More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0824 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
317 aa  640    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0919  RluA family pseudouridine synthase  53.22 
 
 
293 aa  302  4.0000000000000003e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.976861  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  49.16 
 
 
304 aa  287  2e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  47.83 
 
 
304 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  42.62 
 
 
303 aa  218  1e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  36.25 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 
339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  33.65 
 
 
339 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  35.56 
 
 
362 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
339 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
339 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.47 
 
 
352 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  36.16 
 
 
339 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.53 
 
 
327 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.65 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.45 
 
 
338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  34.6 
 
 
334 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  34.47 
 
 
399 aa  159  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  33.43 
 
 
353 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.96 
 
 
323 aa  159  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  33.13 
 
 
341 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  33.86 
 
 
370 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.63 
 
 
334 aa  156  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.48 
 
 
316 aa  155  7e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  34.48 
 
 
346 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  33.13 
 
 
322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.03 
 
 
317 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.654666  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1873  pseudouridine synthase, RluA family  33.03 
 
 
317 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0755786  normal  0.858498 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  32.17 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  32.62 
 
 
334 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  34.06 
 
 
328 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  31 
 
 
334 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  31 
 
 
334 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  31.46 
 
 
316 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  35.84 
 
 
324 aa  149  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  35.84 
 
 
324 aa  149  5e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.25 
 
 
325 aa  149  6e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.25 
 
 
325 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  34.6 
 
 
331 aa  149  7e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  33.65 
 
 
378 aa  149  8e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.62 
 
 
308 aa  149  8e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  31.31 
 
 
334 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  33.84 
 
 
331 aa  149  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  33.43 
 
 
344 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  33.12 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.84 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  33.43 
 
 
344 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.09 
 
 
320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  31.78 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.84 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.84 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.84 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.84 
 
 
319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  30.15 
 
 
400 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  31.27 
 
 
324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  32.46 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  30.46 
 
 
420 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  34.52 
 
 
319 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  34.52 
 
 
319 aa  147  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.44 
 
 
300 aa  147  3e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  30.94 
 
 
358 aa  147  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  31.21 
 
 
325 aa  147  3e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.52 
 
 
319 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.52 
 
 
319 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  34.52 
 
 
319 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.52 
 
 
319 aa  147  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.52 
 
 
319 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  33.97 
 
 
312 aa  147  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.85 
 
 
308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.69 
 
 
308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.94 
 
 
325 aa  146  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.01 
 
 
477 aa  146  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.85 
 
 
308 aa  145  6e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.52 
 
 
319 aa  145  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  31.99 
 
 
324 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.44 
 
 
333 aa  145  8.000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2087  RluA family pseudouridine synthase  31.68 
 
 
330 aa  145  9e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  31.68 
 
 
330 aa  144  1e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  33.01 
 
 
346 aa  145  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.25 
 
 
327 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  31.17 
 
 
405 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1354  pseudouridine synthase, RluA family  33.74 
 
 
323 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.281487  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.71 
 
 
315 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  33.93 
 
 
319 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01518  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.67 
 
 
313 aa  144  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.1 
 
 
302 aa  144  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.19 
 
 
319 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  31.17 
 
 
407 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.08 
 
 
328 aa  144  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1191  pseudouridine synthase, RluA family  30.59 
 
 
328 aa  143  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.924831  normal  0.212206 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 
335 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.06 
 
 
391 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.45 
 
 
329 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  27.62 
 
 
344 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 
335 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.71 
 
 
335 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 
335 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 
335 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 
335 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.71 
 
 
477 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>