More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2541 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2541  transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  466  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.714268 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2539  transcriptional regulator  40.87 
 
 		 229 aa  161  8.000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.824223  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  39 
 
 		 218 aa  134  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4102  GntR domain protein  37.91 
 
 		 243 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4185  GntR domain-containing protein  40.76 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440271 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5356  transcriptional regulator GntR family  35.07 
 
 		 238 aa  118  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.780742  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4270  hypothetical protein  36.45 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0750  GntR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.33475  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0365  GntR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 230 aa  112  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2675  transcriptional regulator GntR  34.26 
 
 		 245 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4165  GntR domain-containing protein  35.48 
 
 		 232 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218155  normal  0.105526 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1565  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 215 aa  106  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2629  GntR domain protein  33.96 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1232  GntR-like  30.92 
 
 		 252 aa  101  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6600  GntR domain-containing protein  30.92 
 
 		 252 aa  101  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal  0.274665 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5994  GntR-like protein  30.77 
 
 		 231 aa  95.5  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1711  GntR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 236 aa  95.1  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00570567  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  28.97 
 
 		 244 aa  84.3  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  28.77 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  30.09 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  29.91 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  29.91 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  29.91 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6022  GntR domain-containing protein  31.7 
 
 		 338 aa  82.4  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  30.81 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 247 aa  81.3  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  30.81 
 
 		 249 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 252 aa  80.5  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  30.69 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  30.97 
 
 		 260 aa  79.3  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  26.07 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.96 
 
 		 257 aa  79.3  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  32.42 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  29.41 
 
 		 230 aa  79  0.00000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  32.59 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 243 aa  79  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  27.93 
 
 		 245 aa  78.6  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.52 
 
 		 258 aa  78.6  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  30.7 
 
 		 235 aa  78.2  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  26.03 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  26.03 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  26.03 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  29.95 
 
 		 239 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  29.61 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  29.61 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.61 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.61 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  29.61 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  29.47 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.07 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.07 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.61 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.61 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.07 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.07 
 
 		 258 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.07 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 255 aa  76.6  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  25.59 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  30.35 
 
 		 254 aa  76.3  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.55 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.55 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.55 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.55 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  29.55 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.07 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  28.37 
 
 		 255 aa  75.5  0.0000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  29.85 
 
 		 254 aa  75.5  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  28.17 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  28.17 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  28.17 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  28.17 
 
 		 223 aa  75.1  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  30.59 
 
 		 247 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  28.17 
 
 		 263 aa  74.7  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  31.13 
 
 		 243 aa  75.1  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.84 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  28.77 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4749  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 273 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  28.21 
 
 		 257 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1163  GntR domain protein  30.4 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  28.37 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  31.37 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  27.52 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  30.05 
 
 		 240 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.82 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  27.88 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.82 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 270 aa  73.2  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  28.88 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.88 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.82 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.82 
 
 		 257 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  28.51 
 
 		 270 aa  73.2  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0294  GntR domain-containing protein  32.55 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>