More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1298 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1298  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 262 aa  526  1e-148  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.861763  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1729  MscS Mechanosensitive ion channel  62.45 
 
 		 272 aa  355  3.9999999999999996e-97  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.356127  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1245  ion channel protein  50 
 
 		 261 aa  272  5.000000000000001e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.306888 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  38.76 
 
 		 277 aa  186  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  36.68 
 
 		 279 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  38.02 
 
 		 273 aa  176  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  36.72 
 
 		 280 aa  168  8e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02189  hypothetical protein  37.29 
 
 		 249 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  34.24 
 
 		 275 aa  165  8e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  33.07 
 
 		 270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  34.36 
 
 		 271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  34.36 
 
 		 271 aa  163  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  34.24 
 
 		 275 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  34.24 
 
 		 275 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  34.24 
 
 		 275 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  34.11 
 
 		 275 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  36.86 
 
 		 274 aa  158  9e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  33.46 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  32.82 
 
 		 275 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  34.11 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  32.68 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  33.33 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  33.85 
 
 		 270 aa  153  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 275 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 275 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 274 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 277 aa  150  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  31.35 
 
 		 269 aa  149  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  33.46 
 
 		 274 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  32.79 
 
 		 276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1199  mechanosensitive ion channel component  33.74 
 
 		 281 aa  145  5e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000786613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  30.74 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  32.17 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4420  MscS mechanosensitive ion channel  35.74 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0689552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  29.96 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  33.59 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  29.57 
 
 		 286 aa  137  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4086  MscS mechanosensitive ion channel  34.98 
 
 		 276 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  28.4 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  27.41 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  29.92 
 
 		 287 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 		 275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1966  hypothetical protein  33.04 
 
 		 268 aa  135  6.0000000000000005e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  30.38 
 
 		 322 aa  135  9e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4392  mechanosensitive ion channel family protein  33.72 
 
 		 276 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  31.4 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  34.35 
 
 		 278 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  30.65 
 
 		 273 aa  133  1.9999999999999998e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  33.97 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  30.25 
 
 		 274 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1557  mechanosensitive ion channel family protein  30.59 
 
 		 274 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.172425  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  29.12 
 
 		 270 aa  129  6e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1616  MscS mechanosensitive ion channel  29.07 
 
 		 273 aa  129  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.19083  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4496  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 280 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.737667  normal  0.727724 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 		 276 aa  127  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  32.64 
 
 		 285 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  34.02 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  32.64 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  32.64 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  29.18 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  27.91 
 
 		 280 aa  125  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  26.56 
 
 		 275 aa  125  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  29.15 
 
 		 268 aa  123  3e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  31.12 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  30.27 
 
 		 279 aa  122  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  29.18 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  28.57 
 
 		 286 aa  122  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  28.1 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  29.73 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  28.19 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  31.54 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  30.59 
 
 		 531 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  28.19 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  28.19 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  28.19 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  31.54 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  29.13 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  28.19 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  28.19 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  30.43 
 
 		 276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  28.19 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3397  MscS mechanosensitive ion channel  29.26 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  29.91 
 
 		 288 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  27 
 
 		 534 aa  119  6e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  27.51 
 
 		 266 aa  119  6e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2526  MscS mechanosensitive ion channel  30.86 
 
 		 272 aa  119  7e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0123409 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1220  MscS mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 		 305 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0859387 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0426  MscS mechanosensitive ion channel  30.99 
 
 		 273 aa  118  9e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000444789  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0960  MscS mechanosensitive ion channel  37.12 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5651  hypothetical protein  34.22 
 
 		 283 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3271  putative small conductance mechanosensitive ion channel  33.52 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65040  hypothetical protein  34.76 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0222155  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1353  MscS mechanosensitive ion channel  36.74 
 
 		 282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.512703  normal  0.132094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4371  MscS mechanosensitive ion channel  36.74 
 
 		 280 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.053495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>