166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2555 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2555  hypothetical protein  100 
 
 		 273 aa  554  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216389 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1138  hypothetical protein  56.98 
 
 		 270 aa  315  4e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1748  hypothetical protein  58.24 
 
 		 275 aa  313  2.9999999999999996e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.499382  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0853  hypothetical protein  38.85 
 
 		 183 aa  123  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1817  hypothetical protein  38.97 
 
 		 192 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1493  hypothetical protein  39.88 
 
 		 161 aa  119  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1814  hypothetical protein  43.2 
 
 		 199 aa  113  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0941  hypothetical protein  34.2 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00274384  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3825  hypothetical protein  34.2 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1880  hypothetical protein  35.14 
 
 		 349 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0126837  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0983  hypothetical protein  32.3 
 
 		 218 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.208742  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1509  Rhs element Vgr protein  26.55 
 
 		 239 aa  97.1  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5894  Rhs element Vgr protein  38.58 
 
 		 615 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3684  Rhs element Vgr protein  28.65 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.149401  hitchhiker  0.000521794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0821  hypothetical protein  34.78 
 
 		 202 aa  85.9  7e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1732  Rhs element Vgr protein  26.69 
 
 		 641 aa  85.1  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00520263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3260  Rhs element Vgr protein  28.49 
 
 		 602 aa  84.3  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.386521  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1626  Rhs element Vgr protein  24.64 
 
 		 592 aa  83.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0131276 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2817  Rhs element Vgr protein  28.28 
 
 		 593 aa  79.7  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3666  Rhs element Vgr protein  31.54 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.408922  decreased coverage  0.0000749166 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1953  Rhs element Vgr protein  31.13 
 
 		 275 aa  78.6  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1663  Rhs element Vgr protein  26.9 
 
 		 589 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.485896  normal  0.191701 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3822  Rhs element Vgr protein  27.75 
 
 		 578 aa  77.4  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.112104  normal  0.0443202 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0769  Rhs element Vgr protein  28.97 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3043  Rhs element Vgr protein  32.22 
 
 		 229 aa  75.9  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000160638 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0853  hypothetical protein  35.62 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0663  hypothetical protein  35 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3665  Rhs element Vgr protein  36.52 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.412379  hitchhiker  0.000248141 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000029  hypothetical protein  28.5 
 
 		 611 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1906  Rhs element Vgr protein  26.43 
 
 		 606 aa  68.6  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0194585  hitchhiker  0.0014616 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0660  hypothetical protein  28.86 
 
 		 605 aa  67.8  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.279373 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0926  Rhs element Vgr protein  26.58 
 
 		 587 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.91076  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6416  Rhs element Vgr protein  31.34 
 
 		 617 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1875  hypothetical protein  29.57 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.133633  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5384  Rhs element Vgr protein  27.94 
 
 		 602 aa  66.2  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1868  hypothetical protein  28.85 
 
 		 216 aa  65.1  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2267  Rhs element Vgr protein  27.05 
 
 		 610 aa  65.1  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.267374  hitchhiker  0.000675551 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4015  Rhs element Vgr protein  31.75 
 
 		 602 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.211679  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2462  hypothetical protein  26.76 
 
 		 595 aa  63.9  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1042  phosphoserine phosphatase SerB  27.4 
 
 		 565 aa  59.3  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0369  Rhs element Vgr protein  24.87 
 
 		 596 aa  58.9  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2892  hypothetical protein  31.85 
 
 		 499 aa  58.2  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0676  Rhs element Vgr protein  24.89 
 
 		 596 aa  58.5  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2360  Rhs element Vgr protein  27.03 
 
 		 618 aa  57.4  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2517  type VI secretion system Vgr family protein  24.88 
 
 		 616 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2945  Rhs element Vgr protein  29.53 
 
 		 589 aa  57.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.703955  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4864  Rhs element Vgr protein  24.68 
 
 		 599 aa  57  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0846936  normal  0.155196 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3927  Rhs element Vgr protein  23.96 
 
 		 604 aa  56.6  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00332693  hitchhiker  0.00450013 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3533  type VI secretion system Vgr family protein  26.11 
 
 		 725 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0764  type VI secretion system Vgr family protein  24.04 
 
 		 741 aa  54.3  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0339  putative VgrG protein  26.98 
 
 		 732 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0696  putative VgrG protein  24.04 
 
 		 741 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0250  type VI secretion system Vgr family protein  29.79 
 
 		 794 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3003  Rhs element Vgr protein  22.27 
 
 		 598 aa  53.9  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3719  Rhs element Vgr protein  26.34 
 
 		 723 aa  53.9  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.331309  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3155  Rhs element Vgr protein  24.53 
 
 		 581 aa  53.1  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0669  Rhs element Vgr protein  23.53 
 
 		 576 aa  52.8  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3931  Rhs element Vgr protein  28.57 
 
 		 616 aa  52.8  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.410968  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1564  hypothetical protein  31.58 
 
 		 504 aa  52.8  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.21515 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  30.21 
 
 		 683 aa  52.4  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  32.5 
 
 		 683 aa  52.4  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26590  hypothetical protein  26.19 
 
 		 599 aa  52  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0848935  normal  0.672502 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1682  Rhs element Vgr protein  25 
 
 		 589 aa  51.6  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2550  Rhs element Vgr protein  25 
 
 		 589 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1051  Rhs element Vgr protein  23.48 
 
 		 594 aa  51.2  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4390  Rhs element Vgr protein  23.58 
 
 		 652 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.86257  normal  0.698434 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2568  Rhs element Vgr protein  23.56 
 
 		 661 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00256  Rhs-family protein  27.46 
 
 		 645 aa  50.4  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0650  Rhs element Vgr protein  25.1 
 
 		 727 aa  50.1  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0732792  normal  0.0253872 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1026  vgrG protein  26.99 
 
 		 1095 aa  50.1  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1269  Rhs element Vgr protein  23.08 
 
 		 661 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0412192  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1436  Rhs element Vgr protein  24.19 
 
 		 661 aa  49.7  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.064161  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0240  Rhs element Vgr protein  23.08 
 
 		 661 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0511  Rhs element Vgr protein  23.08 
 
 		 661 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1401  Rhs element Vgr protein  24.19 
 
 		 661 aa  49.7  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.764688  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1057  Rhs element Vgr protein  23.08 
 
 		 661 aa  49.7  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517121  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0115  vgrG protein  24.02 
 
 		 694 aa  49.7  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2151  Rhs element Vgr protein  24.88 
 
 		 706 aa  49.3  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2618  Rhs element Vgr protein  26.51 
 
 		 618 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.576781 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3589  Rhs element Vgr protein  23.21 
 
 		 612 aa  49.3  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.512863 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1320  Rhs element Vgr protein  24.19 
 
 		 661 aa  49.3  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249702  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3609  Rhs element Vgr protein  26.09 
 
 		 574 aa  48.9  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128418 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0328  Rhs element Vgr protein  30.19 
 
 		 740 aa  49.3  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0401  type VI secretion system Vgr family protein  30.19 
 
 		 740 aa  49.3  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1080  hypothetical protein  20.3 
 
 		 599 aa  48.9  0.00009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.752206 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3106  hypothetical protein  27.14 
 
 		 618 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.166384  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1901  Rhs element Vgr protein  34.09 
 
 		 775 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1703  Rhs element Vgr protein  34.09 
 
 		 775 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1145  Rhs element Vgr protein  32.74 
 
 		 706 aa  48.5  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1191  Rhs element Vgr protein  23.39 
 
 		 703 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0912  Rhs element Vgr protein  34.09 
 
 		 775 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1199  Rhs element Vgr protein  34.09 
 
 		 775 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0342  Rhs element Vgr protein  34.09 
 
 		 775 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.795549  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0251  Rhs element Vgr protein  34.09 
 
 		 775 aa  48.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.628249  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2174  Rhs element Vgr protein  34.09 
 
 		 775 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0418  type VI secretion system Vgr family protein  26.48 
 
 		 617 aa  48.1  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2760  type VI secretion system Vgr family protein  26.19 
 
 		 613 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.68949 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2447  type VI secretion system Vgr family protein  25.81 
 
 		 735 aa  47.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.764507  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0107  Rhs element Vgr protein  23.22 
 
 		 693 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1502  type VI secretion system Vgr family protein  26.15 
 
 		 617 aa  47.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>