83 aa  49.7  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.97795  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03892  DNA-binding protein  40.38 
 
 		 82 aa  49.7  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1324  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 85 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3955  XRE family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0970  hypothetical protein  52.63 
 
 		 79 aa  42  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4563  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 80 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1926  XRE family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 82 aa  41.6  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.616703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 490 aa  41.6  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 83 aa  41.2  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  35.8 
 
 		 399 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2463  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 71 aa  41.2  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.155413  normal  0.111212 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5908  helix-turn-helix domain protein  34.83 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.84632  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 76 aa  40.8  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  46 
 
 		 136 aa  40.4  0.008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0316  helix-turn-helix domain-containing protein  31.15 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0309  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.793931  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>