280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2550 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1682  Rhs element Vgr protein  95.25 
 
 		 589 aa  1160    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2550  Rhs element Vgr protein  100 
 
 		 589 aa  1206    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3155  Rhs element Vgr protein  48.39 
 
 		 581 aa  630  1e-179  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0669  Rhs element Vgr protein  49.92 
 
 		 576 aa  598  1e-170  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5250  Rhs element Vgr protein  45.47 
 
 		 596 aa  529  1e-149  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00012293 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3609  Rhs element Vgr protein  46.05 
 
 		 574 aa  474  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128418 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0369  Rhs element Vgr protein  41.39 
 
 		 596 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0676  Rhs element Vgr protein  39.33 
 
 		 596 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1042  phosphoserine phosphatase SerB  41.57 
 
 		 565 aa  448  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3003  Rhs element Vgr protein  37.58 
 
 		 598 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2462  hypothetical protein  37.03 
 
 		 595 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3927  Rhs element Vgr protein  36.57 
 
 		 604 aa  396  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00332693  hitchhiker  0.00450013 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1080  hypothetical protein  34.27 
 
 		 599 aa  358  1.9999999999999998e-97  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.752206 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0896  Rhs element Vgr protein  29.08 
 
 		 545 aa  232  1e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.79786 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1040  Rhs element Vgr protein  29.08 
 
 		 545 aa  232  1e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.605907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1663  Rhs element Vgr protein  26.04 
 
 		 589 aa  162  1e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.485896  normal  0.191701 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2817  Rhs element Vgr protein  26.01 
 
 		 593 aa  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2267  Rhs element Vgr protein  28.27 
 
 		 610 aa  145  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.267374  hitchhiker  0.000675551 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1626  Rhs element Vgr protein  24.16 
 
 		 592 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0131276 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1732  Rhs element Vgr protein  25.81 
 
 		 641 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00520263 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3822  Rhs element Vgr protein  25.81 
 
 		 578 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112104  normal  0.0443202 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2945  Rhs element Vgr protein  24.47 
 
 		 589 aa  113  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.703955  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5384  Rhs element Vgr protein  24.02 
 
 		 602 aa  111  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0983  hypothetical protein  37.95 
 
 		 218 aa  110  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.208742  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0926  Rhs element Vgr protein  27.47 
 
 		 587 aa  108  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.91076  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1906  Rhs element Vgr protein  25.52 
 
 		 606 aa  107  6e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0194585  hitchhiker  0.0014616 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1051  Rhs element Vgr protein  25.73 
 
 		 594 aa  99.8  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0660  hypothetical protein  21.92 
 
 		 605 aa  99  2e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.279373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3043  Rhs element Vgr protein  32.16 
 
 		 229 aa  98.6  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000160638 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4864  Rhs element Vgr protein  23.85 
 
 		 599 aa  98.2  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0846936  normal  0.155196 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0769  Rhs element Vgr protein  28.51 
 
 		 248 aa  94.4  5e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1564  hypothetical protein  25.11 
 
 		 504 aa  91.7  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.21515 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6416  Rhs element Vgr protein  22.52 
 
 		 617 aa  90.5  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4109  Rhs element Vgr protein  25.47 
 
 		 576 aa  89.7  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0273732 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1875  hypothetical protein  37.43 
 
 		 212 aa  89  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.133633  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26590  hypothetical protein  25.8 
 
 		 599 aa  86.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0848935  normal  0.672502 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3666  Rhs element Vgr protein  29.58 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.408922  decreased coverage  0.0000749166 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1509  Rhs element Vgr protein  29.95 
 
 		 239 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3684  Rhs element Vgr protein  30.48 
 
 		 247 aa  82.4  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.149401  hitchhiker  0.000521794 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1508  phage protein D  27.02 
 
 		 348 aa  80.5  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1796  Rhs element Vgr protein  23.12 
 
 		 619 aa  80.1  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3260  Rhs element Vgr protein  21.88 
 
 		 602 aa  79  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.386521  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3589  Rhs element Vgr protein  22.7 
 
 		 612 aa  78.6  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.512863 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4390  Rhs element Vgr protein  23.65 
 
 		 652 aa  79  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.86257  normal  0.698434 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000029  hypothetical protein  29.24 
 
 		 611 aa  77.8  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3665  Rhs element Vgr protein  31.28 
 
 		 245 aa  75.5  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.412379  hitchhiker  0.000248141 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3664  hypothetical protein  26.16 
 
 		 360 aa  75.1  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000879822 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5894  Rhs element Vgr protein  28.63 
 
 		 615 aa  75.1  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1953  Rhs element Vgr protein  27.27 
 
 		 275 aa  74.3  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2892  hypothetical protein  21.02 
 
 		 499 aa  73.9  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3931  Rhs element Vgr protein  26.99 
 
 		 616 aa  73.2  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.410968  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4015  Rhs element Vgr protein  26.11 
 
 		 602 aa  70.5  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.211679  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  27.19 
 
 		 618 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5985  type VI secretion system Vgr family protein  22.14 
 
 		 641 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3177  Rhs family protein  25 
 
 		 697 aa  68.2  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3220  Rhs element Vgr protein  21.95 
 
 		 618 aa  68.2  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  22.71 
 
 		 741 aa  68.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0982  hypothetical protein  23.15 
 
 		 362 aa  66.6  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  23.11 
 
 		 741 aa  67  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29390  hypothetical protein  22.42 
 
 		 689 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2332  Rhs element Vgr protein  24.36 
 
 		 741 aa  64.7  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00996193  normal  0.0126654 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3960  hypothetical protein  21.39 
 
 		 689 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0014  vgrG protein  27.52 
 
 		 1017 aa  64.3  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3778  type VI secretion system Vgr family protein  22.85 
 
 		 796 aa  63.2  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.938556  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0770  Phage protein D-like protein  23.21 
 
 		 341 aa  62.4  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.737587  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  22.49 
 
 		 709 aa  62.4  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6682  type VI secretion system Vgr family protein  25 
 
 		 1057 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2565  Rhs element Vgr protein  23.55 
 
 		 687 aa  62.4  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125293  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2572  Rhs element Vgr protein  23.55 
 
 		 687 aa  62.4  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0544876  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2579  Rhs element Vgr protein  23.55 
 
 		 687 aa  62.4  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0472026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1883  Phage protein D-like  23.77 
 
 		 427 aa  62.4  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.109131  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0250  type VI secretion system Vgr family protein  22.41 
 
 		 794 aa  62  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2758  vgrG protein  24.12 
 
 		 774 aa  61.6  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2014  type VI secretion system Vgr family protein  28.14 
 
 		 753 aa  61.6  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.758033  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0201  type VI secretion system Vgr family protein  20.75 
 
 		 777 aa  61.6  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2094  Rhs element Vgr protein  24.4 
 
 		 646 aa  60.8  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.730907  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2447  type VI secretion system Vgr family protein  24.77 
 
 		 735 aa  60.1  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.764507  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1818  hypothetical protein  25.88 
 
 		 352 aa  60.1  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7056  vgrG protein  23.04 
 
 		 741 aa  60.1  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0833871  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7557  vgrG protein  22.57 
 
 		 653 aa  60.1  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2760  type VI secretion system Vgr family protein  20.89 
 
 		 613 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68949 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01110  hypothetical protein  23.08 
 
 		 643 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3254  vgrG protein  20.62 
 
 		 710 aa  58.5  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1155  type VI secretion system Vgr family protein  24.49 
 
 		 706 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0542625  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3020  Rhs element Vgr protein  23.66 
 
 		 738 aa  58.2  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.988422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0662  putative phage late control gene D protein  24.61 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6124  type VI secretion system Vgr family protein  23.95 
 
 		 714 aa  58.5  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.029227  normal  0.478766 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3454  type VI secretion system Vgr family protein  24.77 
 
 		 655 aa  58.2  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1183  Rhs element Vgr protein  26.58 
 
 		 694 aa  58.2  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0853  hypothetical protein  31.25 
 
 		 193 aa  57.8  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0938  Phage protein D-like  24.57 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0367858  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4429  Rhs element Vgr protein  24.28 
 
 		 724 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  23.03 
 
 		 646 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0129  Rhs element Vgr protein  25.12 
 
 		 872 aa  57.4  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1137  hypothetical protein  21.27 
 
 		 381 aa  57  0.0000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0153  Rhs element Vgr protein  24.58 
 
 		 689 aa  57  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1954  Phage protein D-like protein  19.69 
 
 		 407 aa  57  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3822  phage protein D-like  23.03 
 
 		 427 aa  56.6  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3719  Rhs element Vgr protein  22.93 
 
 		 723 aa  56.6  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.331309  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1162  type VI secretion system Vgr family protein  22.6 
 
 		 617 aa  56.6  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.754803  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>