224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2842 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2842  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
321 aa  648    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.567167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7833  DEAD/DEAH box helicase domain protein  72.43 
 
 
1723 aa  332  6e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2729  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  71.5 
 
 
1722 aa  324  1e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.631527  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.18 
 
 
1741 aa  261  1e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.232543 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3296  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.9 
 
 
1734 aa  256  4e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.64 
 
 
1743 aa  222  7e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.724661  normal  0.480876 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1543  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.23 
 
 
1711 aa  212  5.999999999999999e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2672  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.86 
 
 
1770 aa  202  8e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.47983 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.39 
 
 
1725 aa  185  8e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.46826  normal  0.102614 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0223  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.91 
 
 
1711 aa  185  9e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.229884  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0833  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.65 
 
 
1765 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.888983 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2665  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.56 
 
 
1698 aa  180  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1954  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.92 
 
 
1695 aa  175  8e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0274  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.5 
 
 
1754 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1302  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.47 
 
 
1719 aa  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2590  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.45 
 
 
1672 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000259422 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.6 
 
 
1723 aa  163  3e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0352  DEAD/DEAH box helicase-like  39.81 
 
 
1704 aa  154  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1711  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.56 
 
 
1764 aa  125  9e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3350  hypothetical protein  35.81 
 
 
1838 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.168378  normal  0.500488 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1124  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  33.47 
 
 
1561 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.416463  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1539  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.3 
 
 
1542 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0511  helicase  27.85 
 
 
1578 aa  107  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.769472  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0806  DEAD/DEAH box helicase-like protein  31.33 
 
 
1543 aa  105  7e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.33 
 
 
1543 aa  105  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.301369 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1404  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.63 
 
 
1602 aa  105  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2319  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.74 
 
 
1525 aa  103  6e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.102202  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2269  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.1 
 
 
1607 aa  97.4  3e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0742  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.42 
 
 
1861 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3253  DEAD/DEAH box helicase-like  27.71 
 
 
2093 aa  81.6  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.224571  normal  0.0428877 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1673  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.82 
 
 
1589 aa  79.7  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35200  helicase family protein with metal-binding cysteine cluster  37.95 
 
 
2082 aa  78.6  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5422  helicase superfamily protein  38.69 
 
 
2224 aa  76.6  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.383128 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1679  helicase superfamily protein  28.04 
 
 
1784 aa  76.3  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2843  ATP-dependant helicase  36.52 
 
 
912 aa  75.9  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00245951  normal  0.0337718 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38435  predicted protein  35.29 
 
 
758 aa  75.9  0.0000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1438  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.18 
 
 
807 aa  75.5  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5807  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.12 
 
 
2104 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3741  Protein of unknown function DUF1998  46.22 
 
 
2124 aa  75.1  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2271  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.17 
 
 
789 aa  74.7  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1320  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.04 
 
 
815 aa  73.9  0.000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000720865 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3886  helicase superfamily protein  33.12 
 
 
2104 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.12 
 
 
2104 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1675  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.32 
 
 
790 aa  73.2  0.000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1353  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.06 
 
 
2099 aa  71.6  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0354  Protein of unknown function DUF1998  38.06 
 
 
2087 aa  72  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0484  DEAD/DEAH box helicase-like protein  33.04 
 
 
941 aa  70.9  0.00000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0368983  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1418  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.33 
 
 
2136 aa  70.5  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411331  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0076  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.71 
 
 
962 aa  68.6  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5810  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.33 
 
 
2113 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3883  helicase superfamily protein  33.33 
 
 
2113 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0319703  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4830  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
2113 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0511  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.13 
 
 
739 aa  67  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.814841  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3086  helicase superfamily protein  36.13 
 
 
2125 aa  66.2  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.652376  hitchhiker  0.00603337 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0240  helicase superfamily protein  36.45 
 
 
2097 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0861  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.71 
 
 
744 aa  64.7  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2258  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.1 
 
 
897 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.22294  normal  0.971461 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4093  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.85 
 
 
685 aa  64.3  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.317776  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0816  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.96 
 
 
685 aa  63.5  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.710147  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2038  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.51 
 
 
2120 aa  63.9  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.104871 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0432  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.21 
 
 
759 aa  63.5  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2494  hypothetical protein  30.05 
 
 
2106 aa  63.2  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1457  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.61 
 
 
744 aa  63.5  0.000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.507421  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_840  ATP-dependent RNA helicase, DEAD/DEAH box family  37.39 
 
 
764 aa  63.2  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4896  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.77 
 
 
2113 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0967  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  36.52 
 
 
764 aa  62.8  0.000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.131419  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.61 
 
 
803 aa  63.2  0.000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111055  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1953  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.54 
 
 
959 aa  62.8  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.212606  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26090  helicase family protein with metal-binding cysteine cluster  35.29 
 
 
833 aa  62.4  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00586248  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1162  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.75 
 
 
764 aa  62  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14630  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.97 
 
 
751 aa  61.6  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000706515  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1319  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.31 
 
 
2213 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.97 
 
 
1053 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.215301  normal  0.377392 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2983  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.34 
 
 
972 aa  61.6  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1675  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.81 
 
 
2104 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2218  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.22 
 
 
861 aa  60.5  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.344745 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3603  DEAD/DEAH box helicase-like  33.9 
 
 
986 aa  60.1  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0836836  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0331  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.03 
 
 
1052 aa  60.1  0.00000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0858  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.9 
 
 
764 aa  60.1  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00289553  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.52 
 
 
973 aa  59.7  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.273362 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0712  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  32.64 
 
 
711 aa  59.7  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0313  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.78 
 
 
815 aa  59.7  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.178927 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0673  NADPH-dependent FMN reductase  32.52 
 
 
738 aa  59.3  0.00000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0080  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.21 
 
 
829 aa  59.3  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.412671 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2771  Protein of unknown function DUF1998  36.15 
 
 
866 aa  58.9  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00683804  hitchhiker  0.000025981 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2375  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.48 
 
 
758 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0601  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.79 
 
 
848 aa  58.9  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502776  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0077  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.88 
 
 
1086 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0012  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.8 
 
 
762 aa  58.5  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0793231  hitchhiker  0.00171802 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0625  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.2 
 
 
803 aa  58.5  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10757  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10820)  33.04 
 
 
1210 aa  58.2  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0139643  normal  0.823621 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1910  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.04 
 
 
752 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.71131  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3559  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.09 
 
 
896 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.450676  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  30.51 
 
 
855 aa  58.2  0.0000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0278  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.23 
 
 
773 aa  57.8  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.235091  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3683  DEAD/DEAH box helicase-like  29.32 
 
 
905 aa  57  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5571  Protein of unknown function DUF1998  31.18 
 
 
761 aa  56.6  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0518  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.59 
 
 
763 aa  57  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.86 
 
 
766 aa  56.6  0.0000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.801207  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0493  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.29 
 
 
815 aa  56.2  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>