More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2457 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2457  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  585  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 301 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  50.68 
 
 		 294 aa  281  8.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  49.32 
 
 		 294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2215  LysR family transcriptional regulator  54.46 
 
 		 305 aa  272  6e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  46.96 
 
 		 296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 300 aa  249  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 293 aa  246  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 298 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 298 aa  246  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 303 aa  246  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 298 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 298 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  45.87 
 
 		 317 aa  241  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  45.87 
 
 		 317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 296 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 300 aa  239  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 298 aa  237  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 304 aa  231  9e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  45.08 
 
 		 316 aa  225  8e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2112  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 294 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0980  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3330  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 297 aa  205  9e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 302 aa  205  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 310 aa  202  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 295 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3995  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4526  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.128293  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0457  LysR, substrate-binding  40.88 
 
 		 312 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0935701  normal  0.110624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4664  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 293 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.135682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1632  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3102  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4659  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.991063  normal  0.944933 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 330 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1291  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0519427  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 297 aa  192  6e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1124  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0686  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0999  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165129  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4080  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 327 aa  188  7e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 301 aa  188  9e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 321 aa  186  4e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  39.19 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43980  LysR family transcriptional regulatory protein  39.8 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623606  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1307  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2581  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1443  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181358  normal  0.808865 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1379  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.884009  normal  0.119976 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 		 315 aa  180  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5234  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.748961  normal  0.502228 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1387  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.123084  normal  0.109055 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0805  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 297 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 304 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6247  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 325 aa  177  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>