More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0616 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  100 
 
 
234 aa  462  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  94.87 
 
 
234 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  86.32 
 
 
233 aa  407  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  84.12 
 
 
233 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  85.84 
 
 
233 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  81.22 
 
 
233 aa  383  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  80.79 
 
 
233 aa  382  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  76.99 
 
 
233 aa  361  5.0000000000000005e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  67.56 
 
 
231 aa  316  2e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0275  50S ribosomal protein L1  65.65 
 
 
232 aa  311  4.999999999999999e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000501108  hitchhiker  0.000549627 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1546  ribosomal protein L1  64.44 
 
 
234 aa  305  4.0000000000000004e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.826154 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1928  ribosomal protein L1  69.16 
 
 
232 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0450124  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  66.51 
 
 
234 aa  302  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  66.51 
 
 
234 aa  302  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  66.51 
 
 
234 aa  302  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0212  50S ribosomal protein L1  64 
 
 
231 aa  302  4.0000000000000003e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0231088  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  64.71 
 
 
230 aa  299  2e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  63.56 
 
 
233 aa  299  3e-80  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2345  ribosomal protein L1  63.68 
 
 
233 aa  298  5e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0238114  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0699  ribosomal protein L1  62.67 
 
 
234 aa  296  1e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0241249  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0182  LSU ribosomal protein L1P  61.84 
 
 
233 aa  293  2e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000240107  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  64.65 
 
 
234 aa  292  3e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1822  50S ribosomal protein L1  64.44 
 
 
232 aa  292  4e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.122687  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0095  50S ribosomal protein L1  65.07 
 
 
233 aa  290  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  59.91 
 
 
231 aa  287  9e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2075  ribosomal protein L1  61.3 
 
 
234 aa  287  1e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  59.11 
 
 
235 aa  286  2e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  61.57 
 
 
232 aa  286  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0511824 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3691  50S ribosomal protein L1  63.6 
 
 
229 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0975  50S ribosomal protein L1  61.47 
 
 
232 aa  286  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0199586 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0099  50S ribosomal protein L1  63.76 
 
 
233 aa  284  7e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000132548  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0204  ribosomal protein L1  63.56 
 
 
229 aa  284  9e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000198509  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0561  50S ribosomal protein L1  59.91 
 
 
230 aa  284  9e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000069455  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0575  50S ribosomal protein L1  59.91 
 
 
230 aa  284  9e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000352195  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2993  50S ribosomal protein L1  58.8 
 
 
235 aa  283  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4019  ribosomal protein L1  61.06 
 
 
235 aa  283  1.0000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.534035 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3865  50S ribosomal protein L1  61.9 
 
 
231 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.100026 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3471  50S ribosomal protein L1  62.78 
 
 
230 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.409515  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2957  50S ribosomal protein L1  61.71 
 
 
231 aa  282  3.0000000000000004e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0502013 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1344  50S ribosomal protein L1  63.56 
 
 
231 aa  281  4.0000000000000003e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0377064  normal  0.0460128 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0407  50S ribosomal protein L1  61.78 
 
 
230 aa  281  5.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.3464e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2784  ribosomal protein L1  59.13 
 
 
234 aa  281  5.000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0008683  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1820  50S ribosomal protein L1  60.61 
 
 
231 aa  281  6.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1633  50S ribosomal protein L1  58.37 
 
 
235 aa  281  6.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.858056  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2278  50S ribosomal protein L1  62.28 
 
 
229 aa  281  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.360769  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0354  50S ribosomal protein L1  61.54 
 
 
229 aa  279  2e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000103528  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1475  50S ribosomal protein L1  58.97 
 
 
237 aa  279  3e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0729357  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2726  ribosomal protein L1  62.67 
 
 
233 aa  278  4e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181132  normal  0.31349 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0744  50S ribosomal protein L1  61.95 
 
 
233 aa  278  4e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00583178 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1373  50S ribosomal protein L1  56.9 
 
 
242 aa  278  4e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00191675  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3200  50S ribosomal protein L1  60.96 
 
 
229 aa  278  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1805  50S ribosomal protein L1P  61.67 
 
 
232 aa  278  5e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.163663 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0395  50S ribosomal protein L1P  60 
 
 
231 aa  276  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.780238  hitchhiker  0.00704539 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  59.19 
 
 
235 aa  276  2e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0446  50S ribosomal protein L1  58.52 
 
 
233 aa  276  2e-73  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0241504  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0301  50S ribosomal protein L1  58.65 
 
 
242 aa  276  2e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000226656  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1321  50S ribosomal protein L1  62.67 
 
 
233 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.18039 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0837  50S ribosomal protein L1P  63.76 
 
 
229 aa  275  4e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0423664  normal  0.0981496 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0388  ribosomal protein L1  58.74 
 
 
241 aa  274  9e-73  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1702  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 
232 aa  274  9e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.311882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0336  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 
232 aa  274  9e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28407  normal  0.840151 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0350  50S ribosomal protein L1  59.31 
 
 
232 aa  274  9e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.81183  normal  0.731209 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2545  50S ribosomal protein L1  59.74 
 
 
232 aa  274  9e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0480  50S ribosomal protein L1  57.39 
 
 
233 aa  273  1.0000000000000001e-72  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.841279  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1510  ribosomal protein L1  58.8 
 
 
235 aa  273  1.0000000000000001e-72  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000430301  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0856  50S ribosomal protein L1  63.84 
 
 
230 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000185888  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  56.47 
 
 
232 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0465  50S ribosomal protein L1  58.26 
 
 
233 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00222885  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1419  50S ribosomal protein L1  62.79 
 
 
233 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.560035  normal  0.451837 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  56.47 
 
 
232 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1955  50S ribosomal protein L1  60.62 
 
 
230 aa  272  3e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4679  50S ribosomal protein L1  59.91 
 
 
235 aa  272  3e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000682303  decreased coverage  0.0030741 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  54.67 
 
 
230 aa  271  6e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
232 aa  271  7e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
232 aa  271  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
232 aa  271  7e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
232 aa  271  7e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
232 aa  271  7e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
232 aa  271  7e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
232 aa  271  7e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
232 aa  271  7e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  57.78 
 
 
232 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  57.71 
 
 
229 aa  271  8.000000000000001e-72  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5086  50S ribosomal protein L1  63.68 
 
 
230 aa  270  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00155922  normal  0.872957 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0261  50S ribosomal protein L1  60.62 
 
 
232 aa  270  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  55.41 
 
 
235 aa  269  2e-71  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  56.03 
 
 
232 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  56.03 
 
 
232 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2725  50S ribosomal protein L1  64.89 
 
 
229 aa  269  2.9999999999999997e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000462552  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2411  50S ribosomal protein L1  64.89 
 
 
229 aa  269  2.9999999999999997e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000512351  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  56.03 
 
 
232 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3361  50S ribosomal protein L1  61.04 
 
 
232 aa  268  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.235181  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0309  50S ribosomal protein L1  56.7 
 
 
253 aa  268  5.9999999999999995e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000338213  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  56.03 
 
 
232 aa  268  8e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0230  50S ribosomal protein L1  61.5 
 
 
232 aa  267  8.999999999999999e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.365606  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  55.6 
 
 
232 aa  267  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2721  50S ribosomal protein L1  60.27 
 
 
231 aa  267  1e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127574  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  56.03 
 
 
232 aa  267  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  56.03 
 
 
232 aa  267  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0316  50S ribosomal protein L1  59.82 
 
 
229 aa  266  2e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000103871  hitchhiker  0.000950319 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>