More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0968 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0968  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  416  9.999999999999999e-116  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72963  normal  0.699928 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 225 aa  94.7  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 		 225 aa  81.6  0.000000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  31.32 
 
 		 231 aa  74.7  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  31.12 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 229 aa  73.6  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.61 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2257  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 		 234 aa  71.6  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000784359  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 228 aa  70.1  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.94 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 		 254 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.25 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.87 
 
 		 224 aa  68.9  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 227 aa  68.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 228 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  27.84 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.57 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.74 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3897  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 227 aa  64.3  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.280734  normal  0.887061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.4 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.4 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 225 aa  63.2  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  27.33 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  26.4 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  28.71 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  25.84 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 		 225 aa  62  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  25.84 
 
 		 210 aa  62  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1234  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 232 aa  62  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  25.84 
 
 		 210 aa  62  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  25.84 
 
 		 210 aa  62  0.000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  25.84 
 
 		 210 aa  62  0.000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 232 aa  62  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  25.41 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  25.84 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  26.16 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  25.84 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  25.84 
 
 		 210 aa  60.8  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 225 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3725  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.71 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0054318  normal  0.342144 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  26.74 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 228 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.2 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.4 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.21 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  26.16 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.46 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  25.13 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.84 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  25 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.5 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.5 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.4 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  26.94 
 
 		 220 aa  58.9  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  33 
 
 		 860 aa  58.9  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  22.34 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29 
 
 		 226 aa  58.5  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5783  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00268451  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.92 
 
 		 227 aa  58.5  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3066  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.08 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.16 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.4392599999999995e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  25 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 236 aa  57.8  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3398  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  21.39 
 
 		 238 aa  57  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 224 aa  57  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 254 aa  57  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  23 
 
 		 234 aa  57  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.11 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>