More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3043 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3043  Rhs element Vgr protein  100 
 
 		 229 aa  464  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000160638 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1875  hypothetical protein  39.44 
 
 		 212 aa  140  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.133633  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1953  Rhs element Vgr protein  32.59 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0983  hypothetical protein  38.42 
 
 		 218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.208742  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1663  Rhs element Vgr protein  37.08 
 
 		 589 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.485896  normal  0.191701 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3609  Rhs element Vgr protein  35.23 
 
 		 574 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128418 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5250  Rhs element Vgr protein  31.55 
 
 		 596 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00012293 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2817  Rhs element Vgr protein  34.21 
 
 		 593 aa  100  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1042  phosphoserine phosphatase SerB  37.43 
 
 		 565 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3666  Rhs element Vgr protein  31.82 
 
 		 226 aa  99  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.408922  decreased coverage  0.0000749166 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2550  Rhs element Vgr protein  32.16 
 
 		 589 aa  98.6  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1682  Rhs element Vgr protein  32.66 
 
 		 589 aa  97.1  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3155  Rhs element Vgr protein  29.75 
 
 		 581 aa  97.4  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1509  Rhs element Vgr protein  34.87 
 
 		 239 aa  97.1  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0769  Rhs element Vgr protein  34.36 
 
 		 248 aa  94.4  1e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0676  Rhs element Vgr protein  29.19 
 
 		 596 aa  93.2  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2462  hypothetical protein  32.39 
 
 		 595 aa  92.8  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3927  Rhs element Vgr protein  31.55 
 
 		 604 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00332693  hitchhiker  0.00450013 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3684  Rhs element Vgr protein  39.86 
 
 		 247 aa  90.1  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.149401  hitchhiker  0.000521794 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0669  Rhs element Vgr protein  31.25 
 
 		 576 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1138  hypothetical protein  28.44 
 
 		 270 aa  89.7  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1732  Rhs element Vgr protein  30.9 
 
 		 641 aa  87.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00520263 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3822  Rhs element Vgr protein  35.67 
 
 		 578 aa  86.3  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112104  normal  0.0443202 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1906  Rhs element Vgr protein  37.23 
 
 		 606 aa  85.5  6e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0194585  hitchhiker  0.0014616 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1080  hypothetical protein  26.48 
 
 		 599 aa  82.8  0.000000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.752206 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1626  Rhs element Vgr protein  27.35 
 
 		 592 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0131276 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3003  Rhs element Vgr protein  27.51 
 
 		 598 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5894  Rhs element Vgr protein  31.11 
 
 		 615 aa  80.1  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3665  Rhs element Vgr protein  27.1 
 
 		 245 aa  79.7  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.412379  hitchhiker  0.000248141 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6416  Rhs element Vgr protein  30.77 
 
 		 617 aa  79  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0369  Rhs element Vgr protein  28.49 
 
 		 596 aa  77.4  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0926  Rhs element Vgr protein  31.96 
 
 		 587 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.91076  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0660  hypothetical protein  32.42 
 
 		 605 aa  77.4  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.279373 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2267  Rhs element Vgr protein  32.61 
 
 		 610 aa  77.4  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.267374  hitchhiker  0.000675551 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2555  hypothetical protein  32.22 
 
 		 273 aa  75.9  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216389 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3260  Rhs element Vgr protein  30.3 
 
 		 602 aa  75.1  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.386521  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1051  Rhs element Vgr protein  29.19 
 
 		 594 aa  75.1  0.0000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0896  Rhs element Vgr protein  30.17 
 
 		 545 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.79786 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1040  Rhs element Vgr protein  30.17 
 
 		 545 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.605907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2892  hypothetical protein  27.03 
 
 		 499 aa  70.5  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26590  hypothetical protein  31.72 
 
 		 599 aa  67.8  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0848935  normal  0.672502 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1564  hypothetical protein  35.12 
 
 		 504 aa  66.6  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.21515 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1748  hypothetical protein  27.98 
 
 		 275 aa  65.1  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.499382  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0663  hypothetical protein  29.35 
 
 		 193 aa  63.5  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0853  hypothetical protein  30.27 
 
 		 193 aa  63.2  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1893  Rhs element Vgr protein  31.05 
 
 		 762 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2447  type VI secretion system Vgr family protein  29.31 
 
 		 735 aa  63.2  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.764507  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2081  Rhs element Vgr protein  28.42 
 
 		 763 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0796  Rhs element Vgr protein  28.42 
 
 		 763 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1894  Rhs element Vgr protein  29.79 
 
 		 763 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3931  Rhs element Vgr protein  27.27 
 
 		 616 aa  62.8  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.410968  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0707  Rhs element Vgr protein  28.42 
 
 		 763 aa  62  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0204  Rhs element Vgr protein  36.11 
 
 		 869 aa  61.2  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4864  Rhs element Vgr protein  26.78 
 
 		 599 aa  61.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0846936  normal  0.155196 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0797  Rhs element Vgr protein  29.79 
 
 		 762 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0446  Rhs element Vgr protein  29.79 
 
 		 762 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232565  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0709  Rhs element Vgr protein  29.79 
 
 		 762 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.730029  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2082  Rhs element Vgr protein  29.79 
 
 		 762 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2009  Rhs element Vgr protein  29.79 
 
 		 762 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1035  Rhs element Vgr protein  29.79 
 
 		 762 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.508183  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2439  type VI secretion system Vgr family protein  31.18 
 
 		 712 aa  60.1  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0740  Rhs element Vgr protein  29.79 
 
 		 762 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1493  hypothetical protein  30.3 
 
 		 161 aa  60.1  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1726  Rhs element Vgr protein  33.33 
 
 		 642 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2254  Rhs element Vgr protein  35.42 
 
 		 875 aa  59.7  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6212  type VI secretion system Vgr family protein  33.33 
 
 		 716 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2274  Rhs element Vgr protein  34.48 
 
 		 871 aa  58.9  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50870  Rhs element Vgr protein  28.81 
 
 		 668 aa  58.9  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0741  Rhs element Vgr protein  28.72 
 
 		 748 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0445  Rhs element Vgr protein  28.72 
 
 		 748 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1036  Rhs element Vgr protein  28.72 
 
 		 748 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.288355  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2010  Rhs element Vgr protein  28.72 
 
 		 748 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4187  Rhs element Vgr protein  27.61 
 
 		 769 aa  58.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2014  type VI secretion system Vgr family protein  27.71 
 
 		 753 aa  57.4  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.758033  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3019  type VI secretion system Vgr family protein  31.39 
 
 		 1048 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.103132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000029  hypothetical protein  28.91 
 
 		 611 aa  56.6  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5985  type VI secretion system Vgr family protein  29.45 
 
 		 641 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2760  type VI secretion system Vgr family protein  28.49 
 
 		 613 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68949 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3415  Rhs element Vgr protein  27.07 
 
 		 669 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  28.46 
 
 		 661 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  25.27 
 
 		 661 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0166  Rhs element Vgr protein  31.54 
 
 		 930 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.275346  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1613  Rhs element Vgr protein  31.54 
 
 		 858 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6682  type VI secretion system Vgr family protein  31.86 
 
 		 1057 aa  55.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0129  Rhs element Vgr protein  30.71 
 
 		 872 aa  54.7  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176404  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4015  Rhs element Vgr protein  23.73 
 
 		 602 aa  54.7  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.211679  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4109  Rhs element Vgr protein  22.87 
 
 		 576 aa  54.3  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0273732 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  32.08 
 
 		 618 aa  54.7  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4953  type VI secretion system Vgr family protein  31.01 
 
 		 706 aa  54.7  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.836014 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0143  Rhs element Vgr protein  31.54 
 
 		 896 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.420233  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  26.83 
 
 		 661 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  26.83 
 
 		 661 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1868  hypothetical protein  29.12 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  26.83 
 
 		 661 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  26.83 
 
 		 661 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0319  Rhs family protein  26.9 
 
 		 729 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.946115  normal  0.027027 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  26.83 
 
 		 661 aa  54.3  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2225  Rhs element Vgr protein  32.08 
 
 		 835 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  26.83 
 
 		 661 aa  54.3  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0322  Rhs-family protein  26.9 
 
 		 730 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0393811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>