69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0478 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0478  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 282 aa  577  1e-164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.648252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3941  extracellular solute-binding protein  68.75 
 
 		 285 aa  377  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.792832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1238  extracellular solute-binding protein  66.53 
 
 		 274 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.532355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2580  putative methanol oxidation protein  65.73 
 
 		 274 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1943  extracellular solute-binding protein  60.84 
 
 		 270 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0022  extracellular solute-binding protein  54.14 
 
 		 270 aa  300  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5951  putative methanol oxidation protein  47.25 
 
 		 291 aa  258  6e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.834577  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1585  extracellular solute-binding protein family 3  45.72 
 
 		 282 aa  251  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0856617 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1779  extracellular solute-binding protein  48.61 
 
 		 307 aa  249  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.117507  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0510  extracellular solute-binding protein  40.94 
 
 		 286 aa  231  9e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0862535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5979  extracellular solute-binding protein family 3  44.94 
 
 		 288 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.077375  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5754  extracellular solute-binding protein  41.96 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.707188 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1811  extracellular solute-binding protein  41.09 
 
 		 284 aa  209  4e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.893534 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2147  extracellular solute-binding protein family 3  41.09 
 
 		 284 aa  209  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1763  extracellular solute-binding protein family 3  43.2 
 
 		 284 aa  208  7e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.863479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2345  extracellular solute-binding protein family 3  37.85 
 
 		 277 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.366121  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2425  ABC transporter, periplasmic ligand binding protein  35.07 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0414883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3395  MxaJ protein  38 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00965407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0098  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.155933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2993  extracellular solute-binding protein  36.55 
 
 		 287 aa  161  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23641  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3042  extracellular solute-binding protein family 3  36.7 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6352  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 273 aa  159  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.756783 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2313  extracellular solute-binding protein  34.2 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000951817  unclonable  0.000000229382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0699  extracellular solute-binding protein family 3  38.75 
 
 		 282 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6476  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33826  normal  0.119349 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3386  extracellular solute-binding protein family 3  37.24 
 
 		 272 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3108  extracellular solute-binding protein  36.82 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4974  extracellular solute-binding protein  37.4 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0769997  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0300  MxaJ protein  34.28 
 
 		 284 aa  145  6e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.579886  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2791  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2043  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3148  Ankyrin  28.75 
 
 		 581 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4517  extracellular solute-binding protein family 3  29.96 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.627659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4149  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.514926 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4631  extracellular solute-binding protein family 3  29.44 
 
 		 292 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.548325 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4209  extracellular solute-binding protein  29.55 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.352464  normal  0.132236 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1908  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.365185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8039  extracellular solute-binding protein family 3  28.86 
 
 		 281 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.465628  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1828  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 283 aa  74.7  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.624367 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0472  extracellular solute-binding protein family 3  25.09 
 
 		 285 aa  72.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2994  extracellular solute-binding protein  23.11 
 
 		 276 aa  63.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.141592  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1028  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 		 250 aa  59.3  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1440  extracellular solute-binding protein  24.26 
 
 		 273 aa  56.6  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.1259 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 		 264 aa  50.8  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2392  extracellular solute-binding protein family 3  24.8 
 
 		 255 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 255 aa  49.7  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1590  hypothetical protein  24.72 
 
 		 262 aa  49.3  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.85132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  23.25 
 
 		 253 aa  48.5  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0780  MxaJ protein  24.43 
 
 		 190 aa  47.4  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.173014  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.53 
 
 		 264 aa  46.6  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0468  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.53 
 
 		 264 aa  46.6  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.829999  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0353  amino acid ABC transporter solute binding protein  24.15 
 
 		 264 aa  45.8  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  24.15 
 
 		 264 aa  45.8  0.0008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.15 
 
 		 264 aa  45.8  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  24.15 
 
 		 264 aa  45.8  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.91 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0187  extracellular solute-binding protein  22.41 
 
 		 253 aa  45.4  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.056665 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.86 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3735  extracellular solute-binding protein family 3  25.11 
 
 		 277 aa  44.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.89 
 
 		 264 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0360  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 		 276 aa  44.3  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3587  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0208  basic amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.81 
 
 		 255 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.66 
 
 		 257 aa  43.9  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 		 264 aa  43.5  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.21 
 
 		 257 aa  42.7  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  26.36 
 
 		 714 aa  42.7  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3010  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 294 aa  42.4  0.008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3227  extracellular solute-binding protein  23.14 
 
 		 261 aa  42.4  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.355644 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>