More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1173 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  100 
 
 
235 aa  474  1e-133  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2675  ribosomal protein L1  62.55 
 
 
238 aa  310  9e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  60.09 
 
 
235 aa  305  4.0000000000000004e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0577  ribosomal protein L1  61.7 
 
 
236 aa  304  6e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0677262  hitchhiker  0.00322479 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3936  50S ribosomal protein L1  60.94 
 
 
238 aa  303  1.0000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0912  ribosomal protein L1  60.94 
 
 
237 aa  303  2.0000000000000002e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.911951  normal  0.174852 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4354  ribosomal protein L1  62.17 
 
 
236 aa  301  5.000000000000001e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09650  LSU ribosomal protein L1P  65.81 
 
 
238 aa  300  1e-80  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284817  hitchhiker  0.000232644 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4328  50S ribosomal protein L1  59.91 
 
 
238 aa  300  1e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1236  50S ribosomal protein L1  60.85 
 
 
235 aa  300  1e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.988417  normal  0.475189 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3160  ribosomal protein L1  60.78 
 
 
238 aa  299  3e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496068  normal  0.206569 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0677  50S ribosomal protein L1  63.91 
 
 
238 aa  298  6e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29860  LSU ribosomal protein L1P  58.72 
 
 
238 aa  296  2e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0388  ribosomal protein L1  60.09 
 
 
241 aa  296  2e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0539  50S ribosomal protein L1  65.22 
 
 
237 aa  295  4e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.653827  normal  0.0435444 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5963  50S ribosomal protein L1  61.21 
 
 
236 aa  295  6e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1324  ribosomal protein L1  57.14 
 
 
242 aa  294  7e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.752665  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  58.77 
 
 
231 aa  294  8e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2128  ribosomal protein L1  64.1 
 
 
237 aa  294  1e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.628826  normal  0.786973 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0613  ribosomal protein L1  61.7 
 
 
238 aa  290  1e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  60.96 
 
 
233 aa  290  1e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  57.08 
 
 
235 aa  289  2e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  64.19 
 
 
232 aa  288  4e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4523  ribosomal protein L1  60.43 
 
 
239 aa  288  6e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0697  50S ribosomal protein L1P  58.12 
 
 
259 aa  287  8e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5111  ribosomal protein L1  61.43 
 
 
225 aa  287  1e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.253072  normal  0.533351 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0952  50S ribosomal protein L1  60.26 
 
 
235 aa  286  1e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0924  50S ribosomal protein L1  60.26 
 
 
235 aa  286  1e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0941  50S ribosomal protein L1  60.26 
 
 
235 aa  286  1e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0575  50S ribosomal protein L1  59.56 
 
 
230 aa  286  2.9999999999999996e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000352195  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0561  50S ribosomal protein L1  59.56 
 
 
230 aa  286  2.9999999999999996e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000069455  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08710  LSU ribosomal protein L1P  63.39 
 
 
236 aa  285  4e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.190625  hitchhiker  0.000000021546 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  56.96 
 
 
231 aa  285  5e-76  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1070  50S ribosomal protein L1  62.61 
 
 
237 aa  284  9e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.353105  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6060  50S ribosomal protein L1  60.09 
 
 
237 aa  283  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.166987  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1373  50S ribosomal protein L1  56.96 
 
 
242 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00191675  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0743  ribosomal protein L1  61.7 
 
 
237 aa  283  2.0000000000000002e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23970  LSU ribosomal protein L1P  57.87 
 
 
239 aa  282  4.0000000000000003e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0702955  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2345  ribosomal protein L1  57.59 
 
 
233 aa  280  9e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0238114  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  59.29 
 
 
230 aa  280  2e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  59.29 
 
 
230 aa  280  2e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0570  50S ribosomal protein L1  58.8 
 
 
259 aa  278  4e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0296  50S ribosomal protein L1P  60.94 
 
 
239 aa  278  4e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6639  50S ribosomal protein L1  62.23 
 
 
238 aa  278  6e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0212  50S ribosomal protein L1  56.14 
 
 
231 aa  278  6e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0231088  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1475  50S ribosomal protein L1  57.45 
 
 
237 aa  278  7e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0729357  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0275  50S ribosomal protein L1  57.39 
 
 
232 aa  277  1e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000501108  hitchhiker  0.000549627 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2993  50S ribosomal protein L1  56.41 
 
 
235 aa  276  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2165  50S ribosomal protein L1P  58.93 
 
 
230 aa  276  2e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0086429  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0182  LSU ribosomal protein L1P  59.38 
 
 
233 aa  276  3e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000240107  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0407  50S ribosomal protein L1  58.33 
 
 
230 aa  274  9e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.3464e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10654  50S ribosomal protein L1  60.34 
 
 
235 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0559095 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  56.96 
 
 
233 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2705  50S ribosomal protein L1  56.84 
 
 
235 aa  272  4.0000000000000004e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0280715 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
229 aa  272  4.0000000000000004e-72  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1546  ribosomal protein L1  54.94 
 
 
234 aa  272  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.826154 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2993  50S ribosomal protein L1  56.41 
 
 
235 aa  271  5.000000000000001e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.560135  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1624  50S ribosomal protein L1  57.08 
 
 
230 aa  271  7e-72  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5115  50S ribosomal protein L1  60.85 
 
 
239 aa  271  8.000000000000001e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  58.67 
 
 
232 aa  270  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  55.41 
 
 
234 aa  269  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0204  ribosomal protein L1  58.52 
 
 
229 aa  269  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000198509  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1633  50S ribosomal protein L1  55.56 
 
 
235 aa  269  2e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.858056  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  60.26 
 
 
232 aa  268  5e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  55.41 
 
 
233 aa  267  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1113  ribosomal protein L1  60.91 
 
 
238 aa  266  2e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.15602  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2721  50S ribosomal protein L1  58.33 
 
 
231 aa  266  2e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127574  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1489  ribosomal protein L1  55.81 
 
 
226 aa  265  4e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0841065  normal  0.34693 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1209  ribosomal protein L1  56.44 
 
 
231 aa  265  5.999999999999999e-70  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136712 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1510  ribosomal protein L1  55.74 
 
 
235 aa  265  5.999999999999999e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000430301  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1019  50S ribosomal protein L1  55.22 
 
 
238 aa  264  8e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00726287 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  54.78 
 
 
234 aa  263  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3692  ribosomal protein L1  58.33 
 
 
230 aa  263  1e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000151678  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0643  50S ribosomal protein L1  55.51 
 
 
232 aa  263  1e-69  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0857628  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0309  50S ribosomal protein L1  58.41 
 
 
230 aa  264  1e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0170319  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0883  50S ribosomal protein L1  53.74 
 
 
237 aa  263  2e-69  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.184517  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0095  50S ribosomal protein L1  60.26 
 
 
233 aa  262  4e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  55.02 
 
 
233 aa  261  4e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1015  ribosomal protein L1  59.74 
 
 
237 aa  261  4.999999999999999e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1739  50S ribosomal protein L1  55.36 
 
 
238 aa  261  6.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1763  50S ribosomal protein L1  55.36 
 
 
238 aa  260  1e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00323247  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21010  LSU ribosomal protein L1P  56.95 
 
 
230 aa  260  2e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.343147  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  57.82 
 
 
234 aa  259  3e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  57.82 
 
 
234 aa  259  4e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  57.82 
 
 
234 aa  259  4e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1822  ribosomal protein L1  54.82 
 
 
242 aa  258  4e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27781  50S ribosomal protein L1  54.04 
 
 
244 aa  258  5.0000000000000005e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3327  50S ribosomal protein L1  56.28 
 
 
240 aa  258  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.24535  normal  0.407372 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2784  ribosomal protein L1  51.3 
 
 
234 aa  258  5.0000000000000005e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0008683  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  57.64 
 
 
231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03650  50S ribosomal protein L1  57.94 
 
 
239 aa  257  8e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.57947  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2957  50S ribosomal protein L1  57.73 
 
 
231 aa  258  8e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0502013 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  60.09 
 
 
232 aa  257  9e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  58.29 
 
 
234 aa  257  1e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0480  50S ribosomal protein L1  55.31 
 
 
233 aa  256  2e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.841279  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0309  50S ribosomal protein L1  55.56 
 
 
253 aa  256  2e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000338213  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0099  50S ribosomal protein L1  59.39 
 
 
233 aa  256  2e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000132548  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2685  ribosomal protein L1  53.3 
 
 
229 aa  256  3e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0114395  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  58.67 
 
 
233 aa  255  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5208  50S ribosomal protein L1  60 
 
 
230 aa  255  4e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140164  unclonable  7.070390000000001e-26 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>