More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3452 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3452  50S ribosomal protein L1  100 
 
 		 232 aa  465  9.999999999999999e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00102084  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4480  ribosomal protein L1  84.91 
 
 		 232 aa  403  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0192233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3172  50S ribosomal protein L1  74.14 
 
 		 232 aa  360  7.0000000000000005e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0391  50S ribosomal protein L1  74.67 
 
 		 232 aa  355  2.9999999999999997e-97  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1940  50S ribosomal protein L1  70.31 
 
 		 229 aa  340  1e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.559759  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0846  50S ribosomal protein L1  68.1 
 
 		 232 aa  333  1e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.408948 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00040  50S ribosomal protein L1  71.11 
 
 		 232 aa  328  3e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0423  50S ribosomal protein L1  70.31 
 
 		 229 aa  322  2e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.000000383524  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1399  50S ribosomal protein L1  65.52 
 
 		 232 aa  322  3e-87  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1707  50S ribosomal protein L1  65.33 
 
 		 229 aa  296  3e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0316  50S ribosomal protein L1  62.44 
 
 		 229 aa  294  1e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000103871  hitchhiker  0.000950319 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1105  ribosomal protein L1  64.36 
 
 		 236 aa  278  8e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0193805  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0354  50S ribosomal protein L1  62.21 
 
 		 229 aa  277  8e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000103528  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0285  50S ribosomal protein L1  61.99 
 
 		 229 aa  273  2.0000000000000002e-72  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000105773  hitchhiker  0.00394818 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0193  50S ribosomal protein L1  61.26 
 
 		 229 aa  269  4e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000225522  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  55.56 
 
 		 234 aa  266  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  55.11 
 
 		 234 aa  265  4e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  56.11 
 
 		 233 aa  265  4e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0561  50S ribosomal protein L1  56.44 
 
 		 230 aa  264  1e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000069455  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  54.59 
 
 		 231 aa  264  1e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0575  50S ribosomal protein L1  56.44 
 
 		 230 aa  264  1e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000352195  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  56 
 
 		 233 aa  263  1e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  55.86 
 
 		 233 aa  262  4e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0230  50S ribosomal protein L1  59.01 
 
 		 229 aa  261  6e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000338743  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  55.56 
 
 		 233 aa  260  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0697  50S ribosomal protein L1P  56.05 
 
 		 259 aa  259  2e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  54.95 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  56.56 
 
 		 230 aa  257  1e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2682  50S ribosomal protein L1  61.75 
 
 		 229 aa  255  4e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286692  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  53.33 
 
 		 233 aa  255  4e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  52.89 
 
 		 235 aa  254  6e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  52.59 
 
 		 233 aa  254  6e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4679  50S ribosomal protein L1  54.46 
 
 		 235 aa  253  2.0000000000000002e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000682303  decreased coverage  0.0030741 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1965  50S ribosomal protein L1  60.18 
 
 		 229 aa  252  4.0000000000000004e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0834753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1546  ribosomal protein L1  54.22 
 
 		 234 aa  252  4.0000000000000004e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.826154 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0095  50S ribosomal protein L1  54.59 
 
 		 233 aa  250  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4019  ribosomal protein L1  52.44 
 
 		 235 aa  248  7e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.534035 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0912  ribosomal protein L1  52.42 
 
 		 237 aa  248  8e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.911951  normal  0.174852 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0099  50S ribosomal protein L1  54.15 
 
 		 233 aa  247  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000132548  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0577  ribosomal protein L1  53.3 
 
 		 236 aa  247  1e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0677262  hitchhiker  0.00322479 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  52.89 
 
 		 231 aa  247  1e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1373  50S ribosomal protein L1  51.06 
 
 		 242 aa  246  2e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00191675  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4354  ribosomal protein L1  51.3 
 
 		 236 aa  246  2e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2993  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 235 aa  245  4e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0275  50S ribosomal protein L1  52.16 
 
 		 232 aa  245  4.9999999999999997e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000501108  hitchhiker  0.000549627 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0388  ribosomal protein L1  49.34 
 
 		 241 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  51.29 
 
 		 235 aa  244  8e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2705  50S ribosomal protein L1  53.74 
 
 		 235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0280715 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0699  ribosomal protein L1  52.44 
 
 		 234 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0241249  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2993  50S ribosomal protein L1  54.19 
 
 		 235 aa  242  3e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.560135  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1236  50S ribosomal protein L1  53.78 
 
 		 235 aa  242  3e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.988417  normal  0.475189 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29860  LSU ribosomal protein L1P  53.3 
 
 		 238 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0592  50S ribosomal protein L1  49.57 
 
 		 232 aa  241  5e-63  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0784244  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1070  50S ribosomal protein L1  54.67 
 
 		 237 aa  240  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.353105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0212  50S ribosomal protein L1  50.65 
 
 		 231 aa  240  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0231088  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2675  ribosomal protein L1  51.77 
 
 		 238 aa  240  1e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2784  ribosomal protein L1  49.78 
 
 		 234 aa  239  2e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0008683  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0856  50S ribosomal protein L1  54.91 
 
 		 230 aa  240  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000185888  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  51.98 
 
 		 235 aa  239  2e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  49.33 
 
 		 230 aa  239  2e-62  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0148  ribosomal protein L1  50.22 
 
 		 233 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000518131  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3936  50S ribosomal protein L1  50.88 
 
 		 238 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1633  50S ribosomal protein L1  49.78 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.858056  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4328  50S ribosomal protein L1  50.88 
 
 		 238 aa  239  4e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3160  ribosomal protein L1  52 
 
 		 238 aa  238  5e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496068  normal  0.206569 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00693  ribosomal protein L1  49.78 
 
 		 282 aa  238  5.999999999999999e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000527661  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3919  50S ribosomal protein L1  54.15 
 
 		 231 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5963  50S ribosomal protein L1  52.47 
 
 		 236 aa  238  6.999999999999999e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5208  50S ribosomal protein L1  53.71 
 
 		 230 aa  238  8e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140164  unclonable  7.070390000000001e-26 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23970  LSU ribosomal protein L1P  51.54 
 
 		 239 aa  237  9e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0702955  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5111  ribosomal protein L1  51.57 
 
 		 225 aa  237  1e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.253072  normal  0.533351 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1510  ribosomal protein L1  50.67 
 
 		 235 aa  236  2e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000430301  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  49.78 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0407  50S ribosomal protein L1  53.33 
 
 		 230 aa  236  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.3464e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0098  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 230 aa  235  3e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000678721  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0128  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 230 aa  235  3e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000143327  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0098  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 230 aa  235  3e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000000382446  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0094  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 230 aa  235  3e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.15488e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0092  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 230 aa  235  3e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000339498  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0098  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 230 aa  235  3e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000205875  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  53.78 
 
 		 232 aa  235  3e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0118  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 230 aa  235  3e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000153199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0595  50S ribosomal protein L1  49.34 
 
 		 233 aa  236  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00100936  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1452  50S ribosomal protein L1  54.59 
 
 		 235 aa  236  3e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1624  50S ribosomal protein L1  51.97 
 
 		 230 aa  236  3e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0109  50S ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 230 aa  235  3e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.9844e-61 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl608  50S ribosomal protein L1  50.88 
 
 		 227 aa  235  5.0000000000000005e-61  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0092  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 230 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000171982  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0066  50S ribosomal protein L1  51.33 
 
 		 226 aa  234  7e-61  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0350  50S ribosomal protein L1  48.65 
 
 		 230 aa  233  1.0000000000000001e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0156912  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0123  50S ribosomal protein L1  50.67 
 
 		 237 aa  233  1.0000000000000001e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.991337  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1822  ribosomal protein L1  51.32 
 
 		 242 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0358  50S ribosomal protein L1  54.42 
 
 		 236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.235543  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2075  ribosomal protein L1  51.53 
 
 		 234 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0444  50S ribosomal protein L1  52.4 
 
 		 231 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.833491  unclonable  0.000000290351 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0477  50S ribosomal protein L1  52.4 
 
 		 231 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000803824  normal  0.0129211 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2345  ribosomal protein L1  48.43 
 
 		 233 aa  232  3e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0238114  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4286  50S ribosomal protein L1  49.78 
 
 		 233 aa  232  4.0000000000000004e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185505  hitchhiker  0.000000513776 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4523  ribosomal protein L1  52.86 
 
 		 239 aa  232  4.0000000000000004e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4759  50S ribosomal protein L1  52.4 
 
 		 231 aa  231  5e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00425214  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>