More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1670 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 338 aa  708    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.99 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  32.42 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  31.74 
 
 		 333 aa  126  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 333 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  26.79 
 
 		 330 aa  107  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  27.9 
 
 		 343 aa  106  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  36.13 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  94.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  32.24 
 
 		 321 aa  93.6  4e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  28.63 
 
 		 295 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  32.9 
 
 		 328 aa  92.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 296 aa  91.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  28.69 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.78 
 
 		 325 aa  89.4  8e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 347 aa  88.2  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  27.83 
 
 		 305 aa  87.8  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  33.79 
 
 		 323 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  33.79 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  34.27 
 
 		 351 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  32.41 
 
 		 323 aa  86.3  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  30.82 
 
 		 303 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 384 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 398 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 		 329 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 388 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 399 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  28.85 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  24.38 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 361 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 382 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 325 aa  75.9  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 357 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 320 aa  75.9  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  26.61 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  31.1 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  23.34 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 277 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 277 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2517  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.04 
 
 		 158 aa  73.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  25.79 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  34.72 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  23.28 
 
 		 322 aa  72.4  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 278 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 313 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 313 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 313 aa  72.4  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  25.59 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 271 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0422  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 332 aa  69.7  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  34.26 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 		 326 aa  69.3  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 277 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 271 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 337 aa  69.3  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0626  AraC family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.653952  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1362  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00431533  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  24.88 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4554  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0706  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0374737  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 277 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  28.5 
 
 		 292 aa  67.8  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 268 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 243 aa  67  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>