More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1136 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1136  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1112 aa  2296    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0229402 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1797  Exodeoxyribonuclease V  39.45 
 
 		 1120 aa  742    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00119316  normal  0.701381 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  29.14 
 
 		 1052 aa  412  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03180  putative helicase  27.55 
 
 		 1054 aa  382  1e-104  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.927265  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0252  UvrD/REP helicase  27.72 
 
 		 1060 aa  349  2e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2072  UvrD/REP helicase domain-containing protein  27.7 
 
 		 1102 aa  305  2.0000000000000002e-81  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0914  hypothetical protein  28 
 
 		 913 aa  296  2e-78  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.230756 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4180  Exodeoxyribonuclease V  26.86 
 
 		 1073 aa  272  2.9999999999999997e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0648836 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1588  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.78 
 
 		 1067 aa  174  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0979  UvrD/REP helicase  28.28 
 
 		 1173 aa  169  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.156033  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1166  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 1152 aa  164  1e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  27.84 
 
 		 1161 aa  156  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  24.19 
 
 		 933 aa  132  3e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0736  putative recombination protein RecB  23.95 
 
 		 939 aa  131  7.000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.99 
 
 		 1198 aa  125  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.99 
 
 		 1198 aa  125  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3578  UvrD/REP helicase  22.92 
 
 		 995 aa  112  5e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  23.69 
 
 		 915 aa  109  2e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.42 
 
 		 1251 aa  108  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0090  putative recombination protein RecB  24.88 
 
 		 903 aa  107  1e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1828  putative recombination protein RecB  25.04 
 
 		 921 aa  103  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00117116  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.64 
 
 		 1200 aa  103  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.38 
 
 		 1229 aa  103  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  25.3 
 
 		 1282 aa  103  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1474  putative recombination protein RecB  25.53 
 
 		 921 aa  102  3e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000740501  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1654  putative recombination protein RecB  25.35 
 
 		 921 aa  102  4e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.74 
 
 		 1229 aa  102  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1848  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.07 
 
 		 1321 aa  98.6  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.33 
 
 		 1226 aa  97.8  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  25.92 
 
 		 1121 aa  97.4  1e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2171  Exodeoxyribonuclease V  22.55 
 
 		 1152 aa  97.4  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  25.14 
 
 		 907 aa  97.1  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  25.84 
 
 		 1147 aa  94.4  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.59 
 
 		 1226 aa  92  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.46 
 
 		 1168 aa  90.9  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  22.8 
 
 		 1161 aa  89.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1391  putative recombination protein RecB  22.14 
 
 		 923 aa  88.6  6e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09621  UvrD/REP helicase subunit B  23.82 
 
 		 1274 aa  88.2  8e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.484397 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0386  putative recombination protein RecB  27.16 
 
 		 921 aa  88.2  9e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.717067  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10831  UvrD/REP helicase subunit B  24.95 
 
 		 1265 aa  85.9  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.261186  normal  0.314032 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.12 
 
 		 1130 aa  84.3  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  23.37 
 
 		 1224 aa  83.2  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.35 
 
 		 1251 aa  83.6  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.05 
 
 		 1129 aa  82.8  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0993  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.96 
 
 		 1125 aa  83.2  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00861563  normal  0.126412 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1776  hypothetical protein  25.14 
 
 		 1076 aa  81.3  0.00000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  24.07 
 
 		 707 aa  80.9  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  26.26 
 
 		 1242 aa  80.5  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  22.67 
 
 		 1151 aa  80.5  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  22.05 
 
 		 1182 aa  79.3  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  25.09 
 
 		 1244 aa  79.3  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.68 
 
 		 1230 aa  78.6  0.0000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1775  hypothetical protein  24.08 
 
 		 1076 aa  77.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.66 
 
 		 1200 aa  77.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.45 
 
 		 1204 aa  77  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1410  exodeoxyribonuclease V, beta subunit RecB  23.34 
 
 		 1208 aa  77  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.828955  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.93 
 
 		 718 aa  77  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.74 
 
 		 1203 aa  76.3  0.000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.43 
 
 		 1336 aa  75.9  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.65 
 
 		 1230 aa  75.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.42 
 
 		 1085 aa  75.9  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  21.59 
 
 		 1180 aa  75.9  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1651  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.29 
 
 		 1226 aa  75.5  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.26 
 
 		 1241 aa  75.5  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  24.06 
 
 		 1168 aa  75.1  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  24.57 
 
 		 1156 aa  75.1  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0252  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.35 
 
 		 1111 aa  75.1  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.103947  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.61 
 
 		 1223 aa  75.1  0.000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.21 
 
 		 1224 aa  74.7  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  22.35 
 
 		 1203 aa  74.7  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.38 
 
 		 1272 aa  74.7  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.43 
 
 		 1241 aa  73.2  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.43 
 
 		 1241 aa  73.2  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.41 
 
 		 1251 aa  73.6  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  24.43 
 
 		 1241 aa  72.8  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.43 
 
 		 1241 aa  73.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.48 
 
 		 1240 aa  73.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  24.43 
 
 		 1241 aa  72.8  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0644  UvrD/REP helicase  24.9 
 
 		 1109 aa  73.2  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.79 
 
 		 1241 aa  72.8  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  22.86 
 
 		 735 aa  72.4  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.43 
 
 		 1241 aa  72.8  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  23.85 
 
 		 768 aa  72.4  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0006  UvrD/REP helicase  24.22 
 
 		 945 aa  72.4  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.416534  hitchhiker  0.0000067994 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  23.25 
 
 		 1242 aa  72.4  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  24.44 
 
 		 1392 aa  72  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.33 
 
 		 1236 aa  72  0.00000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.52 
 
 		 1238 aa  72  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  23.97 
 
 		 1162 aa  72  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  24.39 
 
 		 1124 aa  71.2  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  24.46 
 
 		 1207 aa  71.2  0.0000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  23.09 
 
 		 1194 aa  71.2  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.13 
 
 		 1223 aa  71.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  24.26 
 
 		 1241 aa  70.9  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  22.05 
 
 		 1248 aa  70.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1160  UvrD/REP helicase  26.81 
 
 		 1064 aa  70.5  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.87087  normal  0.737588 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  25 
 
 		 1106 aa  70.5  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  23.38 
 
 		 1273 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  23.62 
 
 		 1165 aa  70.5  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.38 
 
 		 1273 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>